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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cvq | ||||||
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タイトル | Structure of Xoo1075, a peptide deformylase from Xanthomonas oryzae pv oryzae, in complex with actinonin | ||||||
要素 | Peptide deformylase | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / peptide deformylase / Xanthomonas / actinonin / metallopeptidase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Ngo, H.P.T. / Kang, L.W. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structure of Xoo1075, a peptide deformylase from Xanthomonas oryzae pv oryzae, in complex with actinonin 著者: Ngo, H.P.T. / Kang, L.W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5cvq.cif.gz | 50.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5cvq.ent.gz | 34 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5cvq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/5cvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cv/5cvq | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 5e5dS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19097.656 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 42-212 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Xanthomonas oryzae pv. oryzae KACC10331 (バクテリア) 株: KACC10331 / 遺伝子: def, XOO1075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5H3Z2, peptide deformylase | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ACT / | #4: 化合物 | ChemComp-BB2 / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.05M Cadmium sulfate, 0.1M HEPES, 2.0M Sodium acetate trihydrate, pH 7.5 PH範囲: 7.0-8.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 4A / 波長: 0.99 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.99 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 13892 / % possible obs: 93.5 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 9.2 |
反射 シェル | 最高解像度: 2.2 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.672 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 91.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5E5D 解像度: 2.5→27.84 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 6.395 / SU ML: 0.141 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.264 / ESU R Free: 0.216 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.069 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→27.84 Å
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拘束条件 |
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