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- PDB-5ctj: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ctj

タイトル

Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE containing 5-fluorotryptophan

要素

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

キーワード

ISOMERASE / acidophile / PurE / purine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase activity / 'de novo' IMP biosynthetic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.928 Å

データ登録者

Sullivan, K.L. / Kappock, T.J.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a single tryptophan mutant of Acetobacter aceti PurE
著者: Sullivan, K.L. / Tranchimand, S. / Kappock, T.J.

履歴

登録	2015年7月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ctj.cif.gz	138.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ctj.ent.gz	108.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ctj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5ctj_validation.pdf.gz	454.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ctj_full_validation.pdf.gz	454.8 KB	表示
XML形式データ	5ctj_validation.xml.gz	15.3 KB	表示
CIF形式データ	5ctj_validation.cif.gz	21.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/5ctj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ct/5ctj	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4ycbSC 4yccC 4ycdC 4ycjC 5clfC 5clgC 5clhC 5cliC 5cljC 5cvtC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ycj-1 4zjy-1 2fw1-1 2fwb-1 2fwi-1 5clf-1 5cvt-1 4ycc-1 2fw6-1 2fwa-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

38.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

A: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

B: N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
152 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.764, 98.764, 165.070
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	97
Space group name H-M	I422

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-303- HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質

N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase / N5-CAIR mutase / 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase

分子量: 18822.631 Da / 分子数: 2 / 変異: W34F,W165F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Acetobacter aceti 1023 (バクテリア)
遺伝子: purE, AZ09_02690 / プラスミド: pET23a / 詳細 (発現宿主): pJK698 / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A063X4U8, 5-(carboxyamino)imidazole ribonucleotide mutase

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非ポリマー , 5種, 190分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物	ChemComp-PG0 / 2-(2-METHOXYETHOXY)ETHANOL / PEG 6000 / ジエチレングリコ-ルモノメチルエ-テル分子量: 120.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₁₂O₃ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.7 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3 詳細: 31% PEG 4000, 200 mM lithium sulfate, 100 mM Tris-HCl

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月12日
放射	モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.928→50 Å / Num. all: 31074 / Num. obs: 31081 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.4 % / B_iso Wilson estimate: 27.04 Å² / R_sym value: 0.067 / Net I/σ(I): 48.56
反射シェル	解像度: 1.928→1.96 Å / 冗長度: 10.7 % / R_merge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 5.21 / % possible all: 95.4

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 4ycb

解像度: 1.928→42.668 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 16.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1689	1509	4.86 %	Same as 4ycb
R_work	0.1412	-	-	-
obs	0.1425	31074	99.79 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.928→42.668 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2300	0	23	185	2508

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2462
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.006	3373
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.638	908
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.046	407
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	437

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9283-1.9906	0.2253	93	0.1654	2623	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9906-2.0617	0.1837	151	0.1545	2634	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0617-2.1442	0.1756	133	0.1421	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1442-2.2418	0.1671	170	0.1356	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2418-2.36	0.1808	129	0.141	2666	X-RAY DIFFRACTION	100
2.36-2.5079	0.2161	144	0.1462	2644	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5079-2.7015	0.1859	128	0.145	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7015-2.9733	0.1865	151	0.1467	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9733-3.4033	0.1736	139	0.1423	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4033-4.2872	0.1385	136	0.1288	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2872-42.678	0.1558	135	0.1415	2886	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.3809	2.0707	-0.829	5.1709	-5.1524	5.4654	0.1041	-0.2577	0.5068	0.4989	0.0985	0.6052	-0.0011	-0.1658	-0.1805	0.2591	0.0166	-0.0021	0.2553	-0.0737	0.283	-6.2198	28.9595	35.1755
2	9.1649	5.8824	2.0363	5.1194	1.5405	6.4845	0.1766	-0.7464	0.2572	0.4962	-0.2109	0.2106	0.2861	-0.1694	-0.0275	0.3103	0.0339	-0.0177	0.3088	-0.0518	0.2288	-0.8434	22.9186	40.9624
3	7.4006	4.169	2.1682	4.8343	1.4508	1.3365	-0.0457	-0.4724	0.037	0.1174	-0.0592	-0.1363	-0.0352	-0.1626	0.0835	0.2554	-0.0025	-0.001	0.2522	-0.0758	0.2402	-7.963	27.5907	36.0883
4	8.4693	7.726	-3.4168	8.388	-2.738	2.2793	0.1266	0.0569	0.8724	0.265	-0.1321	0.604	-0.279	-0.0256	-0.0383	0.2544	0.0562	-0.0022	0.2315	-0.0607	0.3242	-16.4413	30.2279	28.6521
5	3.3412	-0.9118	0.8197	3.7854	-1.0266	3.4845	-0.0058	0.0422	0.2297	-0.0983	-0.0403	0.0541	-0.0224	-0.0502	0.0374	0.1626	0.0077	-0.0062	0.1585	-0.025	0.1664	-7.5222	26.4846	26.8167
6	2.0639	-1.1193	-2.121	3.7946	-1.2378	3.9718	0.554	-1.0255	-1.1243	1.6995	-0.5084	-1.2804	0.2927	-0.1872	0.3025	0.4858	-0.1169	-0.0799	0.4694	0.0757	0.3655	-4.5367	5.7962	34.5345
7	2.3818	1.6043	0.4473	5.0627	0.2302	2.3786	-0.0769	-0.0067	0.1556	0.0676	0.0187	0.1099	-0.133	0.0367	0.0685	0.1564	0.0156	-0.0089	0.2063	-0.0253	0.1802	1.143	22.2703	26.4354
8	7.6167	-5.6015	4.564	5.0785	-2.9389	4.5806	0.039	0.0117	0.0461	-0.0606	-0.0253	0.0122	-0.0377	0.2657	-0.0088	0.266	-0.0392	-0.0437	0.2647	-0.0448	0.2709	15.1873	31.8636	34.8746
9	9.337	-6.7837	6.5722	4.9917	-4.842	4.801	-0.1241	-0.2839	-0.2981	1.5236	0.3776	-0.2078	0.5489	-0.2086	-0.2468	0.5577	0.0128	-0.0797	0.4096	-0.087	0.3043	24.4389	14.8485	42.5993
10	7.1386	-1.7374	-1.3148	1.6206	3.0145	6.2929	0.0446	0.2656	0.3761	-0.4188	-0.0553	0.1239	-0.2355	0.1161	0.047	0.2823	-0.0323	-0.0431	0.279	0.048	0.1699	13.3852	28.0746	11.5547
11	5.6201	-3.8899	-2.4567	4.098	2.5657	2.3198	0.13	0.4482	-0.0712	-0.6432	-0.0823	-0.0002	0.0632	-0.2377	-0.0423	0.3407	-0.0538	-0.0489	0.3394	0.0394	0.1878	6.8987	22.1967	5.9401
12	2.8363	0.0288	0.1097	1.0655	-0.3469	1.8336	0.0033	0.0436	0.194	-0.0972	-0.0352	-0.2121	-0.0969	0.181	0.0269	0.2404	-0.0343	-0.0211	0.2058	0.0172	0.213	16.2536	24.5973	17.6326
13	0.48	0.0379	1.8358	2.7207	-2.3594	9.3307	0.2908	1.0126	-0.7991	-1.7329	-0.2306	0.816	0.5725	0.1006	0.0099	0.4441	0.0662	-0.042	0.4016	-0.0389	0.3745	6.0711	4.9021	12.1085
14	2.3181	-0.9972	0.3994	5.7707	0.1238	2.5562	-0.0462	0.0477	0.0931	-0.1374	0.0263	-0.0291	-0.081	0.0378	0.0298	0.133	-0.0197	0.0081	0.1971	0.0172	0.1553	4.4109	21.6934	20.3349
15	4.4463	5.9679	2.6452	8.0137	3.6134	2.0386	-0.0309	0.0679	0.4796	-0.0211	-0.0192	0.3399	-0.201	-0.2681	0.0568	0.3885	0.0424	-0.0714	0.3214	0.0892	0.4176	-7.0113	35.3211	12.2824
16	4.9018	5.2086	4.5916	5.5734	4.8503	4.3852	-0.3389	0.598	-0.4137	-0.6933	0.4588	0.1055	-0.3758	0.0547	-0.0855	0.3915	-0.0328	-0.0267	0.4402	0.0057	0.3782	-20.6936	18.6208	2.6538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 21 through 30 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 31 through 46 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 61 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 62 through 72 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 73 through 107 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 108 through 114 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 115 through 154 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 155 through 171 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 172 through 179 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 20 through 30 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 31 through 46 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 47 through 107 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 108 through 114 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 115 through 154 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 155 through 171 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 172 through 182 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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