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万見
- PDB-5cux: Crystal structure of N-terminal domain truncated Trypanosoma cruz... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cux
タイトルCrystal structure of N-terminal domain truncated Trypanosoma cruzi Vacuolar Soluble Pyrophosphatases in complex with PPi
要素Acidocalcisomal pyrophosphatase
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / substrate binding / acidocalcisomal pyrophosphatase
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Inorganic Pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase signature. / Inorganic pyrophosphatase / Inorganic pyrophosphatase superfamily / Inorganic pyrophosphatase / EF-hand domain pair / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / PYROPHOSPHATE 2- / inorganic diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liu, W.D. / Yang, Y.Y. / Ko, T.P. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Trypanosoma cruzi protein in complex with ligand
著者: Yang, Y.Y. / Ko, T.P. / Zheng, Y.Y. / Liu, W.D. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2015年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Data collection
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,36112
ポリマ－61,1682
非ポリマー1,19310
水2,126118
1
A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子

A: Acidocalcisomal pyrophosphatase
B: Acidocalcisomal pyrophosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)124,72224
ポリマ－122,3374
非ポリマー2,38520
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-2/31
Buried area18950 Å2
ΔGint-189 kcal/mol
Surface area42400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.893, 122.893, 127.675
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Acidocalcisomal pyrophosphatase


分子量: 30584.229 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 147-408 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma cruzi (トリパノソーマ)
プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q4JH30
#2: 化合物 ChemComp-POP / PYROPHOSPHATE 2-


分子量: 175.959 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: H2O7P2
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 118 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: magnesium sulfate heptahydrate, tri-sodium citrate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月4日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. obs: 27934 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 1.49 / Net I/av σ(I): 42.501 / Net I/σ(I): 18.2 / Num. measured all: 204818
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.8-2.97.50.49527410.9120.1930.5321.242100
2.9-3.027.50.35127660.9520.1370.3771.301100
3.02-3.157.50.26827620.9730.1050.2891.401100
3.15-3.327.50.16627600.9890.0650.1781.529100
3.32-3.537.50.10527660.9950.0410.1131.578100
3.53-3.87.40.06627820.9980.0260.0711.424100
3.8-4.187.40.05127810.9980.020.0551.709100
4.18-4.7870.04228200.9990.0170.0452.12399.7
4.78-6.017.30.03328170.9990.0130.0351.516100
6.01-256.70.021293910.0090.0231.09299.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
CNS1.2精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CUV

5cuv


解像度: 2.8→25 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2326 1309 4.7 %
Rwork0.1984 25619 -
obs-26928 96.6 %
溶媒の処理Bsol: 48.8005 Å2
原子変位パラメータBiso max: 137.87 Å2 / Biso mean: 60.285 Å2 / Biso min: 31.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.645 Å2-2.511 Å20 Å2
2--4.645 Å20 Å2
3----9.289 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.8→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4254 0 62 118 4434
Biso mean--104.38 59.02 -
残基数----520
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.4971.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.082
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.6292
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.3112.5
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.9 Å /
Rfactor反射数
Rfree0.329 -
Rwork0.284 2351
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2pop.par
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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