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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ctm | ||||||
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タイトル | Structure of BPu1 beta-lactamase | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-lactamase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 penicillin binding / antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Bacillus pumilus (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1 Å | ||||||
データ登録者 | Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2016 タイトル: Class D beta-lactamases do exist in Gram-positive bacteria. 著者: Toth, M. / Antunes, N.T. / Stewart, N.K. / Frase, H. / Bhattacharya, M. / Smith, C.A. / Vakulenko, S.B. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5ctm.cif.gz | 330.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5ctm.ent.gz | 287.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5ctm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/5ctm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/5ctm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27341.158 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus pumilus (バクテリア) / 遺伝子: BPUM_2340 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A8FFI9, beta-lactamase #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-PEG / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 2% Tacsimate (pH 5.0), 0.1 M sodium citrate pH 5.6, 16% PEG 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1→64.9 Å / Num. obs: 261147 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 10.5 |
反射 シェル | 解像度: 1→1.04 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.79 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99.9 |
-位相決定
位相決定 | 手法: 分子置換 |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1→37.696 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 11.64 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 44.46 Å2 / Biso mean: 17.5944 Å2 / Biso min: 6.45 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1→37.696 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30 / % reflection obs: 100 %
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