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- PDB-5cr2: E. coli MazF in complex with single strand DNA substrate analog -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cr2
タイトルE. coli MazF in complex with single strand DNA substrate analog
要素
  • Endoribonuclease MazF
  • ssDNA substrate analog
キーワードHYDROLASE / Toxin-Antitoxin / mRNA interferase / ribonuclease / persistence / bacterial stress response
機能・相同性
機能・相同性情報


toxin-antitoxin complex / quorum sensing / rRNA catabolic process / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of growth / positive regulation of programmed cell death / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / molecular function activator activity ...toxin-antitoxin complex / quorum sensing / rRNA catabolic process / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of growth / positive regulation of programmed cell death / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / molecular function activator activity / negative regulation of cell growth / regulation of translation / defense response to virus / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / DNA binding / RNA binding
類似検索 - 分子機能
SH3 type barrels. - #110 / mRNA interferase PemK-like / PemK-like, MazF-like toxin of type II toxin-antitoxin system / Plasmid maintenance toxin/Cell growth inhibitor / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA/RNA hybrid / Endoribonuclease toxin MazF
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zorzini, V. / Loris, R.
資金援助 ベルギー, 2件
組織認可番号国
Fonds Wetenschappelijk Onderzoek-Vlaanderen (FWO) ベルギー
Biostruct-X ベルギー
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Substrate Recognition and Activity Regulation of the Escherichia coli mRNA Endonuclease MazF.
著者: Zorzini, V. / Mernik, A. / Lah, J. / Sterckx, Y.G. / De Jonge, N. / Garcia-Pino, A. / De Greve, H. / Versees, W. / Loris, R.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月13日Group: Database references
改定 1.22016年6月8日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoribonuclease MazF
B: Endoribonuclease MazF
C: Endoribonuclease MazF
D: ssDNA substrate analog
E: ssDNA substrate analog
F: ssDNA substrate analog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,0556
ポリマ－45,0556
非ポリマー00
水55831
1
A: Endoribonuclease MazF
B: Endoribonuclease MazF
D: ssDNA substrate analog
E: ssDNA substrate analog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0374
ポリマ－30,0374
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Endoribonuclease MazF
F: ssDNA substrate analog

C: Endoribonuclease MazF
F: ssDNA substrate analog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0374
ポリマ－30,0374
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_557x-y,-y,-z+8/31
単位格子
Length a, b, c (Å)113.960, 113.960, 47.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Endoribonuclease MazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF


分子量: 12940.904 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: mazF, chpA, chpAK, b2782, JW2753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AE70, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ
#2: DNA/RNAハイブリッド ssDNA substrate analog


分子量: 2077.385 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Enterobacteria phage MS2 (ファージ)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 31 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.56 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.17 M Sodium acetate trihydrate, 0.085 M Tris hydrocloride pH 8.5, 25.5% w/v PEG4000, 15% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 2 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→42.801 Å / Num. obs: 7461 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.95 % / Rsym value: 0.224 / Net I/σ(I): 8.96
反射 シェル解像度: 2.9→3.17 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.25 / Rsym value: 0.778 / % possible all: 96.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.7.1_743精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MDX

4mdx


解像度: 2.9→42.808 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.87 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2901 391 5.24 %
Rwork0.2232 --
obs0.234 7461 92.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 32.262 Å2 / ksol: 0.397 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.9839 Å20 Å2-0 Å2
2--3.9839 Å20 Å2
3----12.9347 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→42.808 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2470 152 0 32 2654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032687
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.733676
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.912991
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003448
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9046-3.32470.33781240.24882340X-RAY DIFFRACTION88
3.3247-4.18830.29621230.22842339X-RAY DIFFRACTION88
4.1883-42.81270.2661260.22422390X-RAY DIFFRACTION87
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.72280.0210.16490.62640.43290.66470.092-0.1443-0.07620.0962-0.01380.0033-0.0239-0.1073-0.02020.1549-0.0372-0.01690.2652-0.01460.0141157.066421.273161.2651
20.84870.3179-0.56481.936-0.08181.3336-0.02040.0295-0.089-0.00220.02830.09560.11480.0561-0.03360.14850.0005-0.02210.1835-0.00560.0436156.470521.804741.7447
31.34780.2305-0.15221.3976-0.16631.4041-0.08040.2326-0.0963-0.18-0.0433-0.09230.0612-0.03850.03310.0736-0.00180.00030.12050.05440.0144131.9342-0.267153.7438
48.29785.02645.91638.7544-0.57687.25-0.03490.52-0.0076-0.505-0.0284-0.49830.05180.7233-0.46070.26360.0278-0.04520.2286-0.05550.3711160.61186.328459.0794
54.70524.2773-4.75138.6737-5.45345.0667-0.56931.5606-0.3598-0.6391-0.17750.1914-0.5104-0.23910.94370.72160.12990.19050.99110.01530.5672145.541722.108734.9737
63.684-3.79632.05325.4698-0.6452.533-0.0403-0.1361-0.0869-0.1276-0.1306-0.12190.6810.89550.08781.1235-0.10560.42330.7856-0.070.6251140.7763-8.101447.4153
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1Chain 'A'
2X-RAY DIFFRACTION2Chain 'B'
3X-RAY DIFFRACTION3Chain 'C'
4X-RAY DIFFRACTION4Chain 'D'
5X-RAY DIFFRACTION5Chain 'E'
6X-RAY DIFFRACTION6Chain 'F'

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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