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- PDB-5cpc: Crystal structure of SopD, a type III secreted virulence effector... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cpc
タイトルCrystal structure of SopD, a type III secreted virulence effector from Salmonella enterica
要素Secreted effector protein SopD
キーワードCELL INVASION / T3SS effector protein / Structural Genomics / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative / BSGI
機能・相同性Salmonella outer protein D / Salmonella outer protein D / protein secretion by the type III secretion system / host cell cytosol / host cell membrane / host cell plasma membrane / extracellular region / membrane / Secreted effector protein SopD
機能・相同性情報
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Shi, R. / Cygler, M. / Montreal-Kingston Bacterial Structural Genomics Initiative (BSGI)
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Canadian Institutes of Health Research (CIHR)GSP-48370 カナダ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Salmonella Disrupts Host Endocytic Trafficking by SopD2-Mediated Inhibition of Rab7.
著者: D'Costa, V.M. / Braun, V. / Landekic, M. / Shi, R. / Proteau, A. / McDonald, L. / Cygler, M. / Grinstein, S. / Brumell, J.H.
履歴
登録2015年7月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42024年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Secreted effector protein SopD
B: Secreted effector protein SopD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3762
ポリマ－72,3762
非ポリマー00
水1,964109
1
A: Secreted effector protein SopD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1881
ポリマ－36,1881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Secreted effector protein SopD


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,1881
ポリマ－36,1881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.525, 102.743, 76.018
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.530, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Secreted effector protein SopD / Salmonella outer protein D


分子量: 36188.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: sopD, STM2945 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P40722
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.15 %
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES pH 7, 20% PEG 6000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 37360 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 2.245 / Net I/av σ(I): 54.3 / Net I/σ(I): 17.4 / Num. measured all: 280209
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.15-2.237.60.52137611.218100
2.23-2.327.60.3937451.245100
2.32-2.427.70.25737581.249100
2.42-2.557.70.18337461.352100
2.55-2.717.70.12637781.475100
2.71-2.927.70.08637711.663100
2.92-3.217.70.07137562.358100
3.21-3.687.20.06537854.091100
3.68-4.636.90.05737664.8199.8
4.63-507.20.04534943.57290.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.15→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / WRfactor Rfree: 0.2555 / WRfactor Rwork: 0.2225 / FOM work R set: 0.8022 / SU B: 14.162 / SU ML: 0.162 / SU R Cruickshank DPI: 0.2405 / SU Rfree: 0.1916 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.192 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2434 1867 5 %RANDOM
Rwork0.2122 ---
obs0.2138 35455 98.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.81 Å2 / Biso mean: 55.801 Å2 / Biso min: 23.68 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.28 Å20 Å2-0.64 Å2
2---0.66 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4473 0 0 109 4582
Biso mean---42.27 -
残基数----561
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0224570
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9691.9476170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0465559
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.99725.024211
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.84215841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1221516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1410.2689
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0661.52801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97524526
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.23931769
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.8954.51643
LS精密化 シェル解像度: 2.15→2.199 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.355 141 -
Rwork0.267 2540 -
all-2681 -
obs--96.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.21910.0510.76420.03940.28134.0185-0.08970.0488-0.02530.00660.0514-0.02880.07360.07250.03820.1726-0.07490.01970.1461-0.05670.1153-0.3110.239713.4473
20.4098-0.1436-0.43432.98312.18212.91240.0067-0.1273-0.10640.1470.0513-0.29360.31090.1097-0.0580.0547-0.0079-0.0230.06640.02650.1425-20.8586-16.409340.8077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A30 - 317
2X-RAY DIFFRACTION2B30 - 317

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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