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- PDB-5cwa: Structure of Anthranilate Synthase Component I (TrpE) from Mycoba... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cwa
タイトルStructure of Anthranilate Synthase Component I (TrpE) from Mycobacterium tuberculosis with inhibitor bound
要素Anthranilate synthase component 1
キーワードLyase/Lyase Inhibitor / Lyase / Inhibitor / Lyase-Lyase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


anthranilate synthase / anthranilate synthase activity / L-tryptophan biosynthetic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Anthranilate synthase component I, PabB-like / Anthranilate synthase component I, N-terminal / Anthranilate synthase component I, N terminal region / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase / Anthranilate synthase component I-like / ADC synthase / Chorismate-utilising enzyme, C-terminal / chorismate binding enzyme / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-0GA / Unknown ligand / Anthranilate synthase component 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Johnston, J.M. / Bashiri, G. / Evans, G.L. / Lott, J.S. / Baker, E.N.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structure and inhibition of subunit I of the anthranilate synthase complex of Mycobacterium tuberculosis and expression of the active complex.
著者: Bashiri, G. / Johnston, J.M. / Evans, G.L. / Bulloch, E.M. / Goldstone, D.C. / Jirgis, E.N. / Kleinboelting, S. / Castell, A. / Ramsay, R.J. / Manos-Turvey, A. / Payne, R.J. / Lott, J.S. / Baker, E.N.
履歴
登録2015年7月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年8月12日ID: 4PEN
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月18日Group: Database references
改定 1.22017年11月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_assembly_auth_evidence / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Anthranilate synthase component 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1117
ポリマ－55,4961
非ポリマー6156
水3,693205
1
A: Anthranilate synthase component 1
ヘテロ分子

A: Anthranilate synthase component 1
ヘテロ分子

A: Anthranilate synthase component 1
ヘテロ分子

A: Anthranilate synthase component 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)224,44328
ポリマ－221,9854
非ポリマー2,45824
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_545-x,-y-1,z1
crystal symmetry operation9_554-x,-x+y,-z-1/31
crystal symmetry operation12_544x,x-y-1,-z-1/31
Buried area13940 Å2
ΔGint-154 kcal/mol
Surface area73510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.406, 156.406, 128.384
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
詳細Biological assembly of TrpE is a dimer. In the structure this dimer is generated by application of crystal symmetry. This is supported by PISA analysis. Also further supported by experimental work - SEC and SEC-MALS analysis.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Anthranilate synthase component 1 / ASI


分子量: 55496.258 Da / 分子数: 1 / 変異: H2D / 由来タイプ: 組換発現
詳細: D TO H MUTATION FROM PUBLISHED SEQUENCE AT POSITION 2 DUE TO CLONING ARTEFACT, ALSO AFTER RTEV CLEAVAGE AN ADDITIONAL GA REMAINS ON CONSTRUCT USED PRIOR TO START M (NOT SHOWN IN SEQUENCE ABOVE)
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: trpE, MT1644 / 発現宿主: Mycobacterium smegmatis (バクテリア) / 参照: UniProt: P9WFX2, anthranilate synthase

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非ポリマー , 5種, 211分子

#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-0GA / 3-{[(1Z)-1-carboxyprop-1-en-1-yl]oxy}-2-hydroxybenzoic acid


分子量: 238.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O6
#5: 化合物 ChemComp-UNL / UNKNOWN LIGAND


分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 205 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.95 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.6-1.0 M AMMONIUM SULFATE, 0.1 M BIS -TRIS PROPANE, PH 7, "silver bullet" additive G6, VAPOR DIFFUSION, TEMPERATURE 291K
PH範囲: 7

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.8983 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8983 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→135.452 Å / Num. obs: 54312 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 21.9 % / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 14.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 22.4 % / Rmerge(I) obs: 3.794 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Rsym value: 3.794 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
MOLREP11.0.02位相決定
REFMAC5.8.0069精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QDL

1qdl


解像度: 2.1→135.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 5.884 / SU ML: 0.143 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.152 / ESU R Free: 0.153 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2767 5.1 %RANDOM
Rwork0.207 ---
obs0.209 54282 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 56.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.79 Å20.4 Å20 Å2
2--0.79 Å20 Å2
3----2.57 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→135.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3825 0 48 205 4078
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193992
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023761
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5271.9755448
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8238614
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7895513
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.99723.146178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.51515607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.4221539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2623
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0214583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02898
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.7715.4792031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.775.4772030
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.3548.2012539
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.16 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.366 187 -
Rwork0.361 3748 -
obs--99.57 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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