PDB-5d1h: Crystal structure of the 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltran...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d1h

タイトル

Crystal structure of the 16S rRNA (adenine(1408)-N(1))-methyltransferase W203A mutant from Catenulisporales acidiphilia

要素

Uncharacterized protein

キーワード

TRANSFERASE / methyltransferase / ribosome / aminoglycoside resistance

機能・相同性

Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / rRNA methyltransferase

機能・相同性情報

生物種

Catenulispora acidiphila (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.803 Å

データ登録者

Witek, M.A. / Conn, G.L.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Functional dichotomy in the 16S rRNA (m1A1408) methyltransferase family and control of catalytic activity via a novel tryptophan mediated loop reorganization.
著者: Witek, M.A. / Conn, G.L.

履歴

登録	2015年8月4日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年7月20日	Group: Data collection
改定 1.2	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d1h.cif.gz	169 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d1h.ent.gz	132.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d1h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5d1h_validation.pdf.gz	439.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d1h_full_validation.pdf.gz	441.3 KB	表示
XML形式データ	5d1h_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	5d1h_validation.cif.gz	20.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d1h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d1/5d1h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x1oSC 5bw4C 5bw5C 5d1nC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2oq0-3 3m0w-2 6pbi-1 3m0w-6 4rwz-1 1esf-1 4e9m-8 4jbm-2 5qmv-1 3czt-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#10 - 2000年10月リボソーム (Ribosome) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

57 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

登録者が定義した集合体
28.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.007, 84.112, 94.368
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 28511.477 Da / 分子数: 2 / 変異: W203A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Catenulispora acidiphila (バクテリア) 株: DSM 44928 / NRRL B-24433 / NBRC 102108 / JCM 14897 / 遺伝子: Caci_9046 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C7Q5P8
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 0.1 M Sodium Acetate Trihydrate, 30% PEG

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月7日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 13446 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 4.3 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / % possible all: 92.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.8.4_1496	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4X1O

4x1o

解像度: 2.803→42.056 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2338	1220	9.99 %
R_work	0.1829	-	-
obs	0.188	12210	91.07 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.803→42.056 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3075	0	0	10	3085

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	3134
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.754	4290
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.354	1144
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	524
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	547

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8034-2.9156	0.3455	122	0.2528	1136	X-RAY DIFFRACTION	87
2.9156-3.0483	0.2821	132	0.249	1186	X-RAY DIFFRACTION	90
3.0483-3.2089	0.3051	131	0.2287	1182	X-RAY DIFFRACTION	91
3.2089-3.4099	0.2658	137	0.1972	1223	X-RAY DIFFRACTION	92
3.4099-3.673	0.2503	137	0.1868	1232	X-RAY DIFFRACTION	92
3.673-4.0424	0.2098	139	0.1626	1240	X-RAY DIFFRACTION	94
4.0424-4.6267	0.1904	138	0.1461	1253	X-RAY DIFFRACTION	93
4.6267-5.8267	0.2216	140	0.1609	1254	X-RAY DIFFRACTION	92
5.8267-42.0607	0.1987	144	0.1823	1284	X-RAY DIFFRACTION	89

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.8066	-0.9974	-0.4777	3.8491	1.3112	1.924	0.009	0.4212	0.3162	-0.8944	-0.0082	0.1946	-0.4531	0.3111	-0.0499	0.4294	0.0241	-0.0535	0.5091	0.1278	0.2963	-9.5563	-10.3089	-11.0624
2	3.1371	0.1193	0.2363	2.6535	-0.4931	3.1025	-0.2957	0.3152	-0.2397	-0.1836	0.1889	-0.0714	0.6358	0.3325	0.0186	0.3249	-0.0092	0.0186	0.4187	0.0147	0.2616	-9.3256	-21.0403	-7.0605
3	3.1434	-0.6495	0.6086	0.5884	0.3786	3.2937	-0.2526	-0.0987	0.0033	0.0866	0.1565	0.0133	0.0362	0.1621	0.002	0.2808	0.012	0.0409	0.1958	0.0451	0.2523	-1.9428	-19.1891	12.3568
4	3.1	-1.5088	0.0458	2.5422	-0.1379	4.149	-0.4861	-0.1975	-0.3297	-0.0332	0.1457	0.3664	-0.1594	-0.0319	-0.056	0.1711	0.0391	0.0527	0.1938	0.1439	0.4363	-8.0866	-17.4767	15.7549
5	2.7215	-0.4002	-0.8954	0.9332	-0.4355	1.6715	-0.0472	-0.5794	-0.2918	0.1111	-0.0631	-0.0072	0.1113	0.0674	0.023	0.4032	0.0241	0.0608	0.5303	0.2038	0.3718	-16.6145	-28.5538	50.8413
6	2.6027	0.1987	-0.01	1.7284	-0.2659	2.5965	-0.1006	-0.1333	0.1947	-0.015	-0.1074	0.0104	-0.2915	0.0825	0.1637	0.263	0.058	0.0031	0.2078	0.0317	0.2582	-9.1902	-14.0635	36.5692
7	5.2941	-1.9467	-0.7672	4.829	1.0439	1.2901	-0.2178	-0.6276	0.3599	0.8767	0.23	0.4322	-0.2179	-0.4106	0.1965	0.9346	0.4842	0.0719	0.5397	-0.0747	0.4636	-17.2552	-2.5997	43.7733
8	6.1188	6.559	0.6473	9.2308	0.0264	1.6851	-0.1465	0.3566	-0.6937	-1.3819	0.3652	-0.2083	0.458	-0.4166	-0.252	0.3654	0.0191	-0.0892	0.3721	-0.0173	0.2698	-18.714	-21.0632	27.7019

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 8:32)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 33:94)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 95:192)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 212:227)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain B and resid 8:97)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 98:188)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 189:217)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 218:226)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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