ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | 1.7.3_928精密化 | iMOSFLM | | データ削減 | |
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精密化 | 解像度: 1.24→20.048 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 7.38 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.1349 | 2000 | 4.37 % |
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Rwork | 0.1089 | - | - |
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obs | 0.11 | 45803 | 91.54 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.73 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 55.818 Å2 / ksol: 0.434 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | | Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.5492 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | 0.071 Å2 | -0 Å2 |
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3- | - | - | 0.4755 Å2 |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.24→20.048 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1351 | 0 | 11 | 356 | 1718 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.009 | 1398 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d1.292 | 1899 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d11.759 | 502 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.072 | 213 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.008 | 248 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.24-1.271 | 0.1165 | 150 | 0.0915 | 3279 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 1.271-1.3054 | 0.1061 | 150 | 0.0869 | 3308 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 1.3054-1.3438 | 0.1143 | 154 | 0.0807 | 3342 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 1.3438-1.3871 | 0.1004 | 151 | 0.0823 | 3319 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.3871-1.4367 | 0.1045 | 153 | 0.0801 | 3353 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.4367-1.4942 | 0.1043 | 153 | 0.083 | 3349 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.4942-1.5622 | 0.1171 | 155 | 0.0828 | 3386 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.5622-1.6445 | 0.1208 | 154 | 0.0861 | 3385 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.6445-1.7475 | 0.1068 | 155 | 0.0884 | 3387 | X-RAY DIFFRACTION | 99 | 1.7475-1.8823 | 0.1142 | 154 | 0.0974 | 3388 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.8823-2.0716 | 0.1278 | 155 | 0.1039 | 3373 | X-RAY DIFFRACTION | 98 | 2.0716-2.3709 | 0.1495 | 144 | 0.1188 | 3151 | X-RAY DIFFRACTION | 91 | 2.3709-2.9856 | 0.1906 | 120 | 0.161 | 2636 | X-RAY DIFFRACTION | 76 | 2.9856-20.0501 | 0.3733 | 52 | 0.3068 | 1147 | X-RAY DIFFRACTION | 32 |
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