PDB-5d1v: Crystal Structure and Thermal Stability of Hemoglobin from Thermo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d1v

タイトル

Crystal Structure and Thermal Stability of Hemoglobin from Thermophilic Phototrophic Bacterium Chloroflexus aurantiacus

要素

Globin

キーワード

OXYGEN TRANSPORT / truncated Hemoglobin / temperature stability

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin peroxidase activity / oxygen transport / cell redox homeostasis / oxygen binding / cellular response to oxidative stress / heme binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Chloroflexus aurantiacus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.74 Å

データ登録者

Fromme, R. / Holl, M. / Tang, J.K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure and Thermal Stability of Hemoglobin from Thermophilic Phototrophic Bacterium Chloroflexus aurantiacus
著者: Fromme, R. / Holl, M. / Tang, J.K.

履歴

登録	2015年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d1v.cif.gz	169.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d1v.ent.gz	136.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d1v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d1v_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d1v_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5d1v_validation.xml.gz	18.1 KB	表示
CIF形式データ	5d1v_validation.cif.gz	27 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d1v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d1v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6h7e-1 4law-1 3of1-d 6h7e-2 2c0e-1 4nss-d 3o5d-1 2c0g-1 2qn4-d 1ckg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#41 - 2003年5月ヘモグロビン (Hemoglobin) 類似性 (5) #206 - 2017年2月グロビンの進化 (Globin Evolution) 類似性 (1) #159 - 2013年3月エリスロクルオリン (Erythrocruorin) 類似性 (1) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (1) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #262 - 2021年10月 PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures ) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#41 - 2003年5月
ヘモグロビン (Hemoglobin)
類似性 (5)
#206 - 2017年2月
グロビンの進化 (Globin Evolution)
類似性 (1)
#159 - 2013年3月
エリスロクルオリン (Erythrocruorin)
類似性 (1)
#233 - 2019年5月
S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin)
類似性 (1)
#257 - 2021年5月
胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#262 - 2021年10月
PDB構造への50年間のオープンアクセス (Fifty Years of Open Access to PDB Structures )
類似性 (1)
#142 - 2011年10月
PDBの先駆者たち (PDB Pioneers)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Globin

B: Globin

ヘテロ分子

31 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.960, 41.298, 72.117
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 107.70, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Globin 分子量: 14871.950 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: 201 is Hemoglobin 由来: (組換発現) Chloroflexus aurantiacus (strain ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl) (バクテリア) 株: ATCC 29366 / DSM 635 / J-10-fl / 遺伝子: Caur_0123 / プラスミド: glbO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A9WBH0
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄ / 詳細: 201 is Hemoglobin
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 463 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 200 mM ammonium fluoride 20-30 mM HEPES pH 7.0 16-20 % PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.74→19.59 Å / Num. obs: 27141 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 26.6
反射シェル	解像度: 1.74→1.802 Å / 冗長度: 2.8 % / R_merge(I) obs: 0.161 / Mean I/σ(I) obs: 6.49 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	dev_1938	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.74→19.59 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.25 / 位相誤差: 19.08 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1872	1339	4.93 %
R_work	0.1495	-	-
obs	0.1514	27141	99.55 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.74→19.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2090	0	0	463	2553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2164
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.308	2950
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.914	820
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	268
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	392

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.74-1.7716	0.2677	104	0.2005	2637	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7716-1.8057	0.2282	135	0.2064	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8057-1.8425	0.2532	144	0.1937	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8425-1.8825	0.2351	156	0.1923	2651	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8825-1.9263	0.2331	115	0.1816	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9263-1.9744	0.2291	111	0.1719	2709	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9744-2.0278	0.2008	143	0.1611	2645	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0278-2.0874	0.1809	152	0.1579	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0874-2.1547	0.1863	141	0.151	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1547-2.2316	0.1983	148	0.1559	2630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2316-2.3208	0.2239	116	0.1527	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3208-2.4262	0.215	139	0.1465	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4262-2.5539	0.2216	119	0.1473	2622	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5539-2.7135	0.1983	121	0.1432	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7135-2.9224	0.1929	166	0.1466	2586	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9224-3.2153	0.1549	176	0.1401	2577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2153-3.678	0.1566	133	0.1265	2665	X-RAY DIFFRACTION	99
3.678-4.6239	0.1641	156	0.1222	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6239-19.6695	0.1457	119	0.1496	2620	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5575	0.2874	-0.2408	2.5375	-0.654	1.9307	-0.06	-0.0713	0.0244	0.1784	0.0399	-0.2508	-0.117	0.1091	-0.0188	0.0759	0.0107	-0.037	0.1093	-0.0158	0.0988	26.3714	4.3082	43.6497
2	3.0393	-1.4936	1.6386	4.3389	-3.0795	5.0907	0.0019	0.1015	-0.0848	0.14	0.0649	-0.2856	-0.1096	0.1782	0.0247	0.0565	-0.0151	0.0054	0.1106	-0.0231	0.1489	29.7601	1.9347	37.0069
3	2.1419	-0.5431	-1.4093	3.197	1.1892	1.4343	-0.0901	0.1151	0.0327	-0.0818	0.0907	-0.4785	-0.0225	0.3065	0.1007	0.0621	-0.0137	0.0311	0.1716	0.0299	0.1512	31.4465	2.4307	29.7507
4	5.5089	4.423	-3.8571	4.534	-3.5647	4.6649	-0.1453	0.318	-0.3616	-0.2242	0.071	0.0004	0.2911	0.0553	0.3348	0.1397	-0.0059	0.0323	0.1504	-0.0196	0.12	22.6777	-5.9142	29.9924
5	2.3438	0.6626	0.3511	3.456	0.4605	2.833	-0.0525	-0.128	0.0374	0.1846	-0.051	0.0933	-0.1336	-0.1534	0.0891	0.0824	0.0286	0.0051	0.1038	0.0126	0.049	16.5657	-0.5042	44.8514
6	5.203	1.7425	2.635	0.8402	2.0574	6.7381	-0.1882	-0.0627	0.4895	0.4396	-0.0162	-0.2535	-0.7903	0.0401	0.56	0.2439	-0.0249	-0.0698	0.1035	-0.0318	0.202	20.8039	18.1601	41.2259
7	2.5956	1.3447	0.0544	5.4128	0.3318	1.9667	-0.0428	-0.0842	0.0151	0.2361	0.1097	0.1278	-0.0403	-0.1028	-0.0053	0.0579	0.0221	0.0046	0.0881	0.0039	0.0585	14.115	3.5474	37.7119
8	1.9806	-0.395	1.0163	1.9465	-1.1264	0.9815	0.2398	-0.3421	0.398	0.4249	-0.0605	0.2416	-0.4429	-0.3734	0.3275	0.4071	0.1215	0.0471	0.2052	-0.1942	0.2637	-9.8893	29.4001	61.0016
9	2.6313	-1.9801	-0.4991	4.7994	0.804	2.0255	0.0947	0.0389	0.0711	-0.3643	-0.1462	0.0241	-0.1264	-0.1355	0.0619	0.178	0.0485	0.0118	0.1397	0.0002	0.0758	0.0481	15.201	50.1241
10	1.2842	-0.2984	-0.1701	2.1101	0.6748	1.461	-0.0568	-0.015	-0.1073	-0.1827	-0.1888	0.4475	-0.1062	-0.3265	0.0507	0.1417	0.0471	-0.0219	0.1799	-0.0449	0.1589	-9.4161	11.5074	55.067
11	2.7924	-2.7571	0.5325	3.6932	-1.1003	0.8926	-0.1578	-0.5709	-0.412	0.6875	-0.264	0.9588	0.4284	-0.3838	-0.0884	0.2478	0.0175	0.1068	0.2648	-0.0212	0.3058	-9.4104	5.4519	65.2911
12	0.8404	-0.4126	-0.32	2.9235	0.7191	1.8925	0.0183	-0.0294	0.0414	-0.0865	-0.0111	-0.3524	-0.0933	0.1221	0.0361	0.1243	0.0326	0.0047	0.1393	0.0075	0.0916	4.4693	13.6638	58.2313
13	1.6748	-1.1415	0.1037	7.7176	-0.0959	2.2352	-0.011	-0.0206	0.0007	0.1107	0.003	-0.1453	-0.0526	0.106	0.0733	0.1489	-0.0053	0.0024	0.1291	-0.0014	0.0734	2.6574	14.9349	65.0896

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 41 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 42 through 55 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 56 through 66 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 67 through 74 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 75 through 98 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 99 through 104 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 105 through 123 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 11 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 12 through 33 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 34 through 66 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 67 through 74 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 75 through 104 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 105 through 123 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)