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- PDB-5cqr: Dimerization of Elp1 is essential for Elongator complex assembly -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cqr
タイトルDimerization of Elp1 is essential for Elongator complex assembly
要素Elongator complex protein 1
キーワードPROTEIN BINDING / Familial Dysautonomia / Elongator Complex / Elp1 subunit / dimerization
機能・相同性
機能・相同性情報


elongator holoenzyme complex / tRNA wobble base 5-methoxycarbonylmethyl-2-thiouridinylation / tRNA wobble uridine modification / regulation of translation / HATs acetylate histones / tRNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Elongator complex protein 1 / IKI3 family / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Elongator complex protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.015 Å
データ登録者Lin, Z. / Xu, H. / Li, F. / Diao, W. / Long, J. / Shen, Y.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Dimerization of elongator protein 1 is essential for Elongator complex assembly.
著者: Xu, H. / Lin, Z. / Li, F. / Diao, W. / Dong, C. / Zhou, H. / Xie, X. / Wang, Z. / Shen, Y. / Long, J.
履歴
登録2015年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Database references
改定 1.22015年12月16日Group: Experimental preparation
改定 1.32024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Elongator complex protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,1711
ポリマ－71,1711
非ポリマー00
水905
1
A: Elongator complex protein 1

A: Elongator complex protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,3422
ポリマ－142,3422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_546x,x-y-1,-z+7/61
Buried area3470 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area46570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.020, 73.020, 479.508
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Elongator complex protein 1 / ELP1 / IkappaB kinase complex-associated protein / IKK complex-associated protein / p150


分子量: 71171.211 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 715-1332 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IKBKAP, ELP1, IKAP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95163
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 100 mM HEPES, pH 7.0, 20% PEG 3350, 200 mM potassium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 16272 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20 % / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 11.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.6.4_486精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.015→46.465 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.17 / 位相誤差: 23.31 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2701 1398 9.97 %
Rwork0.2212 --
obs0.2261 14026 86.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 25.641 Å2 / ksol: 0.309 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2137 Å2-0 Å20 Å2
2--3.2137 Å2-0 Å2
3----6.4273 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.015→46.465 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3595 0 0 5 3600
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093664
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2354957
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.771341
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.079565
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005631
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0152-3.12290.4037510.3215454X-RAY DIFFRACTION33
3.1229-3.24790.3126960.2986872X-RAY DIFFRACTION62
3.2479-3.39570.34091360.27051246X-RAY DIFFRACTION88
3.3957-3.57470.33551370.241278X-RAY DIFFRACTION90
3.5747-3.79850.25431540.19991387X-RAY DIFFRACTION97
3.7985-4.09170.24721550.18091386X-RAY DIFFRACTION97
4.0917-4.50310.21541580.16081420X-RAY DIFFRACTION98
4.5031-5.1540.20241610.19111445X-RAY DIFFRACTION99
5.154-6.49070.35061660.26621486X-RAY DIFFRACTION99
6.4907-46.47060.26451840.23841654X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 61.418 Å / Origin y: 18.3401 Å / Origin z: 267.2202 Å
111213212223313233
T0.3551 Å20.0598 Å2-0.0371 Å2-0.1649 Å2-0.0436 Å2--0.2356 Å2
L0.889 °20.1204 °20.5605 °2--0.1092 °20.0137 °2--0.1766 °2
S-0.1756 Å °-0.0476 Å °0.2296 Å °0.0084 Å °0.0101 Å °0.1026 Å °0.0928 Å °0.0469 Å °-0.0032 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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