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- PDB-5cqj: Crystal structure of E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cqj
タイトルCrystal structure of E. coli undecaprenyl pyrophosphate synthase in complex with clomiphene
要素Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
キーワードtransferase/transferase INHIBITOR / transferase / cell wall / wall teichoic acid / antibacterial / transferase-transferase INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding ...Gram-negative-bacterium-type cell wall biogenesis / ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific] / di-trans,poly-cis-undecaprenyl-diphosphate synthase activity / polyprenol biosynthetic process / small molecule binding / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / magnesium ion binding / protein homodimerization activity / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Undecaprenyl pyrophosphate synthetase / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Di-trans-poly-cis-decaprenylcistransferase-like, conserved site / Undecaprenyl pyrophosphate synthase family signature. / Decaprenyl diphosphate synthase-like / Putative undecaprenyl diphosphate synthase / Decaprenyl diphosphate synthase-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Clomifene / Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Worrall, L.J. / Conrady, D.G. / Strynadka, N.C.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Antagonism screen for inhibitors of bacterial cell wall biogenesis uncovers an inhibitor of undecaprenyl diphosphate synthase.
著者: Farha, M.A. / Czarny, T.L. / Myers, C.L. / Worrall, L.J. / French, S. / Conrady, D.G. / Wang, Y. / Oldfield, E. / Strynadka, N.C. / Brown, E.D.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Database references
改定 1.22015年9月9日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_database_related ...citation / pdbx_database_related / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_database_related.content_type ..._citation.journal_id_CSD / _pdbx_database_related.content_type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 2.02020年2月12日Group: Advisory / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _entity.formula_weight
改定 2.12024年3月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
B: Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,3683
ポリマ－56,9622
非ポリマー4061
水1,72996
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3560 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area19660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.312, 68.488, 111.630
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase ((2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific) / Ditrans / polycis-undecaprenylcistransferase / Undecaprenyl diphosphate synthase / UDS / ...Ditrans / polycis-undecaprenylcistransferase / Undecaprenyl diphosphate synthase / UDS / Undecaprenyl pyrophosphate synthase / UPP synthase


分子量: 28481.127 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: ispU, rth, uppS, yaeS, b0174, JW0169 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P60472, ditrans,polycis-undecaprenyl-diphosphate synthase [(2E,6E)-farnesyl-diphosphate specific]
#2: 化合物 ChemComp-53Q / Clomifene / 1-[(E)-2-chloro-1,2-diphenylethenyl]-4-methoxybenzene / clomiphene


分子量: 405.960 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28ClNO
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.1 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM MES pH 6.5, 0.16 M calcium acetate, 20 % PEG 8000, 20 % glycerol
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→27.91 Å / Num. obs: 25369 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 25.75 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 84955
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
2.15-2.222.10.4522312115090.6780.3866.3
8.86-27.913.10.01664132042510.01195.2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia20.3.11データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.15→26.507 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.71 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2439 1253 4.95 %
Rwork0.1826 24074 -
obs0.1857 25327 93.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 107.5 Å2 / Biso mean: 33.2797 Å2 / Biso min: 11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→26.507 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3298 0 23 96 3417
Biso mean--55.18 30.93 -
残基数----418
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083392
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0554579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041490
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005628
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2021245
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1501-2.23610.31361150.25241841195666
2.2361-2.33780.2831270.23412333246083
2.3378-2.4610.28051440.212736288097
2.461-2.61510.26761330.19622783291699
2.6151-2.81680.24311330.19652819295299
2.8168-3.09980.26041190.19882859297899
3.0998-3.54750.27831250.17672875300099
3.5475-4.4660.22441690.153128583027100
4.466-26.5090.20321880.16492970315899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5261-0.62550.48371.6949-1.09751.895-0.0450.14020.122-0.0805-0.1703-0.19220.14990.00980.21890.18970.00520.00020.1244-0.01260.1407-0.5852-0.703-1.8978
22.3616-2.43580.64377.7966-2.98622.4465-0.01730.25890.0452-0.40440.11170.03980.1795-0.3082-0.06830.1825-0.0067-0.00660.2902-0.0410.1807-6.385-3.6849-6.2219
31.23250.04050.35941.64070.50942.2632-0.0576-0.16390.0683-0.1777-00.5053-0.1224-0.83180.0040.2288-0.02540.00450.3877-0.00610.3417-17.0912-5.17594.4332
40.79970.0070.31340.8644-0.01361.4477-0.0194-0.1254-0.00730.1238-0.05990.09940.2057-0.18070.06080.1705-0.02930.04010.1634-0.00010.1855-2.73-4.173913.7809
52.3196-1.122-0.47842.75480.53831.6376-0.0664-0.2241-0.12620.04720.1792-0.28870.16310.4317-0.10120.15520.01840.01180.2287-0.01620.200523.79475.00821.8111
63.06041.66990.03553.9726-0.71751.79070.2633-0.6636-0.16410.2767-0.2682-0.430.00150.16170.01290.2228-0.0225-0.01290.2854-0.04830.199519.164910.055335.5544
71.05920.31590.37641.27040.62110.76290.0847-0.1060.05290.1123-0.08220.0274-0.0528-0.0894-0.02790.1644-0.01810.02550.1451-0.00570.12898.22117.312425.0456
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 38 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 60 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 61 through 131 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 132 through 240 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 17 through 91 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 92 through 117 )B0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 118 through 240 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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