PDB-5czk: Structure of E. coli beta-glucuronidase bound with a novel, poten...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5czk

タイトル

Structure of E. coli beta-glucuronidase bound with a novel, potent inhibitor 1-((6,8-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)methyl)-1-(2-hydroxyethyl)-3-(4-hydroxyphenyl)thiourea

要素

Beta-glucuronidase

キーワード

Hydrolase/Hydrolase Inhibitor / alpha/beta barrel / sugar-binding domain / beta-sandwich domain / Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

: / beta-glucuronidase / beta-glucuronidase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / signaling receptor binding / protein-containing complex / extracellular space / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.39 Å

データ登録者

Roberts, A.R. / Wallace, B.R. / Redinbo, M.R.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: Chem.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structure and Inhibition of Microbiome beta-Glucuronidases Essential to the Alleviation of Cancer Drug Toxicity.
著者: Wallace, B.D. / Roberts, A.B. / Pollet, R.M. / Ingle, J.D. / Biernat, K.A. / Pellock, S.J. / Venkatesh, M.K. / Guthrie, L. / O'Neal, S.K. / Robinson, S.J. / Dollinger, M. / Figueroa, E. / ...

履歴

登録	2015年7月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年10月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月6日	Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5czk.cif.gz	500.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5czk.ent.gz	426.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5czk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4jkkC 4jklC 4jkmC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lpg-d 3k46-d 6lej-d 6lel-d 5c70-d 3k4a-d 5z18-1 6lem-d 4jhz-d 5z19-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#198 - 2016年6月 β-ガラクトシダーゼ (Beta-galactosidase) 類似性 (12) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (12)

登録構造単位

A: Beta-glucuronidase

B: Beta-glucuronidase

ヘテロ分子

140 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	169.140, 76.098, 125.831
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 125.30, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Beta-glucuronidase / GUS / Beta-D-glucuronoside glucuronosohydrolase 分子量: 69356.602 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: uidA, gurA, gusA, b1617, JW1609 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05804, beta-glucuronidase
#2: 化合物	ChemComp-57Z / 1-[(6,8-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)methyl]-1-(2-hydroxyethyl)-3-(4-hydroxyphenyl)thiourea 分子量: 397.491 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₁H₂₃N₃O₃S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 407 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 15% PEG 3350, 0.2 M MgAcetate, 0.02% sodium azide, 1 mM 1-((6,8-dimethyl-2-oxo-1,2-dihydroquinolin-3-yl)methyl)-1-(2-hydroxyethyl)-3-(4-hydroxyphenyl)thiourea

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.39→42 Å / Num. obs: 51255 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.1 % / Net I/σ(I): 12.28
反射シェル	解像度: 2.39→2.48 Å / 冗長度: 5.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.4_1496	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.39→42 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.9 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2558	2609	5.09 %	Random selection
R_work	0.2003	-	-	-
obs	0.2032	51242	99.03 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.39→42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9596	0	56	407	10059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	9914
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.223	13489
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.822	3533
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	1425
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1759

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.39-2.4356	0.3382	108	0.2675	2106	X-RAY DIFFRACTION	82
2.4356-2.4824	0.3223	142	0.2635	2532	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4824-2.5331	0.3017	146	0.2462	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5331-2.5882	0.3556	169	0.2519	2529	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5882-2.6484	0.3523	132	0.2516	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6484-2.7146	0.3306	134	0.2591	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7146-2.788	0.3152	125	0.2452	2562	X-RAY DIFFRACTION	100
2.788-2.87	0.2929	127	0.2324	2568	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.9626	0.3233	116	0.2282	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9626-3.0684	0.2778	132	0.2188	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0684-3.1913	0.2572	144	0.2142	2564	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1913-3.3364	0.2805	132	0.2168	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3364-3.5123	0.2852	144	0.2077	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5123-3.7322	0.2324	143	0.1924	2576	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7322-4.0201	0.2491	158	0.1741	2588	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0201-4.4243	0.2006	141	0.164	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4243-5.0636	0.2108	136	0.1586	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0636-6.376	0.2354	141	0.1885	2616	X-RAY DIFFRACTION	100
6.376-42.0123	0.2058	139	0.1832	2667	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6009	0.33	-0.7579	1.2361	0.1343	2.7184	0.0002	0.7593	-0.5021	-0.1144	-0.0178	-0.1951	0.2429	0.2882	0.0319	0.2925	0.1102	-0.0361	0.6389	-0.2397	0.4454	-6.942	-45.6924	28.2373
2	0.9184	-0.1657	-0.8173	1.0908	0.2389	2.6306	0.1037	0.9568	0.3524	-0.2926	0.0597	-0.1702	-0.3609	0.3041	-0.2137	0.3344	-0.0784	0.0098	0.9244	0.2221	0.4606	-6.4218	-16.2946	22.4754
3	4.2087	-0.1208	-0.3207	0.8917	0.3443	1.6361	0.013	0.0266	0.2011	0.0804	-0.0008	-0.1017	-0.0822	0.1703	-0.0219	0.2638	-0.0286	-0.0552	0.175	0.0244	0.2579	-11.8746	-23.3711	47.6828
4	1.0668	0.7663	-0.4651	1.0735	0.0655	2.7878	0.0142	1.1337	0.1896	-0.2469	0.0638	0.2077	-0.02	-0.0477	-0.0486	0.3874	0.0601	-0.0938	1.1025	0.0392	0.2469	-34.4439	-29.7934	13.9571
5	0.0325	-0.1425	-0.0615	0.7399	0.3889	0.8378	0.0432	1.0221	-0.7164	-0.3349	0.0135	-0.0536	0.3889	0.1192	0.0263	0.6044	-0.0043	-0.098	1.2879	-0.8856	0.8885	-29.8766	-59.1026	9.8841
6	1.0861	0.3098	0.4857	0.7339	0.1518	2.4533	0.0214	0.6835	-0.7891	-0.0124	0.0425	0.2759	0.2527	-0.3568	-0.0379	0.3447	-0.063	-0.1219	0.639	-0.3478	0.6923	-47.4943	-52.4283	28.8203

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID -1:173 )	A	-1 - 173
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 174:307 )	A	174 - 307
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 308:601 )	A	308 - 601
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND RESID -1:173 )	B	-1 - 173
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN B AND RESID 174:307 )	B	174 - 307
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 308:601 )	B	308 - 601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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