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- PDB-5cyb: Structure of a lipocalin lipoprotein affecting virulence in Strep... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cyb
タイトルStructure of a lipocalin lipoprotein affecting virulence in Streptococcus pneumoniae
要素Lipoprotein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / lipocalin / lipoprotein / PccL / virulence
機能・相同性
機能・相同性情報


Domain of unknown function DUF3642, lipoprotein / Bacterial lipoprotein / Lipocalin - #50 / D-aminopeptidase/lipoprotein domain superfamily / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Lipoprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Carrasco-Lopez, C. / Abdullah, M.R. / Hammerschmidt, S. / Hermoso, J.A.
資金援助 スペイン, ドイツ, 2件
組織認可番号国
the Government of Community of MadridBFU2011-25326 スペイン
German Research Foundation1870, HA3125/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Unraveling the function and structure of a lipocalin lipoprotein affecting virulence in Streptococcus pneumoniae
著者: Abdullah, M.R. / Carrasco-Lopez, C. / Saleh, M. / Gomez, A. / Petruschka, L. / VoB, F. / Pribyl, T. / Hermoso, J.A. / Hammerschmidt, S.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7837
ポリマ－16,4711
非ポリマー3116
水1,17165
1
A: Lipoprotein
ヘテロ分子

A: Lipoprotein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,56514
ポリマ－32,9422
非ポリマー62312
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+7/61
Buried area2400 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.485, 107.485, 63.870
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Space group name H-MP6522

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要素

#1: タンパク質 Lipoprotein


分子量: 16471.104 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: ERS019416_00104, ERS019595_00220, ERS021447_05272, ERS022232_05596, ERS409134_00058, ERS409372_00175, ERS515225_00124
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0T8N286
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.48 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M Na Acetate pH 4.6 0.01 Zn Chloride 18% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→41.1 Å / Num. obs: 13101 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.04 / Net I/σ(I): 7.88
反射 シェル解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 2.52 / % possible all: 89.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3GE2

3ge2


解像度: 2.1→41.1 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.46 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2174 917 7.02 %
Rwork0.194 --
obs0.1957 13068 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.1 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数681 0 14 65 760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.016723
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.287979
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.573272
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056118
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008132
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1001-2.21080.37081160.36191662X-RAY DIFFRACTION97
2.2108-2.34930.3611350.3361684X-RAY DIFFRACTION99
2.3493-2.53070.25091300.2321703X-RAY DIFFRACTION99
2.5307-2.78530.21911290.20431725X-RAY DIFFRACTION99
2.7853-3.18820.26281270.20671732X-RAY DIFFRACTION100
3.1882-4.01630.19981390.17451760X-RAY DIFFRACTION100
4.0163-41.12970.16961410.15181885X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.6054-3.83411.62646.4525-0.38067.4669-0.28240.3522-0.8468-0.21250.09641.2347-0.46340.0530.15760.45190.019-0.04010.4529-0.04070.613125.754244.19430.389
23.28452.0918-2.92582.8902-2.76054.7918-0.2138-1.0461-0.0450.34080.51330.79240.3577-0.0098-0.24610.48990.10230.04530.49190.12550.420929.277827.720637.6745
39.54236.4897-4.24628.116-2.69244.88510.0026-0.1831-0.28430.649-0.36260.0047-0.10540.20520.3960.37810.13990.04330.4095-0.05440.247132.182528.141533.0053
42.6954-1.74560.54264.5387-0.73142.0401-0.10160.1513-0.42160.1115-0.05840.30720.50130.17930.0710.45140.12570.05260.3231-0.00890.342529.695725.195828.6575
52.5952-1.15971.25983.8043-1.06133.9457-0.094-0.3266-0.21350.2720.18180.7714-0.1642-0.4386-0.09570.31010.05950.08410.39920.00990.433921.320434.794132.8409
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 64 through 73 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 74 through 82 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 83 through 90 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 91 through 113 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 114 through 152 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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