[日本語] English
万見
- PDB-5d01: Crystal structure of BshA from B. subtilis complexed with N-acety... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5d01
タイトルCrystal structure of BshA from B. subtilis complexed with N-acetylglucosaminyl-malate
要素N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / Bacillithiol / glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / GlcNAc (N-アセチルグルコサミン) / Gram-positive
機能・相同性
機能・相同性情報


bacillithiol biosynthetic process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / glycosyltransferase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase BshA / Glycosyltransferase Family 4 / Glycosyltransferase subfamily 4-like, N-terminal domain / Glycosyl transferase, family 1 / Glycosyl transferases group 1 / Glycogen Phosphorylase B; / ロスマンフォールド / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-GMT / N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.02 Å
データ登録者Cook, P.D. / Winchell, K.R.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)F32GM093507 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM030910 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: A Structural, Functional, and Computational Analysis of BshA, the First Enzyme in the Bacillithiol Biosynthesis Pathway.
著者: Winchell, K.R. / Egeler, P.W. / VanDuinen, A.J. / Jackson, L.B. / Karpen, M.E. / Cook, P.D.
履歴
登録2015年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22019年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase
B: N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,1344
ポリマ－84,4592
非ポリマー6752
水3,261181
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3580 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area27810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)89.060, 163.250, 97.246
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 N-acetyl-alpha-D-glucosaminyl L-malate synthase / GlcNAc-Mal synthase / L-malic acid glycosyltransferase BshA


分子量: 42229.629 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: bshA, jojH, ypjH, BSU22460 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P42982, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 糖 ChemComp-GMT / (2S)-2-{[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl]oxy}butanedioic acid / (2S)-2-{[2-(acetylamino)-2-deoxy-alpha-D-glucopyranosyl]oxy}butanedioic acid / (2S)-2-{[2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucosyl]oxy}butanedioic acid / (2S)-2-{[2-acetamido-2-deoxy-D-glucosyl]oxy}butanedioic acid / (2S)-2-{[2-acetamido-2-deoxy-glucosyl]oxy}butanedioic acid / (2S)-2-[2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノシルオキシ]ブタン二酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 337.280 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19NO10
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 181 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM ammonium citrate, 10% (w/v) PEG 3400, 10 mM HEPES, 25 mM NaCl, 5 mM UDP-N-acetylglucosamine, 5 mM malate.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-D / 波長: 1.078 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月13日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.078 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.02→97.25 Å / Num. obs: 46645 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 19.5
反射 シェル解像度: 2.02→2.13 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.709 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3MBO

3mbo


解像度: 2.02→81.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / SU B: 5.581 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.207 / ESU R Free: 0.188 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2528 2313 5 %RANDOM
Rwork0.1929 ---
obs0.1959 44313 99.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 127.15 Å2 / Biso mean: 44.6 Å2 / Biso min: 20.78 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å2-0 Å20 Å2
2--0.51 Å2-0 Å2
3----0.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.02→81.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5506 0 46 181 5733
Biso mean--32.67 42.1 -
残基数----717
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0195686
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025585
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7371.9837697
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.834312875
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8365716
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.91624.934229
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.362151016
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4121522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2920
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026310
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0144.2632876
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0124.2632875
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.4056.3643588
LS精密化 シェル解像度: 2.021→2.073 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.274 175 -
Rwork0.26 3210 -
all-3385 -
obs--99.12 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る