PDB-5cr4: Crystal structure of the Sleeping Beauty transposase catalytic domain

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cr4

タイトル

Crystal structure of the Sleeping Beauty transposase catalytic domain

要素

Sleeping Beauty transposase, SB100X

キーワード

HYDROLASE / Transposase / Tc1/mariner family / RNaseH fold

機能・相同性

Ribonuclease H-like superfamily/Ribonuclease H / Nucleotidyltransferase; domain 5 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Voigt, F. / Barabas, O.

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2016
タイトル: Sleeping Beauty transposase structure allows rational design of hyperactive variants for genetic engineering.
著者: Voigt, F. / Wiedemann, L. / Zuliani, C. / Querques, I. / Sebe, A. / Mates, L. / Izsvak, Z. / Ivics, Z. / Barabas, O.

履歴

登録	2015年7月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.2	2018年3月7日	Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: diffrn_source / entity_src_gen Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cr4.cif.gz	226.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cr4.ent.gz	182.7 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/5cr4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cr/5cr4	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3hosS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jmd-d 3ktd-1 4o1g-1 3ktd-2 4q8q-1 2nso-1 5byc-d 2jgv-1 3pds-d 1wke-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#84 - 2006年12月トランスポザーゼ (Transposase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Sleeping Beauty transposase, SB100X

B: Sleeping Beauty transposase, SB100X

ヘテロ分子

57.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.240, 113.980, 144.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	24
Space group name H-M	I2₁2₁2₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-308- SO4
2	1	A-472- HOH
3	1	A-614- HOH
4	1	B-405- HOH
5	1	B-447- HOH
6	1	B-569- HOH

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Sleeping Beauty transposase, SB100X 分子量: 26664.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pETM22 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌)

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非ポリマー , 5種, 759分子

#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 化合物	ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES 分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈N₂O₄S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.29 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 0.1 M sodium citrate, 3.2 M ammonium sulphate

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9763 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年1月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 136613 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): -3 / 冗長度: 11.2 % / B_iso Wilson estimate: 17.67 Å² / R_sym value: 0.081 / Net I/σ(I): 17.9
反射シェル	解像度: 1.4→1.5 Å / 冗長度: 11.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.99 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HOS

3hos

解像度: 1.4→50 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 20.47 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1954	6830	5 %	Random selection
R_work	0.1712	-	-	-
obs	0.1724	136607	99.97 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.4 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3596	0	219	721	4536

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.02	4089
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.907	5562
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.294	1497
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	565
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.011	685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.4-1.4159	0.3508	224	0.3171	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4159-1.4326	0.3505	228	0.2992	4332	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4326-1.45	0.3018	226	0.2872	4292	X-RAY DIFFRACTION	100
1.45-1.4684	0.2924	224	0.2686	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4684-1.4877	0.2979	228	0.2635	4322	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4877-1.5081	0.2527	225	0.2382	4281	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5081-1.5297	0.2679	224	0.2277	4258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5297-1.5525	0.2363	227	0.2259	4306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5525-1.5768	0.2262	226	0.2114	4304	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5768-1.6026	0.2399	225	0.2061	4275	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6026-1.6302	0.2508	229	0.1958	4347	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6302-1.6599	0.209	225	0.1824	4261	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6599-1.6918	0.2138	226	0.1804	4308	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6918-1.7264	0.2016	227	0.1682	4305	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7264-1.7639	0.2211	225	0.1689	4278	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7639-1.8049	0.1938	227	0.1662	4317	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8049-1.8501	0.2055	227	0.1646	4306	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8501-1.9001	0.1976	228	0.1724	4329	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9001-1.956	0.1882	227	0.1742	4316	X-RAY DIFFRACTION	100
1.956-2.0191	0.193	227	0.1697	4321	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0191-2.0913	0.1962	227	0.1623	4310	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0913-2.1751	0.1908	228	0.1573	4330	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1751-2.2741	0.2047	229	0.1547	4343	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2741-2.394	0.1669	228	0.1557	4338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.394-2.5439	0.199	229	0.1678	4361	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5439-2.7404	0.2076	230	0.172	4364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7404-3.0162	0.2045	230	0.1704	4363	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0162-3.4526	0.1682	230	0.1561	4382	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4526-4.3498	0.155	233	0.1357	4416	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3498-72.9308	0.1866	241	0.18	4591	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.3141	-0.0235	0.545	3.69	-3.2452	4.4234	0.0844	0.015	-0.0266	0.0118	-0.1632	-0.1386	-0.0699	0.2443	0.0676	0.0732	0.0041	0.0005	0.1127	-0.0003	0.1628	23.4634	22.4473	-12.1976
2	5.7626	-0.082	-0.4462	3.6429	-0.2065	4.5755	0.0812	0.701	-0.6331	0.0615	-0.0851	-0.5858	0.2916	0.3804	0.0069	0.159	0.0316	-0.0659	0.1635	-0.0184	0.2656	18.4336	4.5168	-9.2856
3	7.2275	-4.8547	5.4483	3.2475	-3.6583	4.0925	-0.1532	-0.0181	0.1383	0.1538	-0.0001	-0.1112	-0.1636	0.0047	0.19	0.121	-0.0216	-0.0175	0.1139	0.0001	0.1501	-5.1612	23.9129	-16.059
4	8.2954	1.6734	5.3111	1.2314	1.6843	4.8617	-0.2444	0.4345	0.2063	-0.2967	0.0919	0.1656	-0.3652	0.2065	0.1259	0.1614	0.0245	-0.0127	0.1214	-0.0078	0.1434	-16.1019	33.5555	-24.5989
5	3.5631	-0.4581	0.6682	0.7906	-1.2085	1.8394	-0.1986	-0.3129	0.177	0.3045	0.1832	0.029	-0.1366	-0.139	0.0164	0.1423	-0	-0.0418	0.1364	-0.0032	0.1278	-2.7685	15.9339	-4.5034
6	4.0826	-2.3026	-2.4901	4.9043	6.2186	7.9451	-0.0136	-0.2476	-0.3742	0.5394	-0.2675	0.5937	0.6033	-0.5907	0.1728	0.2094	-0.0269	-0.0186	0.2499	0.0497	0.1823	-0.4122	7.8397	1.8833
7	3.0878	-0.0278	-0.196	1.3877	0.4891	2.4402	-0.0199	-0.3811	-0.033	0.1897	0.1007	-0.0209	0.1604	-0.0016	-0.057	0.1158	0.0139	-0.0426	0.1642	0.0074	0.1369	10.6882	12.2765	1.1332
8	8.1733	-2.5098	4.6108	2.0438	-0.9178	4.6678	0.1158	0.2137	0.1419	-0.1573	-0.1478	-0.0241	0.0616	0.0832	0.0813	0.1106	-0.0049	-0.0219	0.0916	0.0059	0.1085	-1.9519	15.5559	-17.9099
9	1.431	-3.0373	0.3055	7.6344	0.5709	2.0227	0.0971	-0.0587	-0.2755	0.0059	0.0464	0.5185	0.0932	-0.1305	-0.1295	0.1022	-0.0307	-0.0374	0.1427	0.0198	0.1974	-12.568	14.6419	-14.5791
10	7.2986	1.0664	3.7569	2.83	1.8164	5.7675	0.4541	0.7378	-0.4026	-0.3601	-0.242	0.1227	-0.1345	-0.0236	-0.1387	0.1972	0.0499	-0.0557	0.1982	-0.0443	0.161	5.595	5.933	-18.7248
11	6.1652	1.4579	-0.2578	7.3878	-0.4855	4.3378	0.0112	0.108	-0.2191	-0.1973	-0.0945	-0.3032	0.3622	0.2563	0.0798	0.1303	0.033	0.011	0.1331	0	0.0908	21.0521	17.941	-17.0481
12	3.1042	-0.9161	-0.6651	2.4486	-0.8232	3.3796	0.0885	0.4146	-0.0144	-0.446	-0.2155	0.1303	-0.2258	-0.5114	0.1082	0.2822	0.0695	-0.0076	0.2606	-0.0485	0.1195	-25.8052	4.1997	-59.2355
13	1.881	-1.0577	2.6261	1.9502	-1.657	4.3692	0.1016	0.165	-0.0148	-0.2016	-0.1316	0.0234	-0.0177	0.0553	0.0468	0.1451	0.0424	0.0062	0.1635	-0.0411	0.0943	-24.8798	11.4061	-39.9038
14	7.0809	1.539	5.4869	1.2572	1.2176	7.1047	0.1818	0.0539	-0.3386	0.4452	-0.0086	-0.4339	0.1975	0.2265	-0.1686	0.2229	-0.0251	-0.0867	0.1223	0.0253	0.2183	-13.3624	-4.1766	-20.3637
15	1.407	-0.7889	0.8184	1.8961	-0.0712	2.0109	0.0246	-0.1866	-0.1224	0.1459	0.0003	0.33	-0.0729	-0.368	-0.0171	0.1498	0.0524	-0.0094	0.2093	-0.0228	0.1442	-36.7202	16.1379	-35.4476
16	2.8024	-0.9591	-0.6016	1.4442	0.8017	1.104	-0.0499	0.1436	-0.3552	-0.0842	-0.1777	0.4892	-0.0111	-0.2598	0.1126	0.2033	0.0764	-0.0306	0.2505	-0.0575	0.2187	-40.0354	13.5251	-47.0865
17	0.4929	-0.1924	0.3208	1.587	-0.3263	2.1467	-0.0119	0.0031	0.0355	0.0285	-0.0842	-0.1529	-0.1047	-0.0281	0.0913	0.1513	0.0264	-0.0228	0.167	-0.012	0.1434	-21.8337	16.0786	-32.9437
18	1.1365	-0.1276	0.2438	3.6167	0.9195	1.7206	0.0229	0.1627	0.1017	-0.5611	-0.0882	-0.0148	-0.2693	-0.1062	0.0784	0.2769	0.0551	0.0292	0.1759	0.0166	0.1468	-21.4718	9.3544	-57.3518

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 7 through 27 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 28 through 40 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 41 through 58 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 59 through 80 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 81 through 104 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 105 through 123 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 124 through 166 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 167 through 182 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 183 through 200 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 201 through 212 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 213 through 230 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'A' and (resid 7 through 28 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'A' and (resid 29 through 58 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'A' and (resid 59 through 80 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'A' and (resid 81 through 123 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'A' and (resid 124 through 166 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'A' and (resid 167 through 212 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'A' and (resid 213 through 230 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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