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- PDB-5cy3: SYK catalytic domain complexed with a potent and orally bioavaila... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cy3
タイトルSYK catalytic domain complexed with a potent and orally bioavailable benzisothiazole inhibitor
要素Tyrosine-protein kinase SYK
キーワードTransferase/Transferase inhibitor / Transferase-Transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


serotonin secretion by platelet / interleukin-15 receptor binding / positive regulation of interleukin-3 production / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonic acid secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / B cell receptor complex ...serotonin secretion by platelet / interleukin-15 receptor binding / positive regulation of interleukin-3 production / regulation of superoxide anion generation / regulation of neutrophil degranulation / regulation of arachidonic acid secretion / cellular response to lectin / gamma-delta T cell differentiation / positive regulation of gamma-delta T cell differentiation / B cell receptor complex / neutrophil activation involved in immune response / Toll-like receptor binding / regulation of platelet aggregation / positive regulation of alpha-beta T cell proliferation / leukocyte activation involved in immune response / positive regulation of mast cell cytokine production / regulation of platelet activation / lymph vessel development / collagen-activated tyrosine kinase receptor signaling pathway / cell activation / positive regulation of mast cell degranulation / positive regulation of killing of cells of another organism / regulation of phagocytosis / beta selection / macrophage activation involved in immune response / leukotriene biosynthetic process / cellular response to molecule of fungal origin / FLT3 signaling through SRC family kinases / early phagosome / regulation of tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / interleukin-3-mediated signaling pathway / cellular response to lipid / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / regulation of DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Interleukin-2 signaling / positive regulation of alpha-beta T cell differentiation / blood vessel morphogenesis / T cell receptor complex / positive regulation of B cell differentiation / leukocyte cell-cell adhesion / mast cell degranulation / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / positive regulation of interleukin-4 production / Dectin-2 family / Fc-epsilon receptor signaling pathway / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / phospholipase binding / positive regulation of interleukin-10 production / positive regulation of receptor internalization / positive regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / FCGR activation / positive regulation of type I interferon production / phosphatase binding / positive regulation of bone resorption / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / positive regulation of calcium-mediated signaling / Signaling by CSF3 (G-CSF) / negative regulation of inflammatory response to antigenic stimulus / GPVI-mediated activation cascade / positive regulation of TORC1 signaling / positive regulation of interleukin-12 production / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / Integrin signaling / FCERI mediated Ca+2 mobilization / B cell differentiation / 好中球 / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / regulation of ERK1 and ERK2 cascade / positive regulation of superoxide anion generation / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / integrin-mediated signaling pathway / calcium-mediated signaling / positive regulation of interleukin-8 production / Regulation of signaling by CBL / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / animal organ morphogenesis / B cell receptor signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / positive regulation of protein-containing complex assembly / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / receptor internalization / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / 凝固・線溶系 / CLEC7A (Dectin-1) signaling / peptidyl-tyrosine phosphorylation / protein import into nucleus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation / integrin binding / DAP12 signaling
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain ...Tyrosine-protein kinase, non-receptor SYK/ZAP-70 / Tyrosine-protein kinase SYK/ZAP-70, inter-SH2 domain superfamily / SYK/ZAP-70, N-terminal SH2 domain / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-55Y / Tyrosine-protein kinase SYK
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.76 Å
データ登録者Lee, C.C.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Orally bioavailable Syk inhibitors with activity in a rat PK/PD model.
著者: Thoma, G. / Veenstra, S. / Strang, R. / Blanz, J. / Vangrevelinghe, E. / Berghausen, J. / Lee, C.C. / Zerwes, H.G.
履歴
登録2015年7月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月28日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Refinement description
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tyrosine-protein kinase SYK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2002
ポリマ－33,8561
非ポリマー3441
水3,477193
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)41.504, 37.656, 90.888
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Tyrosine-protein kinase SYK / / Spleen tyrosine kinase / p72-Syk


分子量: 33855.930 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 356-635 / 変異: K467T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SYK / プラスミド: pFastBac1 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P43405, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物 ChemComp-55Y / (5R)-5-[(1R)-1-{[6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-2,1-benzothiazol-4-yl]oxy}ethyl]-1,3-oxazolidin-2-one


分子量: 344.388 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H16N4O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: PEG 3350 20%, ammonium acetate 0.2M

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9765 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 27534 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 2.6 % / Biso Wilson estimate: 21.27 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.932 / Net I/av σ(I): 22.387 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 72734
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: 0

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.792.50.41418110.80.3150.5230.95198.3
1.79-1.842.70.31317890.8770.2290.390.95798.1
1.84-1.892.70.25218190.9110.1850.314198.3
1.89-1.942.70.19517670.9480.1450.2441.02498.4
1.94-22.70.15118410.9650.110.1871.0198.8
2-2.072.60.11318490.9740.0840.1411.01599.1
2.07-2.162.70.08918110.9860.0650.1110.96199
2.16-2.262.70.07218230.9890.0530.090.92899.2
2.26-2.382.70.06118400.9920.0450.0760.86399.4
2.38-2.522.60.0518490.9920.0370.0630.98199.6
2.52-2.722.70.0418440.9950.0290.050.84799.9
2.72-2.992.60.03618520.9960.0270.0460.89499.7
2.99-3.432.60.03718850.9960.0270.0460.90199.6
3.43-4.322.60.03318500.9960.0250.0420.87699
4.32-502.60.02619040.9970.020.0330.78697.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNT2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.76→39.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9559 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU R Cruickshank DPI: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.117 / SU Rfree Blow DPI: 0.105 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1947 1319 4.93 %RANDOM
Rwork0.1699 ---
obs0.1711 26766 96.32 %-
原子変位パラメータBiso max: 119.61 Å2 / Biso mean: 26.13 Å2 / Biso min: 8.1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.1176 Å20 Å20.6773 Å2
2--1.5699 Å20 Å2
3----0.4523 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.193 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.76→39.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2185 0 24 193 2402
Biso mean--16.36 34.28 -
残基数----276
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d784SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes54HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes348HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2277HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion276SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies3HARMONIC1
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2689SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2277HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3085HARMONIC20.95
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.02
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.49
LS精密化 シェル解像度: 1.76→1.83 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2273 106 4.41 %
Rwork0.194 2296 -
all0.1954 2402 -
obs--96.32 %
精密化 TLS手法: refined / 詳細: Chain A catalytic domain / Origin x: 1.2456 Å / Origin y: -7.6394 Å / Origin z: -24.0533 Å
111213212223313233
T-0.0836 Å20.0073 Å20.0005 Å2--0.0699 Å20.0131 Å2---0.0661 Å2
L1.347 °20.2662 °20.1474 °2-0.926 °20.1102 °2--1.5144 °2
S0.063 Å °-0.0162 Å °-0.0228 Å °0.1368 Å °-0.0493 Å °0.0234 Å °-0.0276 Å °-0.1562 Å °-0.0137 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|360 - A|637 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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