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- PDB-5cvz: Investigation of RNA structure in satellite panicum mosaic virus ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cvz
タイトルInvestigation of RNA structure in satellite panicum mosaic virus - glutaraldehyde treated
要素Coat protein
キーワードVIRUS / capsid protein / satellite virus / glutaraldehyde cross-linked
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Potexvirus coat protein / Satellite virus coat / Satellite virus coat domain / Satellite virus coat domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Panicum mosaic satellite virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
Model detailsSPMV capsid protein
データ登録者Makino, D.L. / Day, J. / Larson, S.B. / McPherson, A.
資金援助 米国, ブラジル, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM58868-02 米国
CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Cientifico e Tecnologico ブラジル
引用ジャーナル: Virology / 年: 2006
タイトル: Investigation of RNA structure in satellite panicum mosaic virus.
著者: Makino, D.L. / Day, J. / Larson, S.B. / McPherson, A.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年3月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.pdbx_collection_date
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coat protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1081
ポリマ－15,1081
非ポリマー00
水00
1
A: Coat protein
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)906,47760
ポリマ－906,47760
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Coat protein
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 75.5 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,5405
ポリマ－75,5405
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: Coat protein
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 90.6 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,6486
ポリマ－90,6486
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
A: Coat protein
x 20


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 302 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)302,15920
ポリマ－302,15920
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation19
単位格子
Length a, b, c (Å)226.350, 226.350, 226.350
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number198
Space group name H-MP213
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2generate(0.935851, 0.352379, -0.003547), (-0.120857, 0.330396, 0.936073), (0.331024, -0.875596, 0.351788)-0.848, -0.4338, 3.5533
3generate(0.832054, 0.449305, 0.325287), (0.156828, -0.753048, 0.639002), (0.532064, -0.48067, -0.69704)-1.8072, 2.8515, 4.9024
4generate(0.832053, 0.156827, 0.532064), (0.449305, -0.753047, -0.480671), (0.325288, 0.639003, -0.697039)-1.5519, 5.3157, 2.1828
5generate(0.93585, -0.120858, 0.331026), (0.352381, 0.330396, -0.875595), (-0.003547, 0.936072, 0.351789)-0.435, 3.5533, -0.8469
6generate(0.356452, -0.497822, 0.790642), (-0.497821, -0.817298, -0.290169), (0.790643, -0.290167, -0.539154)1.0449, 7.7612, 3.0942
7generate(0.655474, -0.731155, -0.189122), (-0.463163, -0.191385, -0.865362), (0.596519, 0.654817, -0.464091)3.7679, 7.5069, 0.6339
8generate(0.639188, 0.155001, -0.753268), (-0.696776, 0.531266, -0.481933), (0.325486, 0.832905, 0.44758)2.857, 4.9078, -1.8052
9generate(0.3301, 0.936007, -0.122166), (-0.875818, 0.351975, 0.330237), (0.352104, -0.002016, 0.935959)-0.4288, 3.5558, -0.8521
10generate(0.155361, 0.532542, 0.832023), (-0.752856, -0.481483, 0.448755), (0.639586, -0.696112, 0.326124)-1.5489, 5.3192, 2.1758
11generate(-0.102159, -0.990263, 0.094569), (-0.990263, 0.092198, -0.104303), (0.094569, -0.104304, -0.990039)5.9516, 5.9651, 5.9574
12generate(0.05538, -0.445981, -0.893327), (-0.972408, -0.227159, 0.053123), (-0.226619, 0.865737, -0.446255)6.8038, 6.3942, 2.4045
13generate(-0.189987, 0.654359, -0.731929), (-0.864989, -0.464224, -0.1905), (-0.464434, 0.596918, 0.654209)3.7761, 7.5062, 0.6354
14generate(-0.49917, 0.790123, 0.355717), (-0.816455, -0.29138, -0.498496), (-0.290224, -0.539261, 0.790549)1.0526, 7.7643, 3.095
15generate(-0.44489, -0.226308, 0.866521), (-0.893879, 0.052507, -0.445223), (0.055259, -0.97264, -0.225651)2.3971, 6.8118, 6.384
16generate(0.531329, 0.832757, 0.155584), (-0.481346, 0.447885, -0.753462), (-0.697134, 0.325446, 0.638818)-1.5481, 5.3233, 2.1833
17generate(0.448103, 0.326141, 0.832368), (-0.754013, 0.638091, 0.155902), (-0.48028, -0.697476, 0.531844)-1.8072, 2.8598, 4.903
18generate(0.655473, -0.463163, 0.596519), (-0.731155, -0.191385, 0.654816), (-0.189121, -0.865362, -0.464092)0.6291, 3.7766, 7.5028
19generate(0.866865, -0.44436, -0.226028), (-0.44436, -0.894231, 0.053799), (-0.226028, 0.053801, -0.972634)2.3937, 6.8064, 6.3895
20generate(0.79014, 0.356562, -0.498541), (-0.28997, -0.49914, -0.816564), (-0.539997, 0.789762, -0.290998)1.0481, 7.7623, 3.1018

-
要素

#1: タンパク質 Coat protein / Capsid protein


分子量: 15107.958 Da / 分子数: 1 / 断片: SPMV capsid protein / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SPMV infected white perl millet leaves
由来: (天然) Panicum mosaic satellite virus (ウイルス)
Plasmid details: SPMV infected white perl millet leaves / 組織: white perl millet leaves / 参照: UniProt: Q86993

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.43 %
Preparation: Matthews' coeficient and solvent content include correction for disordered RNA
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 6%-14% PEG 3350, pH 5.0-7.0. Gluteraldehyde-treated before freezing
PH範囲: 5.0-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月1日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→100 Å / Num. obs: 58624 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 17.2 % / Rsym value: 0.123 / Net I/σ(I): 27.725
反射 シェル解像度: 3.3→3.36 Å / 冗長度: 13 % / Mean I/σ(I) obs: 6.48 / Rsym value: 0.44 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称分類
CNS精密化
HKL-2000data processing
X-PLOR位相決定
Oモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1STM

1stm


解像度: 3.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: RESIDUAL
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.231 5164 8.9 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.23 50688 87.6 %-
溶媒の処理Bsol: 45.45 Å2 / ksol: 0.35 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 67.21 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1061 0 0 0 1061
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.549
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.026
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.805
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.859
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.041
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.42 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2971 352 -
Rwork0.2922 3660 -
obs--70.7 %
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: CNS_TOPPAR:PROTEIN_REP.PARAM / Topol file: CNS_TOPPAR:PROTEIN.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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