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- PDB-5cvl: WDR48 (UAF-1), residues 2-580 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cvl
タイトルWDR48 (UAF-1), residues 2-580
要素WD repeat-containing protein 48
キーワードPROTEIN BINDING / WDR48 / UAF1 / WD-repeat / USP / deubiquitinase / DUB
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of protein monoubiquitination / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / deubiquitinase activator activity / skeletal system morphogenesis / skin development / seminiferous tubule development / homeostasis of number of cells / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / single fertilization / embryonic organ development ...regulation of protein monoubiquitination / Signaling by cytosolic PDGFRA and PDGFRB fusion proteins / deubiquitinase activator activity / skeletal system morphogenesis / skin development / seminiferous tubule development / homeostasis of number of cells / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / single fertilization / embryonic organ development / positive regulation of epithelial cell proliferation / ubiquitin binding / Fanconi Anemia Pathway / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / double-strand break repair via homologous recombination / multicellular organism growth / late endosome / double-stranded DNA binding / single-stranded DNA binding / spermatogenesis / lysosome / Ub-specific processing proteases / intracellular membrane-bounded organelle / DNA damage response / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
WDR48/Bun107 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats ...WDR48/Bun107 / : / Domain of unknown function (DUF3337) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / PHOSPHATE ION / WD repeat-containing protein 48
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3 Å
データ登録者HARRIS, S.F. / YIN, J.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2015
タイトル: Structural Insights into WD-Repeat 48 Activation of Ubiquitin-Specific Protease 46.
著者: Yin, J. / Schoeffler, A.J. / Wickliffe, K. / Newton, K. / Starovasnik, M.A. / Dueber, E.C. / Harris, S.F.
履歴
登録2015年7月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月11日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing protein 48
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,72010
ポリマ－67,1511
非ポリマー1,5699
水2,468137
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.520, 139.520, 235.109
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number98
Space group name H-MI4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-832-

HOH

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing protein 48 / USP1-associated factor 1 / WD repeat endosomal protein / p80


分子量: 67150.906 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 2-580 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WDR48, KIAA1449, UAF1 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q8TAF3
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-AU / GOLD ION


分子量: 196.967 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Au
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.12 % / Mosaicity: 0.359 °
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.72 M sodium phosphate, 0.72 M potassium phosphate, 90 mM HEPES pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 1.026382 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月1日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.026382 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 44419 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 81.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Χ2: 1.069 / Net I/av σ(I): 19.429 / Net I/σ(I): 7.3 / Num. measured all: 381541
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _ / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2
3-3.118.60.82744150.85
3.11-3.238.60.5744380.916
3.23-3.388.60.36544660.991
3.38-3.568.60.24644431.114
3.56-3.788.60.18344381.159
3.78-4.078.60.14344141.165
4.07-4.488.60.10744521.093
4.48-5.138.50.08844571.084
5.13-6.468.50.09644271.199
6.46-508.50.04144691.12

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3→49.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9324 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8988 / SU R Cruickshank DPI: 0.455 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.475 / SU Rfree Blow DPI: 0.297 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.297
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2329 1999 8.47 %RANDOM
Rwork0.1862 ---
obs0.1901 23602 99.95 %-
原子変位パラメータBiso max: 175.41 Å2 / Biso mean: 69.95 Å2 / Biso min: 16.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.6536 Å20 Å20 Å2
2--6.6536 Å20 Å2
3----13.3072 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.378 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3→49.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4138 0 17 137 4292
Biso mean--121.02 57.89 -
残基数----526
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1473SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes104HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes604HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4232HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd4SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion561SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4806SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4232HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5744HARMONIC21.24
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.22
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.76
LS精密化 シェル解像度: 3→3.13 Å / Total num. of bins used: 12
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3404 239 8.5 %
Rwork0.2605 2573 -
all0.2673 2812 -
obs--99.95 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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