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- PDB-5cro: REFINED STRUCTURE OF CRO REPRESSOR PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE LAMBDA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cro
タイトルREFINED STRUCTURE OF CRO REPRESSOR PROTEIN FROM BACTERIOPHAGE LAMBDA
要素CRO REPRESSOR PROTEIN
キーワードGENE REGULATING PROTEIN / TRANSCRIPTION REGULATION
機能・相同性
機能・相同性情報


latency-replication decision / release from viral latency / negative regulation of viral transcription / negative regulation of transcription by competitive promoter binding / core promoter sequence-specific DNA binding / response to UV / protein homodimerization activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
CRO Repressor / Regulatory protein cro superfamily / Cro / Regulatory protein cro / CRO Repressor / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Regulatory protein cro
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage lambda (λファージ)
手法X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ohlendorf, D.H. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Refined structure of Cro repressor protein from bacteriophage lambda suggests both flexibility and plasticity.
著者: Ohlendorf, D.H. / Tronrud, D.E. / Matthews, B.W.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1986
タイトル: Different Interactions Used by Cro Repressor in Specific and Nonspecific DNA Binding
著者: Takeda, Y. / Kim, J.G. / Caday, C.G. / Steers Junior, E. / Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Matthews, B.W.
#2: ジャーナル: Chem.Scr. / 年: 1986
タイトル: Use of Protein Sequence and Structure to Infer Distant Evolutionary Relationships
著者: Brennan, R.G. / Weaver, L.H. / Matthews, B.W.
#3: ジャーナル: Biological Macromolecules and Assemblies. V.2: Nucleic Acids and Interactive Proteins
年: 1985
タイトル: The Structure of Cro Repressor Protein
著者: Takeda, Y. / Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Matthews, B.W.
#4: ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 1983
タイトル: High Resolution Structural Studies of Cro Repressor Protein and Implications for DNA Recognition
著者: Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Takeda, Y. / Matthews, B.W.
#5: ジャーナル: Science / 年: 1983
タイトル: DNA-Binding Proteins
著者: Takeda, Y. / Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Matthews, B.W.
#6: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Comparison of the Structures of Cro and Lambda Repressor Proteins from Bacteriophage Lambda
著者: Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Lewis, M. / Pabo, C.O. / Matthews, B.W.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Crystallographic Data for Complexes of the Cro Repressor with DNA
著者: Anderson, W.F. / Cygler, M. / Vandonselaar, M. / Ohlendorf, D.H. / Matthews, B.W. / Kim, J. / Takeda, Y.
#8: ジャーナル: Annu.Rev.Biophys.Bioeng. / 年: 1983
タイトル: Structural Studies of Protein-Nucleic Acid Interactions
著者: Ohlendorf, D.H. / Matthews, B.W.
#9: ジャーナル: Trends Biochem.Sci. / 年: 1983
タイトル: How Does Cro Repressor Recognize its DNA Target Sites?
著者: Matthews, B.W. / Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Fisher, R.G. / Takeda, Y.
#10: ジャーナル: Cold Spring Harbor Symp.Quant.Biol. / 年: 1983
タイトル: Cro Repressor Protein and its Interaction with DNA
著者: Matthews, B.W. / Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Fisher, R.G. / Takeda, Y.
#11: ジャーナル: J.Mol.Evol. / 年: 1983
タイトル: Many Gene-Regulatory Proteins Appear to Have a Similar Alpha-Helical Fold that Binds DNA and Evolved from a Common Precursor
著者: Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Matthews, B.W.
#12: ジャーナル: Nature / 年: 1982
タイトル: The Molecular Basis of DNA-Protein Recognition Inferred from the Structure of Cro Repressor
著者: Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Fisher, R.G. / Takeda, Y. / Matthews, B.W.
#13: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Structural Similarity in the DNA-Binding Domains of Catabolite Gene Activator and Cro Repressor Proteins
著者: Steitz, T.A. / Ohlendorf, D.H. / Mckay, D.B. / Anderson, W.F. / Matthews, B.W.
#14: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1982
タイトル: Structure of the DNA-Binding Region of Lac Repressor Inferred from its Homology with Cro Repressor
著者: Matthews, B.W. / Ohlendorf, D.H. / Anderson, W.F. / Takeda, Y.
#15: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1982
タイトル: Proposed Alpha-Helical Super-Secondary Structure Associated with Protein-DNA Recognition
著者: Anderson, W.F. / Takeda, Y. / Ohlendorf, D.H. / Matthews, B.W.
#16: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structure of the Cro Repressor from Bacteriophage Lambda and its Interaction with DNA
著者: Anderson, W.F. / Ohlendorf, D.H. / Takeda, Y. / Matthews, B.W.
#17: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1979
タイトル: The Structure of a Repressor. Crystallographic Data for the Cro Regulatory Protein of Bacteriophage Lambda
著者: Anderson, W.F. / Matthews, B.W. / Takeda, Y. / Echols, H.
#18: ジャーナル: Nature / 年: 1977
タイトル: Amino Acid Sequence of Cro Regulatory Protein of Bacteriophage Lambda
著者: Hsiang, M.W. / Cole, R.D. / Takeda, Y. / Echols, H.
履歴
登録1998年4月17日処理サイト: BNL
置き換え1998年6月17日ID: 1CRO
改定 1.01998年6月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
O: CRO REPRESSOR PROTEIN
A: CRO REPRESSOR PROTEIN
B: CRO REPRESSOR PROTEIN
C: CRO REPRESSOR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,6926
ポリマ－29,5024
非ポリマー1902
水59433
1
O: CRO REPRESSOR PROTEIN
B: CRO REPRESSOR PROTEIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,9414
ポリマ－14,7512
非ポリマー1902
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1270 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
2
A: CRO REPRESSOR PROTEIN
C: CRO REPRESSOR PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7512
ポリマ－14,7512
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area8010 Å2
手法PISA
3
O: CRO REPRESSOR PROTEIN
A: CRO REPRESSOR PROTEIN
B: CRO REPRESSOR PROTEIN
C: CRO REPRESSOR PROTEIN
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)178,15136
ポリマ－177,01224
非ポリマー1,14012
水43224
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_445-y-1,x-y-1,z1
crystal symmetry operation3_545-x+y,-x-1,z1
crystal symmetry operation16_544y+1/3,x-1/3,-z-1/31
crystal symmetry operation17_434x-y-2/3,-y-4/3,-z-1/31
crystal symmetry operation18_444-x-2/3,-x+y-1/3,-z-1/31
Buried area44270 Å2
ΔGint-175 kcal/mol
Surface area66830 Å2
手法PISA
4


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area13000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.600, 91.600, 268.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11O-100-

PO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.99383, 0.0516, -0.02407), (0.05397, 0.99229, -0.1116), (0.01812, -0.11272, -0.99346)-27.083, -1.7302, -48.907
2given(0.31092, -0.02396, 0.95013), (0.02281, -0.99921, -0.03266), (0.95016, 0.03183, -0.31013)10.4738, -73.83, -14.8488
3given(-0.31067, -0.12332, -0.94248), (-0.08774, -0.98359, 0.15763), (-0.94646, 0.13167, 0.29475)-44.5491, -70.7468, -24.4876
詳細THE DIMER OF CRO THAT EXISTS IN SOLUTION IS PRESUMED TO BE THE O-B DIMER WHICH IS GENERALLY USED AS THE MODEL OF THE DIMER WHICH BINDS DNA.

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要素

#1: タンパク質
CRO REPRESSOR PROTEIN


分子量: 7375.484 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: WATER MOLECULES AND TWO PHOSPHATE RADICALS
由来: (天然) Enterobacteria phage lambda (λファージ)
属: Lambda-like viruses / 参照: UniProt: P03040
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 67 % / 解説: THE DATA WERE COLLECTED IN THE EARLY 1980'S.
結晶化手法: microdialysis or batch / pH: 7.5
詳細: CRYSTALS WERE OBTAINED IN THE PRESENCE OF ABOUT 1.2M PHOSPHATE BY MICRODIALYSIS OR BATCH TECHNIQUES., pH 7.5, microdialysis or batch
結晶化
*PLUS
手法: microdialysis / 詳細: or batch / PH range low: 7.7 / PH range high: 7.4
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
142 %satammonium sulfate11
21.2 Mphosphate11

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データ収集

回折平均測定温度: 290 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ELLIOTT GX-21 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: FILM / 検出器: FILM
放射モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→20 Å / Num. obs: 17141 / % possible obs: 84 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 30.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
LYNNTEN EYCK'S NEWREFモデル構築
TNT1精密化
OSCTSTデータ削減
VENUSデータ削減
CCP4(ROTAVATA)データスケーリング
ODPROCデータスケーリング
NEWREF(LYNN TEN EYCK)位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.3→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO V1.0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.193 --
all-17141 -
obs-17141 84 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 120 Å2 / ksol: 0.749 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1897 0 10 33 1940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.01919370.8
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.27125931.3
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.57811680
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle25.35981
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.008442
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0142795
X-RAY DIFFRACTIONt_it7.32319371
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0213510
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5D / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.193
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg19.5780
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0145

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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