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万見
- PDB-5d1w: Crystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv3249c transcrip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d1w
タイトルCrystal structure of Mycobacterium tuberculosis Rv3249c transcriptional regulator.
要素Rv3249c transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Mycobacterium tuberculosis / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Tetracyclin repressor C-terminal, Actinobacteria / Bacterial Tetracyclin repressor, C-terminal domain / : / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / HTH-type transcriptional regulator AlkX
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.59 Å
データ登録者Chou, T.-H. / Delmar, J. / Su, C.-C. / Yu, E.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural Basis for the Regulation of the MmpL Transporters of Mycobacterium tuberculosis.
著者: Delmar, J.A. / Chou, T.H. / Wright, C.C. / Licon, M.H. / Doh, J.K. / Radhakrishnan, A. / Kumar, N. / Lei, H.T. / Bolla, J.R. / Rajashankar, K.R. / Su, C.C. / Purdy, G.E. / Yu, E.W.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22015年12月2日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rv3249c transcriptional regulator
B: Rv3249c transcriptional regulator
C: Rv3249c transcriptional regulator
D: Rv3249c transcriptional regulator
E: Rv3249c transcriptional regulator
F: Rv3249c transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,93010
ポリマ－141,9056
非ポリマー1,0264
水00
1
A: Rv3249c transcriptional regulator
B: Rv3249c transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8144
ポリマ－47,3022
非ポリマー5132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4900 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17670 Å2
手法PISA
2
C: Rv3249c transcriptional regulator
D: Rv3249c transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8144
ポリマ－47,3022
非ポリマー5132
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5020 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area17250 Å2
手法PISA
3
E: Rv3249c transcriptional regulator
F: Rv3249c transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,3022
ポリマ－47,3022
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)234.048, 75.493, 125.361
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 121.550, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Rv3249c transcriptional regulator


分子量: 23650.770 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv3249c, LH57_17765 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: O05892
#2: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.01 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: Imidazole, HEPES, sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.59→40 Å / Num. obs: 21152 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.114 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1.015 / Net I/av σ(I): 11 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 74518
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.59-3.723.60.39121260.9160.2380.4581.02997.6
3.72-3.873.60.32121250.9710.1980.3781.03897.7
3.87-4.043.50.2321450.9760.1420.271.02697.1
4.04-4.263.50.17621020.9760.1080.2071.02396.1
4.26-4.523.40.14220320.9830.0880.1671.00192.7
4.52-4.873.50.12820950.9760.0780.151.02595.4
4.87-5.363.60.11921600.9870.0720.1391.00697.3
5.36-6.133.50.11921210.9840.0730.140.99496.2
6.13-7.723.50.08620590.990.0530.1011.00291.7
7.72-403.40.07421870.990.0450.0871.00695.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
SHELX位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 3.59→39.631 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 33.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2782 1077 5.11 %
Rwork0.177 --
obs0.182 21071 95.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 150.87 Å2 / Biso mean: 56.693 Å2 / Biso min: 9.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.59→39.631 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8912 0 196 0 9108
Biso mean--29.29 --
残基数----1162

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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