PDB-5d0q: BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (B...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5d0q

タイトル

BamACDE complex, outer membrane beta-barrel assembly machinery (BAM) complex

要素

Outer membrane protein assembly factor BamA
Outer membrane protein assembly factor BamC
Outer membrane protein assembly factor BamD
Outer membrane protein assembly factor BamE

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / outer membrane biogenesis / outer membrane beta-barrel assembly machinery complex / E.coli / outer membrane insertion.

機能・相同性

機能・相同性情報

Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / cell outer membrane / protein-macromolecule adaptor activity / cell adhesion / response to antibiotic / cell surface / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 3.5 Å

データ登録者

Gu, Y. / Paterson, N. / Zeng, Y. / Dong, H. / Wang, W. / Dong, C.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Structural basis of outer membrane protein insertion by the BAM complex.
著者: Gu, Y. / Li, H. / Dong, H. / Zeng, Y. / Zhang, Z. / Paterson, N.G. / Stansfeld, P.J. / Wang, Z. / Zhang, Y. / Wang, W. / Dong, C.

履歴

登録	2015年8月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5d0q.cif.gz	1013.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5d0q.ent.gz	877.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5d0q.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5d0q_validation.pdf.gz	503.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5d0q_full_validation.pdf.gz	564.1 KB	表示
XML形式データ	5d0q_validation.xml.gz	89.4 KB	表示
CIF形式データ	5d0q_validation.cif.gz	120 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/d0/5d0q	HTTPS FTP

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関連構造データ

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多剤耐性輸送体 (Multidrug Resistance Transporters)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Outer membrane protein assembly factor BamA

C: Outer membrane protein assembly factor BamC

D: Outer membrane protein assembly factor BamD

E: Outer membrane protein assembly factor BamE

F: Outer membrane protein assembly factor BamA

G: Outer membrane protein assembly factor BamC

I: Outer membrane protein assembly factor BamE

H: Outer membrane protein assembly factor BamD

341 kDa, 8 ポリマー
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1

A: Outer membrane protein assembly factor BamA

C: Outer membrane protein assembly factor BamC

D: Outer membrane protein assembly factor BamD

E: Outer membrane protein assembly factor BamE

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
171 kDa, 4 ポリマー
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2

F: Outer membrane protein assembly factor BamA

G: Outer membrane protein assembly factor BamC

I: Outer membrane protein assembly factor BamE

H: Outer membrane protein assembly factor BamD

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
171 kDa, 4 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	254.157, 254.157, 179.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamA / Omp85 分子量: 91393.734 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: bamA, yaeT, yzzN, yzzY, b0177, JW0172 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A940
#2: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamC 分子量: 37297.328 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamC, dapX, nlpB, b2477, JW2462 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A903
#3: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamD 分子量: 28280.406 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamD, yfiO, b2595, JW2577 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AC02
#4: タンパク質	Outer membrane protein assembly factor BamE 分子量: 13717.836 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: bamE, smpA, b2617, JW2598 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A937

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.29 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M Tris, pH8.0, 0.1 M MgCl2, 24% PEG500 MME. / PH範囲: 7.8-8.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 197 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.5→29.94 Å / Num. obs: 74050 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 26.9 % / Net I/av σ(I): 1.5 / Net I/σ(I): 8.2
反射シェル	解像度: 3.5→3.58 Å / 冗長度: 24.7 % / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
xia2		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

解像度: 3.5→29.943 Å / SU ML: 1 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 44.58 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3399	3727	5.03 %
R_work	0.3142	-	-
obs	0.3154	74044	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.5→29.943 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19900	0	0	0	19900

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	20334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.186	27609
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.692	7430
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	2982
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	3660

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.5-3.5442	0.4778	142	0.4734	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5442-3.5908	0.4828	141	0.4732	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5908-3.6399	0.4827	119	0.4503	2557	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6399-3.6918	0.4706	140	0.4631	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6918-3.7468	0.4515	133	0.4467	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7468-3.8053	0.414	134	0.4241	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8053-3.8675	0.4312	136	0.409	2589	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8675-3.9341	0.421	122	0.411	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9341-4.0054	0.4203	151	0.407	2547	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0054-4.0823	0.4247	120	0.3962	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0823-4.1654	0.3934	136	0.3908	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1654-4.2557	0.3648	153	0.3847	2556	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2557-4.3544	0.4099	133	0.3663	2579	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3544-4.463	0.3491	150	0.3468	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
4.463-4.5832	0.3546	139	0.3291	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5832-4.7176	0.3623	127	0.3334	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7176-4.8693	0.3255	157	0.3316	2569	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8693-5.0425	0.3678	131	0.3274	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0425-5.2434	0.3579	123	0.3382	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
5.2434-5.4806	0.3568	141	0.348	2613	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4806-5.7676	0.3513	143	0.3454	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7676-6.1261	0.3759	151	0.345	2595	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1261-6.5945	0.3476	126	0.3172	2643	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5945-7.2496	0.3133	158	0.2968	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2496-8.2791	0.3147	140	0.2671	2657	X-RAY DIFFRACTION	100
8.2791-10.3586	0.2256	151	0.2025	2695	X-RAY DIFFRACTION	100
10.3586-29.9445	0.286	130	0.2413	2837	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3792	-0.4555	0.1851	2.783	-1.7306	0.7931	0.7984	0.349	-0.0639	-0.8249	-0.7638	-0.0547	0.0858	-0.645	0.0002	1.5999	-0.1519	-0.2067	1.3219	0.1614	1.589	-66.8782	-87.2458	-2.4922
2	-0.4619	0.4392	-0.5227	0.9904	0.6982	2.3949	0.0718	0.1484	-0.6589	0.4394	0.4495	0.3161	0.5182	-0.5415	-0.0003	1.5727	0.0132	-0.3353	1.3548	0.1217	1.9349	-81.6276	-86.5644	-47.2978
3	0.5227	-0.4542	-0.0045	0.859	-0.6123	2.657	0.0047	-0.1343	-0.5896	-0.4362	0.028	0.102	-0.1959	0.6686	0	1.2203	-0.2811	0.0839	1.2096	-0.0365	1.181	-43.8111	-66.0007	-49.8587
4	0.7469	-0.6112	-0.8259	1.0685	0.1302	0.7859	-0.2712	1.1479	-0.3814	-0.2256	0.1257	-0.2485	0.4579	0.0363	-0.0001	1.3679	-0.1869	0.015	1.7847	-0.4018	1.3478	-33.0192	-83.4004	-66.6172
5	1.837	1.6776	-0.628	1.5663	0.3564	2.7318	-0.1109	-0.1273	1.4883	-0.9982	-0.0306	-3.1145	-0.0137	-0.3607	-0.0017	1.1323	-0.1937	0.2134	1.0712	0.1972	1.4182	-38.6806	-51.0398	-18.3429
6	1.1132	-1.9952	-1.0608	0.8637	0.408	0.6975	-0.2802	0.3156	0.1742	0.8601	0.4687	-0.3434	-0.3397	-0.7829	0.0006	0.9742	-0.0655	-0.2502	0.8994	-0.1332	1.2543	-46.6927	-60.8468	-4.8974
7	0.9127	-0.2478	0.1386	0.7282	0.5707	0.5756	1.0385	0.6645	-0.382	0.0838	0.8172	0.4047	-1.2822	0.2104	0.0002	1.6089	-0.1049	0.025	1.4184	0.1714	1.3275	-43.4101	-79.0349	19.1184
8	1.3204	-0.4071	0.9198	2.5498	0.8523	2.6354	-0.4636	0.031	-0.8372	-0.1135	0.1781	-0.4746	0.4817	0.1184	-0.0004	1.1106	0.0844	0.0534	1.5239	0.1183	1.1974	-36.5477	-73.3488	13.0511
9	0.1777	0.0989	-0.3909	2.3256	0.3515	0.6619	-0.0968	-0.5512	-1.4577	-0.7487	-0.2402	1.4277	0.3493	0.2987	-0.0003	1.6508	-0.0362	-0.2649	1.3793	0.1474	2.2058	-50.2771	-111.4702	0.638
10	1.7339	0.5071	-0.2907	1.1971	0.8129	1.0926	0.3251	0.0275	-0.323	-0.2576	-0.3618	0.3275	0.24	0.0982	0	1.0564	-0.2946	0.0722	1.1974	0.0667	1.2279	-44.4005	-75.9453	-9.7682
11	0.0429	0.041	-0.1044	0.2763	0.1695	0.1164	-0.1559	0.1542	-0.2784	1.3443	0.1469	-0.6726	-1.5973	0.7871	-0.001	1.6459	0.1534	-0.1889	1.0109	0.1688	1.0446	-39.5314	-60.2243	-32.6888
12	3.0695	-0.6379	0.1309	3.1554	1.612	0.6332	-0	0.1403	0.5412	-0.5277	-0.1822	-0.6533	-0.1861	-0.514	-0.0002	1.1241	0.1638	0.1389	0.6648	0.1094	1.01	-48.5401	-53.0931	-22.6612
13	0.3599	-0.4048	-0.0854	1.1114	0.4595	0.1779	0.6863	-0.3305	1.0457	-0.1847	-0.4262	-0.042	-0.6262	-0.2301	0.0001	1.5654	-0.025	0.1062	1.2891	0.1395	1.1604	-53.4347	-37.4794	-36.6414
14	1.2732	0.8177	-1.0074	2.0085	-0.7227	0.8539	-1.5704	-1.5756	0.5869	-0.3598	0.64	-0.7273	-1.2393	-1.5405	-0.0691	1.3956	0.3029	-0.4049	1.7832	0.0874	0.6081	-53.5939	-49.8539	-60.2376
15	0.0474	-0.0237	-0.0634	-0.0007	0.0531	0.0808	-0.2019	0.5394	-0.0402	-1.2902	-0.124	-1.4339	-0.8927	-0.8191	-0.0023	1.2747	0.2115	-0.0571	1.9105	-0.5462	1.315	-70.2752	-44.7064	-49.4283
16	0.3194	0.3125	0.0186	0.1825	0.0219	0.0891	0.0942	-0.279	0.3327	-0.8072	1.241	2.2961	-1.5558	-1.3785	-0.0048	2.1509	0.0969	-0.4917	1.6541	0.2707	1.9621	-81.2381	-37.4171	-41.9725
17	0.6242	0.2326	0.7758	0.3007	0.1045	0.8858	0.6601	1.5815	-2.9239	-1.2898	-0.3274	-0.5186	0.8288	1.0397	0.0501	1.347	-0.3521	0.0996	0.3388	0.927	1.5798	-67.4178	-37.1013	-36.0526
18	-0.1665	-0.1485	-0.2135	0.0875	-0.2095	0.0909	0.0356	1.4161	-1.0518	-0.065	-0.9624	0.9557	0.962	-0.5613	-0.0033	1.3198	-0	-0.2855	0.9989	-0.2427	1.2042	-64.1858	-41.3857	-51.2022
19	-0.0393	0.1028	-0.4013	-0.0153	0.2823	1.4619	1.9883	-0.0778	0.0372	0.0942	-1.7589	1.31	-0.1208	-1.7116	0.0334	2.0365	0.2414	-0.6472	1.0305	0.0604	1.4002	-72.1205	-30.5737	-42.5281
20	1.7178	1.4798	1.3202	1.5644	0.0606	0.8849	-0.2878	0.0619	-0.3199	-0.2399	0.3563	-0.8048	-0.3309	-0.1389	0.0002	2.0468	-0.1318	0.3057	1.5701	-0.2365	1.612	-54.0886	-93.6916	-147.0028
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31	0.2256	-0.033	0.0422	0.3893	0.1486	0.0456	-0.7034	-1.2014	0.239	-0.7904	-0.3488	1.0197	0.1443	-1.1323	-0.0002	2.0418	-0.151	-0.1582	1.0004	-0.3153	1.8533	-69.2629	-75.3513	-96.3869
32	5.3098	0.1757	1.5185	0.0468	0.481	3.4039	-1.2841	-1.8363	0.1257	1.3173	-0.8818	0.3024	0.2937	-0.5062	-1.3476	1.1615	2.3221	1.295	0.6219	-0.061	1.4189	-74.5658	-88.6257	-101.1492
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35	0.5526	-0.4365	-0.9924	1.6408	-0.3469	1.6977	0.1047	0.8804	0.2709	-1.0992	-0.3755	-0.3406	1.2444	-0.065	-0.0007	2.9346	0.1651	0.4531	1.1328	0.217	1.2541	-57.4763	-117.1104	-141.1137
36	0.0472	0.0344	-0.1422	0.3317	-0.2018	0.5396	-0.3197	0.8303	-0.8561	-1.4293	-0.6812	-0.2815	1.4557	-1.3314	-0.0278	0.9306	2.0541	0.2081	1.8365	-1.0296	1.7327	-60.7563	-119.5347	-113.0547
37	2.508	1.0169	-1.3703	0.1754	-0.3849	0.5607	-0.2469	0.3234	-1.0132	0.516	0.8566	0.1119	-1.8957	0.7716	0.0023	1.3804	0.2634	-0.218	0.8328	0.0742	1.4323	-70.5958	-109.8645	-119.1491
38	0.9949	-0.5261	-0.1706	0.7468	0.565	0.6392	-1.014	-0.1068	0.6804	-0.8569	0.5241	0.9966	0.3711	-0.4195	-0.0003	1.3444	-0.3421	0.2992	1.6681	-0.0375	1.5249	-76.894	-102.6296	-99.9263

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 168 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 169 through 333 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 334 through 537 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 538 through 806 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'C' and (resid 25 through 58 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 59 through 100 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 101 through 127 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 128 through 223 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 224 through 344 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 26 through 119 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 120 through 137 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 138 through 188 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 189 through 243 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 24 through 33 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'E' and (resid 34 through 38 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 39 through 58 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 59 through 71 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 72 through 88 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 89 through 110 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'F' and (resid 25 through 170 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'F' and (resid 171 through 287 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'F' and (resid 288 through 807 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'G' and (resid 28 through 39 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'G' and (resid 40 through 63 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'G' and (resid 64 through 83 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'G' and (resid 84 through 190 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'G' and (resid 191 through 204 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'G' and (resid 205 through 213 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'I' and (resid 24 through 33 )
30	X-RAY DIFFRACTION	30	chain 'I' and (resid 34 through 38 )
31	X-RAY DIFFRACTION	31	chain 'I' and (resid 39 through 58 )
32	X-RAY DIFFRACTION	32	chain 'I' and (resid 59 through 71 )
33	X-RAY DIFFRACTION	33	chain 'I' and (resid 72 through 88 )
34	X-RAY DIFFRACTION	34	chain 'I' and (resid 89 through 110 )
35	X-RAY DIFFRACTION	35	chain 'H' and (resid 26 through 119 )
36	X-RAY DIFFRACTION	36	chain 'H' and (resid 120 through 137 )
37	X-RAY DIFFRACTION	37	chain 'H' and (resid 138 through 188 )
38	X-RAY DIFFRACTION	38	chain 'H' and (resid 189 through 243 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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