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- PDB-5d1d: Crystal structure of P91L-Y306F HDAC8 in complex with a tetrapept... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d1d
タイトルCrystal structure of P91L-Y306F HDAC8 in complex with a tetrapeptide substrate
要素
  • HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate
  • Histone deacetylase 8
キーワードHYDROLASE / histone deacetylase / arginase/deacetylase fold / enzyme substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


histone decrotonylase activity / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / regulation of telomere maintenance ...histone decrotonylase activity / histone H4K16 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K5 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K8 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K4 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H3K14 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone H4K12 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / histone deacetylase / histone H3K9 deacetylase activity, hydrolytic mechanism / regulation of telomere maintenance / protein lysine deacetylase activity / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / mitotic sister chromatid cohesion / histone deacetylase activity / nuclear chromosome / Notch-HLH transcription pathway / histone deacetylase complex / negative regulation of protein ubiquitination / Hsp70 protein binding / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / HDACs deacetylate histones / Hsp90 protein binding / regulation of protein stability / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / Separation of Sister Chromatids / heterochromatin formation / chromatin organization / DNA-binding transcription factor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Histone deacetylase / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Histone deacetylase 8
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
unidentified (未定義)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.011 Å
データ登録者Decroos, C. / Christianson, N.H. / Gullett, L.E. / Bowman, C.M. / Christianson, K.E. / Deardorff, M.A. / Christianson, D.W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM49758 米国
Doris Duke Charitable Foundation 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2015
タイトル: Biochemical and Structural Characterization of HDAC8 Mutants Associated with Cornelia de Lange Syndrome Spectrum Disorders.
著者: Decroos, C. / Christianson, N.H. / Gullett, L.E. / Bowman, C.M. / Christianson, K.E. / Deardorff, M.A. / Christianson, D.W.
履歴
登録2015年8月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年11月11日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly ...pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.62023年11月15日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_conn
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.72024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 8
B: Histone deacetylase 8
C: HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate
D: HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,42510
ポリマ－88,1384
非ポリマー2876
水4,900272
1
A: Histone deacetylase 8
C: HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2135
ポリマ－44,0692
非ポリマー1443
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area820 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14330 Å2
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 8
D: HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,2135
ポリマ－44,0692
非ポリマー1443
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area760 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area14100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.281, 97.987, 105.933
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 8 / HD8


分子量: 43232.035 Da / 分子数: 2 / 変異: P91L Y306F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC8, HDACL1, CDA07 / プラスミド: pHD2-Xa-His / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9BY41, histone deacetylase
#2: タンパク質・ペプチド HDAC8 Fluor de Lys tetrapeptide substrate


分子量: 836.980 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) unidentified (未定義)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.23 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 100 mM Tris (pH 8.0), 10% (w/v) PEG 35000, 4 mM TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.01→44.5 Å / Num. obs: 57560 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 2.01→2.08 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 1.153 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1833精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EWF

3ewf


解像度: 2.011→44.5 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.13 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2064 2915 5.07 %random
Rwork0.1749 ---
obs0.1765 57481 99.82 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.011→44.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5649 0 6 272 5927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0035858
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7227965
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.1372073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.027871
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031021
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0109-2.04390.28561490.25022498X-RAY DIFFRACTION98
2.0439-2.07910.28571420.24692537X-RAY DIFFRACTION99
2.0791-2.11690.29031390.23382555X-RAY DIFFRACTION100
2.1169-2.15760.2691240.22152604X-RAY DIFFRACTION100
2.1576-2.20170.26851350.21992558X-RAY DIFFRACTION100
2.2017-2.24950.27861400.20412582X-RAY DIFFRACTION100
2.2495-2.30190.2241560.20542528X-RAY DIFFRACTION100
2.3019-2.35940.24661320.20322612X-RAY DIFFRACTION100
2.3594-2.42320.25291480.19752559X-RAY DIFFRACTION100
2.4232-2.49450.22441330.18942569X-RAY DIFFRACTION100
2.4945-2.5750.22491270.18052618X-RAY DIFFRACTION100
2.575-2.6670.19891260.18262599X-RAY DIFFRACTION100
2.667-2.77380.24091320.18342584X-RAY DIFFRACTION100
2.7738-2.90.2251460.18492578X-RAY DIFFRACTION100
2.9-3.05290.21731340.18062624X-RAY DIFFRACTION100
3.0529-3.24410.19891340.18162598X-RAY DIFFRACTION100
3.2441-3.49450.22421290.1762637X-RAY DIFFRACTION100
3.4945-3.8460.17281440.15622624X-RAY DIFFRACTION100
3.846-4.40210.17051230.13672668X-RAY DIFFRACTION100
4.4021-5.54450.16931540.14872666X-RAY DIFFRACTION100
5.5445-44.54760.17581680.16212768X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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