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- PDB-5cyp: GTPase domain of Septin 9 in complex with GTP-gamma-S -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cyp
タイトルGTPase domain of Septin 9 in complex with GTP-gamma-S
要素Septin-9
キーワードHYDROLASE / Septin 9 GTPase domain
機能・相同性
機能・相同性情報


septin cytoskeleton organization / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / axoneme / intercellular bridge / stress fiber ...septin cytoskeleton organization / positive regulation of non-motile cilium assembly / septin complex / septin ring / cytoskeleton-dependent cytokinesis / non-motile cilium / cell division site / axoneme / intercellular bridge / stress fiber / intracellular protein localization / actin cytoskeleton / microtubule cytoskeleton / actin cytoskeleton organization / molecular adaptor activity / microtubule / cilium / cadherin binding / GTPase activity / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Septin / Septin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Septin / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / Septin-9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.893 Å
データ登録者Matos, S.S. / Leonardo, D.A. / Pereira, H.M. / Horjales, E. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
資金援助 ブラジル, 1件
組織認可番号
Sao Paulo Research Foundation (FAPESP)2014/15546-1 ブラジル
引用ジャーナル: Iucrj / : 2020
タイトル: A complete compendium of crystal structures for the human SEPT3 subgroup reveals functional plasticity at a specific septin interface
著者: Castro, D.K.S.V. / da Silva, S.M.O. / Pereira, H.M. / Macedo, J.N.A. / Leonardo, D.A. / Valadares, N.F. / Kumagai, P.S. / Brandao-Neto, J. / Araujo, A.P.U. / Garratt, R.C.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence
改定 1.32019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.62020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.72024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Septin-9
B: Septin-9
C: Septin-9
D: Septin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)130,16212
ポリマ-127,9074
非ポリマー2,2548
00
1
A: Septin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5403
ポリマ-31,9771
非ポリマー5642
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Septin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5403
ポリマ-31,9771
非ポリマー5642
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Septin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5403
ポリマ-31,9771
非ポリマー5642
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Septin-9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5403
ポリマ-31,9771
非ポリマー5642
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.587, 79.156, 108.217
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.380, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細Monomer confirmed by gel filtration

-
要素

#1: タンパク質
Septin-9 / MLL septin-like fusion protein MSF-A / MLL septin-like fusion protein / Ovarian/Breast septin / ...MLL septin-like fusion protein MSF-A / MLL septin-like fusion protein / Ovarian/Breast septin / Ov/Br septin / Septin D1


分子量: 31976.834 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SEPT9, KIAA0991, MSF / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UHD8
#2: 化合物
ChemComp-GSP / 5'-GUANOSINE-DIPHOSPHATE-MONOTHIOPHOSPHATE / GTP-γ-S


分子量: 539.246 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : C10H16N5O13P3S
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / : Mg

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.32 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 20% PEG1500, 20% Glycerol / PH範囲: 6.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.9801 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9801 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→50 Å / Num. all: 27269 / Num. obs: 27269 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.25 % / Rmerge F obs: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Rrim(I) all: 0.145 / Χ2: 0.944 / Net I/σ(I): 8.57 / Num. measured all: 85852
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2.89-3.070.8140.6521.913284448342660.78995.2
3.07-3.280.9210.4192.9913113419541570.50699.1
3.28-3.540.960.264.6812274392638760.31398.7
3.54-3.880.9870.1487.4211240360435560.17898.7
3.88-4.330.9950.0910.9810219329232290.10998.1
4.33-4.990.9970.06514.368961291028480.07897.9
4.99-6.10.9960.0713.367494245423880.08597.3
6.1-8.550.9980.05316.025909193618660.06396.4
8.550.9990.02628.223358113910830.03295.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.893→45.654 Å / FOM work R set: 0.6839 / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 37.14 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2974 1362 5.01 %Random selection
Rwork0.2522 25819 --
obs0.2544 27181 97.34 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 171.72 Å2 / Biso mean: 60.85 Å2 / Biso min: 20 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.893→45.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7117 0 132 0 7249
Biso mean--42.45 --
残基数----940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0027376
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.59410043
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0231192
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021269
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.2772617
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.893-2.99640.40331280.35462438256692
2.9964-3.11630.32281380.33132609274799
3.1163-3.25810.37571370.30712589272699
3.2581-3.42980.35311370.2912602273999
3.4298-3.64460.28071350.25422580271598
3.6446-3.92590.32181380.24912604274298
3.9259-4.32070.24981360.22152594273098
4.3207-4.94520.24621380.20422613275198
4.9452-6.2280.29181370.23962582271997
6.228-45.65930.27881380.23222608274696
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.40570.5415-6.53644.0076-1.61977.5002-0.63141.54030.0101-0.12670.29610.61090.2772-0.84520.03430.2301-0.0123-0.03060.54360.23970.3983-27.816810.52936.3161
26.1515-1.93021.7325.42531.88274.0902-0.28160.0141-0.8735-0.06680.3367-0.4858-0.0553-0.0786-0.08870.20530.07150.00980.5150.02030.7874-14.97796.37319.0741
33.86222.0949-4.65763.9673-1.87065.82160.040.5948-0.0919-0.22520.3866-0.39370.2426-0.2789-0.59680.44130.1507-0.12740.5223-0.1670.7887-15.70099.60611.9284
41.16081.9073-1.93384.4546-1.59985.0656-0.00360.3866-2.0691-0.57210.38080.1785-0.2096-0.1751-0.37810.39650.0352-0.13870.9834-0.23820.9334-22.7779.8436-9.0826
50.4345-0.5631-0.72622.8442-0.08112.6219-0.1760.26110.3509-0.31190.1218-0.010.21560.02060.07030.251-0.03030.01990.63410.0610.6651-17.361817.71980.285
62.2817-0.69650.11154.2733-0.10523.5709-0.4260.3889-0.00140.23120.2786-0.885-0.32390.6041-0.4040.35620.05330.05830.56390.1340.6665-8.173531.44087.8013
70.01520.03130.09110.07120.20320.5549-0.07780.09410.9774-0.35910.43481.1255-0.5131-0.5697-0.45120.30390.0207-0.0210.71330.21041.0717-24.504129.78130.9344
83.6119-4.8659-2.31786.61483.3192.1267-0.4686-0.85910.17860.46620.79510.4669-0.5616-0.5035-0.37680.30720.10530.04610.61680.09310.7299-21.393427.878511.6966
90.2690.4947-0.26811.26170.69514.8756-0.32420.16850.0247-0.1909-0.14320.1484-0.4644-0.40840.19910.27980.07030.08190.55890.0450.7637-22.177617.49119.5727
105.1688-0.2419-2.17475.31740.532.71970.05120.00041.76910.1075-0.20090.3263-0.1879-0.28860.18340.34740.02570.05240.58360.02871.044417.015226.14215.4582
111.42941.83872.70942.39483.59696.97310.81961.3441-0.58940.2841-0.3020.08510.4762-0.8572-0.40540.45380.0635-0.00071.10670.2950.811418.89222.363-8.5818
125.54512.8859-5.28282.446-1.10138.1541-0.08360.8535-0.9743-0.08870.2459-0.8982-1.19950.769-0.43840.4334-0.10370.17010.8607-0.00480.876835.218925.4462-6.2907
133.62670.1788-0.07631.9933-0.33111.19380.06440.2798-0.5648-0.4933-0.196-0.0458-0.1505-0.1954-0.22840.12620.1495-0.04740.7612-0.19710.898710.356612.44673.1891
140.35520.385-0.59741.3573-2.51964.80860.41570.3185-0.03250.03230.2236-0.8685-0.20180.1386-0.51670.35590.01360.01780.6895-0.23490.809915.04353.81286.7704
155.6134-6.97360.53648.6673-0.8483.2249-0.6914-1.0971-0.86670.69290.86390.62030.14220.4825-0.14750.34750.1265-0.03540.74540.02860.994620.9016.948612.9554
164.1411-0.2996-1.7551.8297-0.51695.4835-0.1236-0.14420.239-0.2323-0.16370.01890.8210.27620.1970.31240.0940.11140.63580.16241.063727.859215.04653.3895
175.917-1.28840.75772.3280.69043.7237-0.0608-0.3263-0.76950.1008-0.1039-0.13610.1187-0.50370.03370.26040.037-0.1115-0.0519-0.01390.67820.523520.264858.9074
182.61230.1798-0.26523.8141-0.06461.34730.3304-0.2788-0.8510.3529-0.1152-0.76580.29310.0834-0.04030.3228-0.0652-0.1162-0.10870.02091.066712.51116.886159.2664
191.6139-1.5351-0.94283.56550.43516.9960.5190.2615-0.3043-0.5617-0.2095-0.0196-0.0376-0.0939-0.13490.357-0.0238-0.07510.15950.02230.12454.509119.71844.1873
200.8368-0.77-0.8042.1709-0.58712.6863-0.2349-0.1157-0.3629-0.28940.20770.64830.1953-0.67840.08890.2903-0.16410.06330.1519-0.14460.488-8.24116.774747.8002
214.47581.45941.46062.54740.68451.5322-0.4065-0.29011.2221-0.8920.172-0.5624-0.37650.1874-0.02160.2797-0.03180.0116-0.0659-0.29080.664519.569531.389457.3834
227.06971.57370.78150.59640.40590.29950.03540.68071.071-0.1544-0.14030.139-0.4098-0.10680.20310.4377-0.0377-0.01170.2709-0.08840.764715.884732.062147.8794
230.8393-0.7703-1.07962.09120.83031.4141-0.4711-0.29480.12630.3860.11040.10020.30020.0409-0.04730.2754-0.13360.10930.2867-0.09880.390216.366630.200461.6793
241.58130.11430.59692.10070.93781.52070.0071-0.38260.6876-0.1467-0.08450.1974-0.4078-0.29860.26690.39880.0833-0.0153-0.0671-0.19410.86618.768240.442760.0051
257.5094-7.0881-1.88157.57480.08783.6914-1.3686-1.83110.02611.50440.79730.0504-0.4140.0418-0.02390.60560.0319-0.08050.5917-0.25110.540213.662430.788470.4037
262.54350.8104-1.12511.25930.64091.4155-0.0581-0.22690.1010.0389-0.13770.1096-0.278-0.1750.06310.2331-0.0112-0.08460.1397-0.12310.37-1.006128.25953.7522
273.0192-0.2951-0.22590.86550.37283.1926-0.2564-0.32771.12350.29540.25420.1465-0.76880.2238-0.3080.26570.03050.01390.0139-0.19760.992943.45435.322960.4119
284.6622-1.77851.95634.547-0.49473.783-0.0873-0.22120.7362-0.27540.05180.063-0.63380.1174-0.07460.2777-0.02290.1475-0.01250.06440.98144.923235.754656.8106
291.9235-0.71831.34682.10890.82453.30970.18420.5370.0768-0.0156-0.14910.01050.030.5715-0.0489-0.05560.17040.06390.33330.23871.30450.734332.939944.5117
300.1751-0.480.06561.3869-0.63842.30110.0582-0.04930.2453-0.1311-0.213-0.6255-0.89690.86220.29890.422-0.457-0.00190.4178-0.15371.190763.029436.098147.9857
312.651-0.6853-0.29522.921-0.96492.62840.18360.14780.0413-0.3453-0.02020.271-0.29840.0577-0.12340.3518-0.0097-0.01350.1153-0.0270.855937.289121.51253.7415
321.671-0.7425-0.1583.0415-0.49641.62240.0062-0.3408-0.80170.1213-0.13020.18660.3528-0.03350.03370.25650.0704-0.0460.059-0.00340.585841.549416.416560.0425
333.0771-2.38831.59823.2303-1.84272.33610.0556-0.411-0.8547-0.0156-0.3769-0.53750.76310.17510.3490.4368-0.1030.28230.37650.40540.819254.512111.911764.8883
347.7175-1.8234-0.16772.4151-1.80833.0002-0.2933-1.5503-0.34640.3540.6816-0.8527-0.20510.0464-0.04110.2603-0.0371-0.00260.4969-0.05010.489446.931323.034968.0101
352.70140.32461.16720.7046-0.69241.55070.070.30250.7879-0.1303-0.3284-0.39580.29720.34040.14750.37220.0320.11380.24610.09650.597858.751824.552148.0456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 18 through 30 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 31 through 76 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 78 through 97 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 98 through 119 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 120 through 175 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 176 through 192 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 193 through 206 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 207 through 227 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 228 through 289 )A0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 19 through 97 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 98 through 114 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 115 through 134 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 135 through 175 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 176 through 206 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 207 through 257 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 258 through 290 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 19 through 30 )C0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 31 through 97 )C0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 98 through 119 )C0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 120 through 134 )C0
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 135 through 148 )C0
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 149 through 160 )C0
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 161 through 175 )C0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 176 through 217 )C0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 218 through 257 )C0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 258 through 291 )C0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 19 through 67 )D0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 68 through 97 )D0
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 98 through 119 )D0
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 120 through 134 )D0
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'D' and (resid 135 through 159 )D0
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'D' and (resid 160 through 206 )D0
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'D' and (resid 207 through 217 )D0
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'D' and (resid 218 through 269 )D0
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'D' and (resid 270 through 291 )D0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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