[日本語] English
万見
- PDB-5csc: STRUCTURE OF AN OPEN FORM OF CHICKEN HEART CITRATE SYNTHASE AT 2.... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5csc
タイトルSTRUCTURE OF AN OPEN FORM OF CHICKEN HEART CITRATE SYNTHASE AT 2.8 ANGSTROMS RESOLUTION
要素(CITRATE SYNTHASE) x 2
キーワードOXO-ACID-LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


citrate (Si)-synthase / The tricarboxylic acid cycle / citrate synthase activity / citrate (Si)-synthase activity / citrate metabolic process / tricarboxylic acid cycle / carbohydrate metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily ...Citrate synthase, eukaryotic-type / Citrate Synthase; domain 1 / Citrate Synthase, domain 1 / Cytochrome p450-Terp; domain 2 / Cytochrome P450-Terp, domain 2 / Citrate synthase active site / Citrate synthase signature. / Citrate synthase-like, large alpha subdomain / Citrate synthase-like, small alpha subdomain / Citrate synthase superfamily / Citrate synthase, C-terminal domain / Citrate synthase / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Citrate synthase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Liao, D.-I. / Karpusas, M. / Remington, S.J.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Crystal structure of an open conformation of citrate synthase from chicken heart at 2.8-A resolution
著者: Liao, D.-I. / Karpusas, M. / Remington, S.J.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1984
タイトル: Crystal Structure Analysis and Molecular Model of a Complex of Citrate Synthase with Oxaloacetate and S-Acetonyl-Coenzymea
著者: Wiegand, G. / Remington, S. / Deisenhofer, J. / Huber, R.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Crystallographic Refinement and Atomic Models of Two Different Forms of Citrate Synthase at 2.7 And 1.7 Angstroms Resolution
著者: Remington, S. / Wiegand, G. / Huber, R.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Primary Structure of Porcine Heart Citrate Synthase
著者: Bloxham, D.P. / Parmelee, D.C. / Kumar, S. / Wade, R.D. / Ericsson, L.H. / Neurath, H. / Walsh, K.A. / Titani, K.
#4: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1979
タイトル: Crystal Structure Analysis of the Tetragonal Crystal Form and Preliminary Molecular Model of Pig-Heart Citrate Synthase
著者: Wiegand, G. / Kukla, D. / Scholze, H. / Jones, T.A. / Huber, R.
履歴
登録1990年5月7日処理サイト: BNL
改定 1.01991年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CITRATE SYNTHASE
B: CITRATE SYNTHASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,3042
ポリマ－94,3042
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.850, 58.850, 259.220
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43
Atom site foot note1: AN OCCUPANCY OF 0.0 INDICATES THAT THE ATOM COULD NOT BE FOUND IN THE ELECTRON DENSITY MAP AND IS INCLUDED AS A DUMMY ATOM.
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.00998, -0.99994, -0.00433), (-0.99993, 0.00995, 0.00688), (-0.00683, 0.0044, -0.99997)
ベクター: 86.45081, 85.54562, -0.12062)
詳細THE MOLECULE IS A DIMER, WITH ONE DIMER OF MOLECULAR WEIGHT 100000 IN THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT.

-
要素

#1: タンパク質 CITRATE SYNTHASE


分子量: 47322.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P23007, EC: 4.1.3.7
#2: タンパク質 CITRATE SYNTHASE


分子量: 46981.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P23007

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.29 %
結晶化
*PLUS
pH: 6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: or 4 degrees centigrade
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlprotein1drop
20.5 Mcitrate1drop
310 mMCoA1drop
41.0 Msodium citrate1reservoir

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / Num. obs: 15130 / % possible obs: 62.4 % / Num. measured all: 53801 / Rmerge(I) obs: 0.139
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 2.7 Å / 最低解像度: 2.8 Å / % possible obs: 22 %

-
解析

ソフトウェア名称: TNT / 分類: 精密化
精密化解像度: 2.8→6 Å / Rfactor obs: 0.197
詳細: THE MODEL WAS FIT USING LIMITED RESOLUTION DATA (2.8 ANGSTROMS) AND THERE IS UNCERTAINTY IN THE SEQUENCE USED IN THIS ANALYSIS (SEE REMARK 4). NOTE, AS A CONSEQUENCE, THAT THERE ARE ...詳細: THE MODEL WAS FIT USING LIMITED RESOLUTION DATA (2.8 ANGSTROMS) AND THERE IS UNCERTAINTY IN THE SEQUENCE USED IN THIS ANALYSIS (SEE REMARK 4). NOTE, AS A CONSEQUENCE, THAT THERE ARE DISTANCES, TORSION ANGLES, AND BOND ANGLES IN THIS ENTRY WHICH HAVE VALUES OUTSIDE EXPECTED RANGES.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6606 0 0 0 6606
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_it
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る