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- PDB-5d0f: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching En... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d0f
タイトルCrystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme (E564Q) in complex with maltopentaose
要素Uncharacterized protein
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / TIM barrel / (alpha/alpha)6 barrel / hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / glycogen biosynthetic process / glycogen catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glycogen debranching enzyme, metazoa / Glycogen debranching enzyme / Eukaryotic glycogen debranching enzyme, N-terminal domain / Glycogen debranching enzyme, central domain / Glycogen debranching enzyme, C-terminal / Glycogen debranching enzyme, glucanotransferase domain / Amylo-alpha-1,6-glucosidase / N-terminal domain from the human glycogen debranching enzyme / Glycogen debranching enzyme, glucanotransferase domain / Central domain of human glycogen debranching enzyme ...Glycogen debranching enzyme, metazoa / Glycogen debranching enzyme / Eukaryotic glycogen debranching enzyme, N-terminal domain / Glycogen debranching enzyme, central domain / Glycogen debranching enzyme, C-terminal / Glycogen debranching enzyme, glucanotransferase domain / Amylo-alpha-1,6-glucosidase / N-terminal domain from the human glycogen debranching enzyme / Glycogen debranching enzyme, glucanotransferase domain / Central domain of human glycogen debranching enzyme / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotriose / alpha-maltotetraose / alpha-maltopentaose / Glycogen debranching enzyme
類似検索 - 構成要素
生物種Candida glabrata (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Zhai, L. / Xiang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology2011CB910500 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of glycogen debranching enzyme and insights into its catalysis and disease-causing mutations.
著者: Zhai, L. / Feng, L. / Xia, L. / Yin, H. / Xiang, S.
履歴
登録2015年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Structure summary
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)356,60113
ポリマ－348,9452
非ポリマー7,65711
水00
1
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,6347
ポリマ－174,4721
非ポリマー4,1626
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,9676
ポリマ－174,4721
非ポリマー3,4955
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)158.070, 202.010, 135.240
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.32, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 174472.422 Da / 分子数: 2 / 変異: E564Q / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Candida glabrata (strain ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65) (菌類)
株: ATCC 2001 / CBS 138 / JCM 3761 / NBRC 0622 / NRRL Y-65 / 遺伝子: CAGL0G09977g / プラスミド: pET26b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q6FSK0
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltopentaose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltopentaose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 10% PEG 5000 MME, 0.1 M Hepes, 5% tacsimate pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→132.609 Å / Num. all: 59857 / Num. obs: 59857 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 86.19 Å2 / Rpim(I) all: 0.059 / Rrim(I) all: 0.108 / Rsym value: 0.09 / Net I/av σ(I): 6.659 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 187312
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
3.3-3.482.90.4881.62462586120.3350.5960.4882.194.8
3.48-3.692.90.3022.52451383150.2050.3670.3023.397.2
3.69-3.943.10.2113.62427879270.140.2540.2114.897.9
3.94-4.263.20.1415.32350573160.0910.1680.1417.197.1
4.26-4.673.30.0987.22181667070.0620.1160.0989.797
4.67-5.223.20.0838.11957960310.0520.0980.08311.496.5
5.22-6.023.10.0788.51663453030.0490.0920.07811.795.7
6.02-7.383.20.05311.81375942740.0340.0630.05314.391.4
7.38-10.443.50.025241216234870.0150.0290.02520.495.7
10.44-49.0533.40.02911.6644118850.020.0360.02923.193.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
SCALA3.3.21データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
MOSFLM7.2.0データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D06

5d06


解像度: 3.3→49.053 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.56 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2279 3069 5.13 %RANDOM
Rwork0.1922 ---
obs0.1941 59814 95.81 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→49.053 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24556 0 514 0 25070
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01625727
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.02134953
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.7469728
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1063873
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.014436
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.3-3.35160.37111370.31722502X-RAY DIFFRACTION94
3.3516-3.40650.30781190.31272555X-RAY DIFFRACTION95
3.4065-3.46520.32671310.28752580X-RAY DIFFRACTION95
3.4652-3.52820.30671420.28622580X-RAY DIFFRACTION97
3.5282-3.59610.3291170.26612618X-RAY DIFFRACTION97
3.5961-3.66940.31961490.25592614X-RAY DIFFRACTION97
3.6694-3.74920.28351310.24172609X-RAY DIFFRACTION97
3.7492-3.83640.28881270.2312613X-RAY DIFFRACTION98
3.8364-3.93230.24581540.21492614X-RAY DIFFRACTION98
3.9323-4.03860.25251430.20492637X-RAY DIFFRACTION97
4.0386-4.15730.22141380.19162605X-RAY DIFFRACTION97
4.1573-4.29150.20721520.18012606X-RAY DIFFRACTION97
4.2915-4.44470.21291400.17122600X-RAY DIFFRACTION97
4.4447-4.62260.19471540.16342577X-RAY DIFFRACTION97
4.6226-4.83280.19021310.16242623X-RAY DIFFRACTION96
4.8328-5.08730.22761410.16392568X-RAY DIFFRACTION96
5.0873-5.40570.21061300.16722597X-RAY DIFFRACTION96
5.4057-5.82250.21711650.18622568X-RAY DIFFRACTION95
5.8225-6.40720.24671460.18132476X-RAY DIFFRACTION92
6.4072-7.33170.2081410.17062436X-RAY DIFFRACTION91
7.3317-9.22720.16971490.14832610X-RAY DIFFRACTION96
9.2272-49.05870.17891320.15962557X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.85850.08730.32623.94480.42372.20140.1227-0.0987-0.01860.10660.03610.42890.2129-0.4133-0.07470.3017-0.1489-0.0161.18460.0810.560125.3102-12.338949.7385
22.4473-0.4456-0.67223.7835-0.12512.41740.21870.01850.36850.01980.0965-0.4974-0.21810.3368-0.23680.23360.05370.02980.9564-0.13910.8357-16.0887-4.504837.4162
30.9424-0.20920.29281.12720.2341.07270.19450.0336-0.28790.05940.017-0.08560.43810.2758-0.21780.45980.0762-0.14221.20550.03060.748148.5051-26.95543.2416
40.8561-0.3403-0.34271.06490.2321.30770.2240.00580.3618-0.11920.0161-0.0951-0.5486-0.3259-0.23490.54020.27510.18991.0473-0.02120.8612-39.728710.783235.7238
50.5682-0.59691.34042.0424-1.13993.32150.11270.2924-0.0035-0.0350.0103-0.28720.35570.3257-0.13640.6563-0.0652-0.10671.3517-0.05650.792732.1848-32.48193.629
60.74720.1082-0.90240.70491.13373.4191-0.07650.4357-0.0997-0.1226-0.04650.4674-0.4445-0.59430.02731.03770.31970.20551.44470.10331.0605-31.858915.4727-6.5177
72.27430.9830.94721.08440.14471.26070.05230.14540.0315-0.1609-0.0623-0.1770.26690.5254-0.0163-0.18530.2188-0.17031.7831-0.0550.664671.2446-12.350245.2424
81.89030.6341-1.07461.2641-0.08611.70610.103-0.0120.0424-0.1326-0.1704-0.049-0.1209-0.6330.10670.06380.35310.08541.58790.00920.7536-61.9593-3.100442.6296
91.2749-0.12690.26733.18410.4151.917-0.0565-0.13470.29890.3960.153-0.5617-0.3260.3326-0.02770.1879-0.1189-0.09211.2857-0.05680.668945.092215.264159.5814
102.2239-0.4763-0.41643.6128-0.06652.3869-0.2034-0.3473-0.37860.52260.24370.72480.2719-0.375-0.06180.32830.11380.11951.00950.16610.8026-34.3291-31.281751.4234
112.11740.37440.46843.71120.41252.007-0.1333-0.13310.8435-0.23530.01971.2993-0.5442-0.57520.13760.44920.2099-0.05331.09620.04941.34112.409732.115552.4465
122.00450.0444-0.46663.0695-0.35182.4916-0.2775-0.095-0.797-0.0160.1829-0.19760.73560.4950.10670.55250.314-0.0190.895-0.09441.0237-4.7216-49.333537.2582
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and ((resseq 3:131))
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and ((resseq 3:131))
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and ((resseq 132:237) or (resseq 499:749))
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and ((resseq 132:237) or (resseq 499:749))
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and ((resseq 238:498))
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and ((resseq 238:498))
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and ((resseq 750:869))
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and ((resseq 750:869))
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and ((resseq 870:1022))
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and ((resseq 870:1022))
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and ((resseq 1023:1528))
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and ((resseq 1023:1528))

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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