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万見
- PDB-5cy0: Total Chemical Synthesis, Covalent Structure Verification, and X-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cy0
タイトルTotal Chemical Synthesis, Covalent Structure Verification, and X-ray Structure of Bioactive Ts3 Toxin by Racemic Protein Crystallography
要素Ts3 Toxin
キーワードTOXIN / Racemic Structure / Nav ligand / central symmetric
機能・相同性
機能・相同性情報


sodium channel inhibitor activity / defense response / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like ...Scorpion long chain toxin / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain / LCN-type cysteine-stabilized alpha/beta (CS-alpha/beta) domain profile. / Scorpion long chain toxin/defensin / Scorpion toxin-like domain / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Alpha-mammal toxin Ts3
類似検索 - 構成要素
生物種Tityus serrulatus (サソリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Dang, B. / Kubota, T. / Mandal, K. / Correa, A.M. / Bezanilla, F. / Kent, S.B.
資金援助 米国, 4件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)U54 GM087519 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01- GM030376 米国
American Heart Association13POST14800031 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41 GM103403 米国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2016
タイトル: Elucidation of the Covalent and Tertiary Structures of Biologically Active Ts3 Toxin.
著者: Dang, B. / Kubota, T. / Mandal, K. / Correa, A.M. / Bezanilla, F. / Kent, S.B.
履歴
登録2015年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22016年7月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月13日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
Item: _pdbx_audit_support.country / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.72024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ts3 Toxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7424
ポリマ－7,4651
非ポリマー2763
水1,20767
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area400 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area4420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)19.322, 30.406, 52.468
Angle α, β, γ (deg.)101.17, 91.26, 98.61
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質 Ts3 Toxin / Tityustoxin V / TsV / Toxin V / Toxin-5


分子量: 7465.436 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 14-77 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Tityus serrulatus (サソリ) / 参照: UniProt: P01496
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 67 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.69 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: BIS-TRIS, Polyethylene glycol monomethyl ether 2,000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.93→18.2 Å / Num. obs: 9391 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル解像度: 1.93→1.98 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.635 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
PHASER位相決定
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ASC

2asc


解像度: 1.93→18.2 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3043 382 4.81 %
Rwork0.2564 --
obs0.2587 7934 91.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.93→18.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数498 0 18 67 583
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.007546
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.936732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.032193
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03568
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00590
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.93-2.20890.4121300.35342461X-RAY DIFFRACTION90
2.2089-2.78130.31571230.31722540X-RAY DIFFRACTION91
2.7813-18.20090.27241290.20792551X-RAY DIFFRACTION93
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.26850.45521.63024.05213.73696.43730.00760.3587-0.46950.13650.1582-0.00120.04830.3838-0.05220.13630.01720.01070.1440.00630.17492.44493.281212.7705
21.09980.40060.01347.89144.54174.713-0.21410.52780.6185-1.01150.06410.121-1.1962-0.0281-0.0030.4377-0.0175-0.0730.19020.10750.28570.967711.29398.4161
36.1282-0.7825-1.12117.07193.55758.0158-0.16520.49320.5883-0.54940.3972-0.1037-0.90440.4208-0.24420.23-0.0652-0.02750.23850.02040.23325.643210.505212.1363
45.5477-2.4898-4.02694.53582.08934.57150.0090.5262-0.1787-0.1292-0.03140.1316-0.14470.4431-0.03870.1482-0.0072-0.04280.3233-0.03080.15459.55583.33279.7988
54.11820.4676-0.95368.45632.86775.6942-0.1225-0.5526-0.68360.37570.2588-0.29380.8930.3177-0.14790.29150.0623-0.0130.22030.01140.33913.32313.028921.6057
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 20 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 21 through 30 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 31 through 39 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 40 through 48 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 49 through 63 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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