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万見
- PDB-5d1o: Archaeal ATP-dependent RNA ligase - form 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d1o
タイトルArchaeal ATP-dependent RNA ligase - form 1
要素(ATP-dependent RNA ...) x 2
キーワードLIGASE / ATP-dependent RNA ligase / Archaea
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #740 / RNA ligase, Pab1020 family / RNA ligase Pab1020, C-terminal domain / Ligase Pab1020 C-terminal region / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, ...Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #740 / RNA ligase, Pab1020 family / RNA ligase Pab1020, C-terminal domain / Ligase Pab1020 C-terminal region / RNA ligase domain, REL/Rln2 / RNA ligase / Dna Ligase; domain 1 - #70 / DNA ligase/mRNA capping enzyme / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Dna Ligase; domain 1 / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Conserved protein
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.648 Å
データ登録者Murakami, K.S.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM087350 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structural and mutational analysis of archaeal ATP-dependent RNA ligase identifies amino acids required for RNA binding and catalysis.
著者: Gu, H. / Yoshinari, S. / Ghosh, R. / Ignatochkina, A.V. / Gollnick, P.D. / Murakami, K.S. / Ho, C.K.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA ligase
B: ATP-dependent RNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,0619
ポリマ－86,0492
非ポリマー1,0127
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7330 Å2
ΔGint-129 kcal/mol
Surface area31010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.250, 114.870, 91.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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ATP-dependent RNA ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA ligase


分子量: 42868.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (strain ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H) (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: MTH_1221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27289
#2: タンパク質 ATP-dependent RNA ligase


分子量: 43180.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (strain ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H) (古細菌)
株: ATCC 29096 / DSM 1053 / JCM 10044 / NBRC 100330 / Delta H
遺伝子: MTH_1221 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O27289

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非ポリマー , 4種, 80分子

#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.71 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 0.2 M Lithium Sulfate and 40 % PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5414 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2009年1月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5414 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→30 Å / Num. all: 67995 / Num. obs: 32926 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 2.06 % / Net I/σ(I): 4.83

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.648→27.713 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2653 1176 5.03 %
Rwork0.2059 --
obs0.209 23402 79.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.648→27.713 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6012 0 57 73 6142
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.056196
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4048377
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.8852388
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061102
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.6478-2.76820.35851360.28672605X-RAY DIFFRACTION75
2.7682-2.9140.30761480.26942663X-RAY DIFFRACTION78
2.914-3.09630.37291390.27212657X-RAY DIFFRACTION77
3.0963-3.33510.27941300.22072631X-RAY DIFFRACTION76
3.3351-3.670.27921390.20192651X-RAY DIFFRACTION77
3.67-4.19950.24561500.2042778X-RAY DIFFRACTION80
4.1995-5.28490.23341690.17813116X-RAY DIFFRACTION90
5.2849-27.71450.24141650.18183125X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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