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- PDB-5cxw: Structure of the PonA1 protein from Mycobacterium Tuberculosis in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxw
タイトルStructure of the PonA1 protein from Mycobacterium Tuberculosis in complex with penicillin V
要素Penicillin-binding protein 1A
キーワードPENICILLIN-BINDING PROTEIN/ANTIBIOTIC / b-lactam / PBP / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors / MTBI / PENICILLIN-BINDING PROTEIN-ANTIBIOTIC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to hypoxia ...peptidoglycan glycosyltransferase / peptidoglycan glycosyltransferase activity / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase / serine-type D-Ala-D-Ala carboxypeptidase activity / penicillin binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to hypoxia / response to antibiotic / proteolysis / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily ...Glycosyl transferase, family 51 / Penicillin binding protein transglycosylase domain / : / Transglycosylase / Penicillin-binding protein, transpeptidase / Penicillin binding protein transpeptidase domain / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / Lysozyme-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-35P / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Penicillin-binding protein 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Filippova, E.V. / Kiryukhina, O. / Kieser, K. / Endres, M. / Rubin, E. / Sacchettini, J. / Joachimiak, A. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Structures of Mtb Proteins Conferring Susceptibility to Known Mtb Inhibitors (MTBI)
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2016
タイトル: Crystal structures of the transpeptidase domain of the Mycobacterium tuberculosis penicillin-binding protein PonA1 reveal potential mechanisms of antibiotic resistance.
著者: Filippova, E.V. / Kieser, K.J. / Luan, C.H. / Wawrzak, Z. / Kiryukhina, O. / Rubin, E.J. / Anderson, W.F.
履歴
登録2015年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月6日Group: Database references
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Penicillin-binding protein 1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,1125
ポリマ－44,3091
非ポリマー8034
水8,215456
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.341, 60.580, 133.904
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Penicillin-binding protein 1A / PBP-1A / Penicillin-binding protein 1*


分子量: 44309.348 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 391-820 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ponA1, Rv0050, MTCY21D4.13 / プラスミド: pMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Magic / 参照: UniProt: P71707
#2: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-35P / (2R,4S)-5,5-dimethyl-2-{(1R)-2-oxo-1-[(phenoxyacetyl)amino]ethyl}-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid / OPEN FORM - PENICILLIN V


分子量: 352.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20N2O5S
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.23 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→30 Å / Num. obs: 39656 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.634 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
BLU-MAXデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CRF

5crf


解像度: 1.75→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 3.774 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.097 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18937 1921 4.9 %RANDOM
Rwork0.14692 ---
obs0.14895 37678 99.44 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.069 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20 Å20 Å2
2---0.44 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2742 0 45 456 3243
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0192945
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022729
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7191.9684024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9936295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5535396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.86725.574122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.85715433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.7751511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.2448
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213504
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02648
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8961.2061557
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8951.2031556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.5261.8011962
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5261.8041963
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.2911.411388
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.2881.411388
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0872.052063
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.92211.9973789
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.92211.9953789
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.748→1.793 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 130 -
Rwork0.21 2710 -
obs--98.37 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.84680.68110.12685.91875.48768.70330.1969-0.240.02630.2853-0.0292-0.26620.3230.5922-0.16770.0644-0.01-0.02370.140.04260.0552-6.9752-9.669835.8869
20.64650.3064-0.62630.1623-0.14932.2744-0.0065-0.1288-0.16230.0343-0.0708-0.09660.33170.11950.07730.12090.0249-0.00120.05570.07010.1102-14.391-15.080825.2322
30.6888-0.0918-0.37590.6524-0.13321.0059-0.0015-0.0501-0.0038-0.011-0.0052-0.0524-0.0160.07490.00670.0121-0.0077-0.00730.01070.0050.0303-12.38094.37369.2598
40.1611-0.25640.25751.9545-2.54668.20070.00050.01560.07290.2543-0.03770.0442-0.44350.03260.03720.0916-0.01270.00880.0350.0110.0585-18.236-6.669842.2995
50.6465-0.0927-0.36310.98470.10540.8564-0.0489-0.0327-0.1284-0.0421-0.00340.04510.1078-0.00560.05220.0252-0.00560.00340.00610.00840.0369-20.1883-6.48139.9124
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A249 - 272
2X-RAY DIFFRACTION2A273 - 328
3X-RAY DIFFRACTION3A329 - 477
4X-RAY DIFFRACTION4A478 - 497
5X-RAY DIFFRACTION5A502 - 628

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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