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- PDB-5d0b: Crystal structure of epoxyqueuosine reductase with a tRNA-TYR epo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d0b
タイトルCrystal structure of epoxyqueuosine reductase with a tRNA-TYR epoxyqueuosine-modified tRNA stem loop
要素
  • Epoxyqueuosine reductase
  • RNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*UP*(56B)P*UP*AP*AP*AP*UP*CP*UP*GP*C)-3')
キーワードoxidoreductase/RNA / B12 / tRNA modification / HEAT-domain / queuosine / oxidoreductase-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epoxyqueuosine reductase / epoxyqueuosine reductase activity / queuosine biosynthetic process / tRNA processing / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Epoxyqueuosine reductase QueG / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / 4Fe-4S double cluster binding domain / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / HEAT repeats / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. ...Epoxyqueuosine reductase QueG / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / Epoxyqueuosine reductase QueG, DUF1730 / 4Fe-4S double cluster binding domain / E-Z type HEAT repeats / PBS lyase HEAT-like repeat / HEAT repeats / 4Fe-4S ferredoxin, iron-sulphur binding, conserved site / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding region signature. / 4Fe-4S ferredoxin-type iron-sulfur binding domain profile. / 4Fe-4S ferredoxin-type, iron-sulphur binding domain / Armadillo-like helical / Armadillo-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
COBALAMIN / PHOSPHATE ION / IRON/SULFUR CLUSTER / RNA / RNA (> 10) / Epoxyqueuosine reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.645 Å
データ登録者Dowling, D.P. / Miles, Z.D. / Kohrer, C. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
Howard Hughes Medical Institute (HHMI) 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM72623 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Molecular basis of cobalamin-dependent RNA modification.
著者: Dowling, D.P. / Miles, Z.D. / Kohrer, C. / Maiocco, S.J. / Elliott, S.J. / Bandarian, V. / Drennan, C.L.
履歴
登録2015年8月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月5日Group: Database references
改定 1.22016年12月14日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42019年11月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Epoxyqueuosine reductase
B: Epoxyqueuosine reductase
F: RNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*UP*(56B)P*UP*AP*AP*AP*UP*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,37612
ポリマ－103,0273
非ポリマー4,3499
水1,26170
1
A: Epoxyqueuosine reductase
F: RNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*UP*(56B)P*UP*AP*AP*AP*UP*CP*UP*GP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5117
ポリマ－54,2902
非ポリマー2,2215
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5100 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area18310 Å2
手法PISA
2
B: Epoxyqueuosine reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,8655
ポリマ－48,7371
非ポリマー2,1294
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3050 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area16700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.644, 110.754, 99.223
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.160, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 ABF

#1: タンパク質 Epoxyqueuosine reductase / Queuosine biosynthesis protein QueG


分子量: 48736.641 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: queG, ygaP, yhbA, BSU08910 / プラスミド: pASK-IBA43plus / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P97030, epoxyqueuosine reductase
#2: RNA鎖 RNA (5'-D(*GP*CP*AP*GP*AP*CP*UP*(56B)P*UP*AP*AP*AP*UP*CP*UP*GP*C)-3')


分子量: 5553.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthesized by IDT and enzymatically modified / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 79分子

#3: 化合物
ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER


分子量: 351.640 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe4S4
#4: 化合物 ChemComp-B12 / COBALAMIN


分子量: 1330.356 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C62H89CoN13O14P
#5: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 70 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.51 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: (0.1 M acetate (pH 4.5), 0.4 M (NH4)H2PO4, 12% (w/v) PEG 3350
Temp details: anaerobic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.645→100 Å / Num. obs: 26382 / % possible obs: 92.8 % / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 37.76 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.154 / Rpim(I) all: 0.067 / Rrim(I) all: 0.169 / Χ2: 1.108 / Net I/av σ(I): 10 / Net I/σ(I): 5.3 / Num. measured all: 138854
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.743.30.33719220.8730.1940.3920.89768.3
2.74-2.8550.34722860.9240.1520.3810.90280.4
2.85-2.985.20.3325100.930.1430.3610.9288.7
2.98-3.145.10.26627340.9620.1170.2921.10297.2
3.14-3.345.40.22328030.9690.0960.2441.15598.7
3.34-3.65.60.18728070.9790.0790.2041.16299.3
3.6-3.965.40.15428010.9820.0670.1691.26298.4
3.96-4.535.80.13528270.9850.0570.1471.21398.8
4.53-5.715.60.12228310.9840.0530.1341.13798.7
5.71-1005.60.10228610.9890.0450.1121.10298.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5D08

5d08


解像度: 2.645→32.049 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.99 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2214 1316 5 %Random selection
Rwork0.1917 25013 --
obs0.1932 26329 91.53 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 74.55 Å2 / Biso mean: 31.4805 Å2 / Biso min: 16.2 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.645→32.049 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5903 368 230 70 6571
Biso mean--25.01 27.25 -
残基数----768
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046712
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7289211
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0341018
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041165
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.9532734
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6454-2.75120.307980.24411866196462
2.7512-2.87640.2911280.24932427255580
2.8764-3.02790.29311440.25652729287390
3.0279-3.21740.26231540.24272955310998
3.2174-3.46560.27341570.22342991314899
3.4656-3.81380.19771590.17763019317899
3.8138-4.36450.22311580.16752979313799
4.3645-5.49440.18821580.16223000315899
5.4944-32.05150.16841600.16213047320799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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