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- PDB-5cx6: Crystal structure of Thosea asigna virus RNA-dependent RNA polyme... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cx6
タイトルCrystal structure of Thosea asigna virus RNA-dependent RNA polymerase (RdRP) complexed with CDP
要素RNA-dependent RNA polymerase
キーワードTRANSFERASE / RdRP / complex / CDP
機能・相同性RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA/RNA polymerase superfamily / ATP binding / metal ion binding / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / RNA-dependent RNA polymerase
機能・相同性情報
生物種Thosea asigna virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Ferrero, D.S. / Buxaderas, M. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2011-24333 スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessAGL2011-24758 スペイン
European Union SILVER Large Scale Collaborative Project260644
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2015
タイトル: The Structure of the RNA-Dependent RNA Polymerase of a Permutotetravirus Suggests a Link between Primer-Dependent and Primer-Independent Polymerases.
著者: Ferrero, D.S. / Buxaderas, M. / Rodriguez, J.F. / Verdaguer, N.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年12月9日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA-dependent RNA polymerase
B: RNA-dependent RNA polymerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,81436
ポリマ－159,0812
非ポリマー3,73334
水10,863603
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13900 Å2
ΔGint-230 kcal/mol
Surface area54540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)133.700, 149.600, 100.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 79540.461 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-674 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thosea asigna virus (ウイルス) / 遺伝子: RdRp / プラスミド: pFastBac1-HM / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q6A562

-
非ポリマー , 5種, 637分子

#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CDP / CYTIDINE-5'-DIPHOSPHATE / CDP


分子量: 403.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H15N3O11P2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 603 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, Lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年4月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→66.85 Å / Num. obs: 115494 / % possible obs: 98.31 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 5.64
反射 シェル解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XHI

4xhi


解像度: 2.1→66.85 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 5790 5.02 %Random selection
Rwork0.1836 ---
obs0.1861 115444 98.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→66.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10512 0 221 603 11336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00710931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06214786
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8414060
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411600
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051884
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.12390.28171970.23983584X-RAY DIFFRACTION98
2.1239-2.14890.29472020.25093586X-RAY DIFFRACTION98
2.1489-2.17510.30951900.24633614X-RAY DIFFRACTION98
2.1751-2.20260.28171720.23823529X-RAY DIFFRACTION96
2.2026-2.23160.27151820.23063528X-RAY DIFFRACTION95
2.2316-2.26220.2831970.22623599X-RAY DIFFRACTION99
2.2622-2.29450.28181980.21613643X-RAY DIFFRACTION99
2.2945-2.32870.26851800.20693685X-RAY DIFFRACTION100
2.3287-2.36510.25251960.20553666X-RAY DIFFRACTION99
2.3651-2.40390.25242050.20473632X-RAY DIFFRACTION99
2.4039-2.44530.26851950.19923668X-RAY DIFFRACTION99
2.4453-2.48980.23611880.19773670X-RAY DIFFRACTION99
2.4898-2.53770.26692000.19673638X-RAY DIFFRACTION99
2.5377-2.58950.23421820.19353603X-RAY DIFFRACTION98
2.5895-2.64580.25062210.19823596X-RAY DIFFRACTION97
2.6458-2.70740.28171910.20293498X-RAY DIFFRACTION95
2.7074-2.77510.24412050.20523654X-RAY DIFFRACTION99
2.7751-2.85010.25722010.193680X-RAY DIFFRACTION100
2.8501-2.9340.24921870.1893709X-RAY DIFFRACTION100
2.934-3.02870.25581800.19223695X-RAY DIFFRACTION99
3.0287-3.13690.24861840.19683687X-RAY DIFFRACTION99
3.1369-3.26250.24261830.19923729X-RAY DIFFRACTION99
3.2625-3.4110.22751770.18683655X-RAY DIFFRACTION98
3.411-3.59080.21082040.16893537X-RAY DIFFRACTION96
3.5908-3.81580.18821990.15423735X-RAY DIFFRACTION100
3.8158-4.11030.20751970.1543736X-RAY DIFFRACTION100
4.1103-4.52390.18482010.14223726X-RAY DIFFRACTION99
4.5239-5.17830.19221950.1413649X-RAY DIFFRACTION96
5.1783-6.52320.20121960.16943786X-RAY DIFFRACTION99
6.5232-66.88390.21781850.17923937X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.6923 Å / Origin y: 31.1448 Å / Origin z: 23.2677 Å
111213212223313233
T0.1572 Å2-0.0327 Å20.0074 Å2-0.1602 Å2-0.0071 Å2--0.2047 Å2
L0.0763 °2-0.0827 °20.0857 °2-0.0827 °2-0.1102 °2--0.595 °2
S0.0129 Å °0.0021 Å °-0.0042 Å °0.0236 Å °0.0124 Å °0.0099 Å °0.0186 Å °0.0037 Å °-0.0307 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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