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Yorodumi- PDB-5cw2: Crystal structure of Epoxide Hydrolase A from Mycobacterium therm... -
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Open data
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Basic information
| Entry | Database: PDB / ID: 5cw2 | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Title | Crystal structure of Epoxide Hydrolase A from Mycobacterium thermoresistibile | ||||||
Components | Putative epoxide hydrolase EPHA | ||||||
Keywords | HYDROLASE / Epoxide hydrolase / 1 / 3-diphenylurea Mycobacterium alpha/beta | ||||||
| Function / homology | Function and homology information | ||||||
| Biological species | Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (bacteria) | ||||||
| Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2 Å | ||||||
Authors | Schulz, E.C. / Wilmanns, M. | ||||||
Citation | Journal: To Be PublishedTitle: The crystal structure of mycobacterial Epoxide Hydrolase A Authors: Schulz, E.C. / Wilmanns, M. / Henderson, S. / Southall, S. | ||||||
| History |
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Structure visualization
| Structure viewer | Molecule: Molmil Jmol/JSmol |
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Downloads & links
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Download
| PDBx/mmCIF format | 5cw2.cif.gz | 673.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
|---|---|---|---|---|
| PDB format | pdb5cw2.ent.gz | 566.7 KB | Display | PDB format |
| PDBx/mmJSON format | 5cw2.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
| Others | Other downloads |
-Validation report
| Summary document | 5cw2_validation.pdf.gz | 469.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
|---|---|---|---|---|
| Full document | 5cw2_full_validation.pdf.gz | 485.2 KB | Display | |
| Data in XML | 5cw2_validation.xml.gz | 49.7 KB | Display | |
| Data in CIF | 5cw2_validation.cif.gz | 70.7 KB | Display | |
| Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cw2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cw/5cw2 | HTTPS FTP |
-Related structure data
| Similar structure data |
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Links
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Assembly
| Deposited unit | ![]()
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| 4 | ![]()
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| Unit cell |
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Components
| #1: Protein | Mass: 35578.023 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (bacteria)Gene: KEK_07967 / Production host: ![]() #2: Chemical | ChemComp-BSU / #3: Chemical | ChemComp-NA / | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
|---|
-Experimental details
-Experiment
| Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION |
|---|
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Sample preparation
| Crystal | Density Matthews: 2.48 Å3/Da / Density % sol: 50.49 % |
|---|---|
| Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 0.1M BisTris pH 7.5, 2.15 M (NH4)2SO4, 4.5% (v/v) PEG 400, 1-3% (v/v) 2,3-butanediol |
-Data collection
| Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: MASSIF automated DC |
|---|---|
| Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: MASSIF-1 / Wavelength: 0.9752 Å |
| Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Nov 19, 2014 |
| Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
| Radiation wavelength | Wavelength: 0.9752 Å / Relative weight: 1 |
| Reflection | Resolution: 2→47.82 Å / Num. obs: 93380 / % possible obs: 99.47 % / Redundancy: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.1145 / Net I/σ(I): 7.68 |
| Reflection shell | Resolution: 2→2.071 Å / Redundancy: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.5224 / Mean I/σ(I) obs: 2.42 / % possible all: 99.66 |
-
Processing
| Software |
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| Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2→47.819 Å / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 38.23 / Stereochemistry target values: TWIN_LSQ_F
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| Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
| Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→47.819 Å
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| Refine LS restraints |
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| LS refinement shell |
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| Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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| Refinement TLS group |
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Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (bacteria)
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