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- PDB-5cx2: Structure of coiled coil domain of Leishmania donovani coronin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cx2
タイトルStructure of coiled coil domain of Leishmania donovani coronin
要素(Coronin) x 4
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / 4 helix bundle / antiparallel coiled coils
機能・相同性
機能・相同性情報


actin filament organization / actin filament binding / ribosome
類似検索 - 分子機能
Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Domain of unknown function DUF1899 / Coronin / Domain of unknown function (DUF1899) / Type of WD40 repeat / DUF1899 / DUF1900 / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Nayak, A.R. / Karade, S.S. / Srivastava, V.K. / Pratap, J.V.
引用ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of Leishmania donovani coronin coiled coil domain reveals an antiparallel 4 helix bundle with inherent asymmetry
著者: Nayak, A.R. / Karade, S.S. / Srivastava, V.K. / Rana, A.K. / Gupta, C.M. / Sahasrabuddhe, A.A. / Pratap, J.V.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coronin
B: Coronin
C: Coronin
D: Coronin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0108
ポリマ－24,7284
非ポリマー2824
水1,60389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)113.390, 48.780, 45.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.95, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C
41D

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1114A456 - 505
2114B456 - 505
3114C456 - 505
4114D456 - 505

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.32655, 0.042245, -0.944235), (0.047337, -0.997016, -0.060977), (-0.943994, -0.064609, 0.323576)75.546013, 70.575592, 57.53574
3given(-0.221862, -0.754139, 0.618103), (-0.885119, -0.110179, -0.452133), (0.409073, -0.647406, -0.643059)81.271858, 92.117188, 17.054779
4given(-0.452231, 0.787155, 0.419373), (0.786038, 0.129556, 0.604449), (0.421463, 0.602994, -0.677323)43.592731, -17.40983, -25.57036

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Coronin


分子量: 6826.225 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 459-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta plysS / 参照: UniProt: Q3T1U8

-
タンパク質・ペプチド , 3種, 3分子 BCD

#2: タンパク質・ペプチド Coronin


分子量: 5937.615 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 462-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta plysS / 参照: UniProt: Q3T1U8
#3: タンパク質・ペプチド Coronin


分子量: 6038.719 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 461-510 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta plysS / 参照: UniProt: Q3T1U8
#4: タンパク質・ペプチド Coronin


分子量: 5925.562 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 461-509 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania donovani (ドノバンリーシュマニア)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta plysS / 参照: UniProt: Q3T1U8

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非ポリマー , 3種, 93分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.22 % / 解説: Plates
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 3 ul of 8 mg/ml purified protein + 3 ul of reservoir solution (0.85M Ammonium Sulphate, 0.8M Lithium Sulphate, 10mM Sodium Citrate) equilibrated against 1ml reservoir. Crystals appeared in 7 - 10 days.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.97→50 Å / Num. obs: 14275 / % possible obs: 87.3 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Χ2: 1.058 / Net I/av σ(I): 12.143 / Net I/σ(I): 6.9 / Num. measured all: 90732
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
1.97-2.043.56610.77140.8
2.04-2.124.19511.16158.7
2.12-2.224.412480.81677.10.718
2.22-2.345.215481.23795.20.627
2.34-2.486.416140.91599.90.474
2.48-2.677.116521.0181000.394
2.67-2.947.416141.1731000.262
2.94-3.377.516371.0741000.148
3.37-4.247.516511.0851000.094
4.24-507.316991.0611000.075

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.21→42.35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 22.844 / SU ML: 0.246 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.257 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28885 589 5.1 %RANDOM
Rwork0.23293 ---
obs0.23603 10966 98.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.616 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5 Å2-0 Å21.03 Å2
2--0.66 Å2-0 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.21→42.35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1590 0 17 89 1696
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0191607
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3691.9832152
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.6885199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.60326.42984
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.12715306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg28.5611511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7763.678808
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.8845.4811003
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.5674.308799
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.14535.1346668
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr14.70131607
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.584532
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded35.56851665
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 244 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional1.160.5
Bmedium positional1.260.5
Cmedium positional0.880.5
Dmedium positional0.990.5
Amedium thermal17.312
Bmedium thermal20.752
Cmedium thermal21.162
Dmedium thermal19.452
LS精密化 シェル解像度: 2.21→2.267 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.354 34 -
Rwork0.285 659 -
obs--80.02 %
精密化 TLS

L11: 0 °2 / L12: 0 °2 / L13: 0 °2 / L22: 0 °2 / L23: 0 °2 / L33: 0 °2 / S11: 0 Å ° / S12: 0 Å ° / S13: 0 Å ° / S21: 0 Å ° / S22: 0 Å ° / S23: 0 Å ° / S31: 0 Å ° / S32: 0 Å ° / S33: -0 Å ° / T11: 0 Å2 / T12: 0 Å2 / T13: 0 Å2 / T22: 0 Å2 / T23: 0 Å2 / T33: 0 Å2 / 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDOrigin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
146.598842.60340.0935
254.3826.703918.1895
361.371932.958110.4185
448.203940.549913.1926
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A456 - 478
2X-RAY DIFFRACTION1A479 - 510
3X-RAY DIFFRACTION2D461 - 478
4X-RAY DIFFRACTION2D479 - 509
5X-RAY DIFFRACTION3B462 - 478
6X-RAY DIFFRACTION3B479 - 510
7X-RAY DIFFRACTION4C461 - 478
8X-RAY DIFFRACTION4C479 - 510

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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