[日本語] English
万見
- PDB-5cpa: REFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 1.54 ANGSTROMS... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cpa
タイトルREFINED CRYSTAL STRUCTURE OF CARBOXYPEPTIDASE A AT 1.54 ANGSTROMS RESOLUTION.
要素CARBOXYPEPTIDASE A
キーワードHYDROLASE (C-TERMINAL PEPTIDASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase A / leukotriene metabolic process / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A ...Carboxypeptidase A, carboxypeptidase domain / Carboxypeptidase, activation peptide / Metallocarboxypeptidase-like, propeptide / Carboxypeptidase activation peptide / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 2 signature. / Zinc carboxypeptidases, zinc-binding region 1 signature. / Zn_pept / Peptidase family M14 domain profile. / Zinc carboxypeptidase / Peptidase M14, carboxypeptidase A / Zn peptidases / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Carboxypeptidase A1
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 1.54 Å
データ登録者Lipscomb, W.N.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1983
タイトル: Refined crystal structure of carboxypeptidase A at 1.54 A resolution.
著者: Rees, D.C. / Lewis, M. / Lipscomb, W.N.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1983
タイトル: Crystallographic Studies on Apocarboxypeptidase a and the Complex with Glycyl-L-Tyrosine
著者: Rees, D.C. / Lipscomb, W.N.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Binding of Ligands to the Active Site of Carboxypeptidase A
著者: Rees, D.C. / Lipscomb, W.N.
#3: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1981
タイトル: Zinc Environment and Cis Peptide Bonds in Carboxypeptidase a at 1.75-Angstroms Resolution
著者: Rees, D.C. / Lewis, M. / Honzatko, R.B. / Lipscomb, W.N. / Hardman, K.D.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1980
タイトル: Carboxypeptidase a Mechanisms
著者: Lipscomb, W.N.
#5: ジャーナル: Adv.Protein Chem. / 年: 1971
タイトル: Carboxypeptidase A,A Protein and an Enzyme
著者: Quiocho, F.A. / Lipscomb, W.N.
#6: ジャーナル: Acc.Chem.Res. / 年: 1970
タイトル: Structure and Mechanism in the Enzymatic Activity of Carboxypeptidase a and Relations to Chemical Sequence
著者: Lipscomb, W.N.
#7: ジャーナル: Brookhaven Symposia in Biology / 年: 1969
タイトル: The Structure of Carboxypeptidase A, Vii.The 2.0-Angstroms Resolution Studies of the Enzyme and of its Complex with Glycyltyrosine,and Mechanistic Deductions
著者: Lipscomb, W.N. / Hartsuck, J.A. / Reekejunior, G.N. / Quiocho, F.A. / Bethge, P.H. / Ludwig, M.L. / Steitz, T.A. / Muirhead, H. / Coppola, J.C.
#8: ジャーナル: Atlas of Protein Sequence and Structure (Data Section)
年: 1972
履歴
登録1982年5月6日処理サイト: BNL
改定 1.01982年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_PDB_ins_code / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr2_PDB_ins_code / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: CARBOXYPEPTIDASE A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5082
ポリマ－34,4421
非ポリマー651
水5,675315
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)51.600, 60.270, 47.250
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Atom site foot note1: SEE REMARK 4.
2: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XB,YB,ZB) = (-XA,YA+30.135,-ZA) (XB,YB,ZB) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *B*. (XA,YA,ZA) ARE ...2: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XB,YB,ZB) = (-XA,YA+30.135,-ZA) (XB,YB,ZB) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *B*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
3: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XC,YC,ZC) = (-XA+5.979,YA+30.135,-ZA-46.870) (XC,YC,ZC) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *C*. ...3: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XC,YC,ZC) = (-XA+5.979,YA+30.135,-ZA-46.870) (XC,YC,ZC) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *C*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
4: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XD,YD,ZD) = (-XA,YA-30.135,-ZA) (XD,YD,ZD) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *D*. (XA,YA,ZA) ARE ...4: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XD,YD,ZD) = (-XA,YA-30.135,-ZA) (XD,YD,ZD) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *D*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
5: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XE,YE,ZE) = (XA+51.61,YA,ZA) (XE,YE,ZE) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *E*. (XA,YA,ZA) ARE THE ...5: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XE,YE,ZE) = (XA+51.61,YA,ZA) (XE,YE,ZE) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *E*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
6: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XF,YF,ZF) = (-XA-51.61,YA+30.135,-ZA) (XF,YF,ZF) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *F*. (XA,YA,ZA) ...6: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XF,YF,ZF) = (-XA-51.61,YA+30.135,-ZA) (XF,YF,ZF) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *F*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
7: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XG,YG,ZG) = (XA-5.979,YA,ZA+46.870) (XG,YG,ZG) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *G*. (XA,YA,ZA) ...7: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XG,YG,ZG) = (XA-5.979,YA,ZA+46.870) (XG,YG,ZG) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *G*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
8: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XH,YH,ZH) = (-XA-51.61,YA-30.135,-ZA) (XH,YH,ZH) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *H*. (XA,YA,ZA) ...8: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XH,YH,ZH) = (-XA-51.61,YA-30.135,-ZA) (XH,YH,ZH) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *H*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
9: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XI,YI,ZI) = (-XA-45.631,YA+30.135,-ZA-46.870) (XI,YI,ZI) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *I*. ...9: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XI,YI,ZI) = (-XA-45.631,YA+30.135,-ZA-46.870) (XI,YI,ZI) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *I*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
10: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XJ,YJ,ZJ) = (-XA-45.631,YA-30.135,-ZA-46.870) (XJ,YJ,ZJ) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *J*. ...10: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XJ,YJ,ZJ) = (-XA-45.631,YA-30.135,-ZA-46.870) (XJ,YJ,ZJ) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *J*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
11: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XK,YK,ZK) = (XA-51.61,YA,ZA) (XK,YK,ZK) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *K*. (XA,YA,ZA) ARE THE ...11: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XK,YK,ZK) = (XA-51.61,YA,ZA) (XK,YK,ZK) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *K*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.
12: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XL,YL,ZL) = (XA+5.979,YA,ZA-46.870) (XL,YL,ZL) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *L*. (XA,YA,ZA) ...12: SEE REMARK 7. COORDINATES FOR THIS ATOM WERE SYMMETRY GENERATED USING THE OPERATION, (XL,YL,ZL) = (XA+5.979,YA,ZA-46.870) (XL,YL,ZL) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *L*. (XA,YA,ZA) ARE THE COORDINATES OF ATOMS WITH INSERT CODE *A*.

-
要素

#1: タンパク質 CARBOXYPEPTIDASE A


分子量: 34442.461 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00730, carboxypeptidase A
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 315 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.85 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.5 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 M11LiCl
220 mMTris-HCl11

-
データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 1.54 Å / Num. obs: 32080

-
解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化最高解像度: 1.54 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 1.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2437 0 1 315 2753
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.19
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.025
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.6
X-RAY DIFFRACTIONo_plane_restr0.0380.055
X-RAY DIFFRACTIONo_chiral_restr0.2630.15

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る