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- PDB-5cxr: Influenza endonuclease complexed with 4-bromopyrazole -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cxr
タイトルInfluenza endonuclease complexed with 4-bromopyrazole
要素endonuclease
キーワードTRANSCRIPTION / 4-bromopyrazole / phasing / influenza endonuclease / fragment screening
機能・相同性
機能・相同性情報


cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus ...cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / DNA-templated transcription / host cell nucleus / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA
類似検索 - ドメイン・相同性
4-bromo-1H-pyrazole / : / Polymerase acidic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.002 Å
データ登録者Bauman, J.D. / Arnold, E.
引用ジャーナル: IUCrJ / 年: 2016
タイトル: Rapid experimental SAD phasing and hot-spot identification with halogenated fragments.
著者: Bauman, J.D. / Harrison, J.J. / Arnold, E.
履歴
登録2015年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.name / _citation.journal_abbrev ..._chem_comp.name / _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,61911
ポリマ－24,5611
非ポリマー1,05810
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: endonuclease
ヘテロ分子

A: endonuclease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,23722
ポリマ－49,1222
非ポリマー2,11620
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area3210 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.905, 102.451, 66.062
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 endonuclease / Polymerase acidic protein


分子量: 24560.865 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/California/02/2010(H1N1) / 遺伝子: PA / プラスミド: pCDF-2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: M9QLS3

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非ポリマー , 5種, 159分子

#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 化合物
ChemComp-BYZ / 4-bromo-1H-pyrazole


分子量: 146.973 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H3BrN2
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.7
詳細: 200 mM MES pH 6.7, 27% PEG8k, 200 mM ammonium sulfate, 10 mM Mg acetate, 10 mM taurine and 50 mM sodium flouride
PH範囲: 6.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年3月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 20422 / Num. obs: 20422 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 7.7 % / Net I/σ(I): 26.4
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_1988精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.002→40.481 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.66 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1979 1044 5.11 %Random
Rwork0.1742 ---
obs0.1754 20422 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.002→40.481 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1657 0 42 149 1848
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061735
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.812326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.322651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041243
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004300
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0017-2.10720.26341380.22022721X-RAY DIFFRACTION99
2.1072-2.23920.18991460.18012726X-RAY DIFFRACTION100
2.2392-2.41210.21311440.17952732X-RAY DIFFRACTION100
2.4121-2.65480.19221590.17362743X-RAY DIFFRACTION100
2.6548-3.03880.2111610.18042760X-RAY DIFFRACTION100
3.0388-3.82810.19341480.16842794X-RAY DIFFRACTION100
3.8281-40.48950.18521480.16622902X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.17751.2761-1.12332.9096-1.87785.0988-0.10630.0319-0.3267-0.05750.0251-0.07540.30310.00650.08750.2146-0.055-0.01110.16920.00570.236719.071616.157-9.9946
22.4320.84940.26664.1028-0.85345.55320.1637-0.1954-0.19080.2458-0.2807-0.11380.3938-0.48480.08280.2162-0.0694-0.02220.21680.00140.2647.073110.9812-2.0791
32.38451.0942-2.86763.417-4.58277.4151-0.04650.38530.6683-0.10830.33420.7815-0.7159-0.9462-0.3270.36550.0538-0.05690.369-0.02640.43264.973626.444-0.8993
44.87611.7655-3.34121.1705-1.00583.61240.01580.11720.2633-0.0237-0.01780.07-0.4484-0.0409-0.04350.2927-0.085-0.04070.2523-0.03220.248320.531226.4389-1.7993
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 62 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 63 through 126 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 127 through 149 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 150 through 196 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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