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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5czd | ||||||
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タイトル | The complex structure of VinK with VinL | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSFERASE / acyl carrier protein / polyketide biosynthesis | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / fatty acid biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces halstedii (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å | ||||||
データ登録者 | Miyanaga, A. / Iwasawa, S. / Shinohara, Y. / Kudo, F. / Eguchi, T. | ||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016 タイトル: Structure-based analysis of the molecular interactions between acyltransferase and acyl carrier protein in vicenistatin biosynthesis. 著者: Miyanaga, A. / Iwasawa, S. / Shinohara, Y. / Kudo, F. / Eguchi, T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5czd.cif.gz | 92.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5czd.ent.gz | 67.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5czd.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5czd_validation.pdf.gz | 678.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5czd_full_validation.pdf.gz | 683.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5czd_validation.xml.gz | 16.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5czd_validation.cif.gz | 23 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cz/5czd | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38170.207 Da / 分子数: 1 / 変異: S266C / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces halstedii (バクテリア) 遺伝子: vinK / プラスミド: pCold I / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76KY5 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 9898.995 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces halstedii (バクテリア) 遺伝子: vinL / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q76KY4 |
#3: 化合物 | ChemComp-PNS / |
#4: 化合物 | ChemComp-1N2 / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.08 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.05 M magnesium chloride, 20% polyethylene glycol 8000, 0.1 M Tris-HCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月22日 |
放射 | モノクロメーター: Numerical link type Si(111) double crystal monochromator プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.337→68.23 Å / Num. obs: 19598 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 9.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.337→2.46 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 97.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5CZC 解像度: 2.34→62.07 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / SU B: 8.9 / SU ML: 0.205 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.266 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 43.586 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.34→62.07 Å
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拘束条件 |
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