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- PDB-5cod: Bovine heart complex I membrane domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cod
タイトルBovine heart complex I membrane domain
要素
  • (NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ...) x 2
  • (Unknown structure) x 11
  • SDAP
キーワードOXIDOREDUCTASE / Animals / Cattle / Electron Transport Complex I / Mitochondria / Heart / Models / Molecular / Protein Structure / Tertiary / Protein Subunits
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 6.74 Å
データ登録者Zhu, J. / Hirst, J. / King, M.S. / Yu, M. / Leslie, A.G.W. / Klipcan, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2015
タイトル: Structure of subcomplex I beta of mammalian respiratory complex I leads to new supernumerary subunit assignments.
著者: Zhu, J. / King, M.S. / Yu, M. / Klipcan, L. / Leslie, A.G. / Hirst, J.
履歴
登録2015年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L1: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)894,124114
ポリマ－894,124114
非ポリマー00
水00
1
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,02119
ポリマ－149,02119
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,02119
ポリマ－149,02119
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
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3
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分子量 (理論値)分子数
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分子量 (理論値)分子数
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タイプ名称対称操作数
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5
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分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,02119
ポリマ－149,02119
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
L6: NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5
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BF: Unknown structure


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,02119
ポリマ－149,02119
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)244.832, 251.414, 412.034
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
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117
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NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: UNK / Beg label comp-ID: UNK / End auth comp-ID: UNK / End label comp-ID: UNK

Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
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241444chain 'j6'j6XC3 - 273 - 27
251454chain 'k1'k1H3 - 273 - 27
261464chain 'k2'k2AA3 - 273 - 27
271474chain 'k3'k3TA3 - 273 - 27
281484chain 'k4'k4MB3 - 273 - 27
291494chain 'k5'k5FC3 - 273 - 27
301504chain 'k6'k6YC3 - 273 - 27
311514chain 'p1'p1M3 - 273 - 27
321524chain 'p2'p2FA3 - 273 - 27
331534chain 'p3'p3YA3 - 273 - 27
341544chain 'p4'p4RB3 - 273 - 27
351554chain 'p5'p5KC3 - 273 - 27
361564chain 'p6'p6DD3 - 273 - 27
371574chain 's1's1N3 - 273 - 27
381584chain 's2's2GA3 - 273 - 27
391594chain 's3's3ZA3 - 273 - 27
401604chain 's4's4SB3 - 273 - 27
411614chain 's5's5LC3 - 273 - 27
421624chain 's6's6ED3 - 273 - 27
431634chain 'v1'v1Q7 - 317 - 31
441644chain 'v2'v2JA7 - 317 - 31
451654chain 'v3'v3CB7 - 317 - 31
461664chain 'v4'v4VB7 - 317 - 31
471674chain 'v5'v5OC7 - 317 - 31
481684chain 'v6'v6HD7 - 317 - 31
491694chain 'w1'w1R2 - 262 - 26
501704chain 'w2'w2KA2 - 262 - 26
511714chain 'w3'w3DB2 - 262 - 26
521724chain 'w4'w4WB2 - 262 - 26
531734chain 'w5'w5PC2 - 262 - 26
541744chain 'w6'w6ID2 - 262 - 26
11755chain 'g1'g1D3 - 213 - 21
21765chain 'g2'g2W3 - 213 - 21
31775chain 'g3'g3PA3 - 213 - 21
41785chain 'g4'g4IB3 - 213 - 21
51795chain 'g5'g5BC3 - 213 - 21
61805chain 'g6'g6UC3 - 213 - 21
71815chain 'o1'o1L2 - 202 - 20
81825chain 'o2'o2EA2 - 202 - 20
91835chain 'o3'o3XA2 - 202 - 20
101845chain 'o4'o4QB2 - 202 - 20
111855chain 'o5'o5JC2 - 202 - 20
121865chain 'o6'o6CD2 - 202 - 20
11876chain 'l1'l1I12 - 231 - 12
21886chain 'l2'l2BA12 - 231 - 12
31896chain 'l3'l3UA12 - 231 - 12
41906chain 'l4'l4NB12 - 231 - 12
51916chain 'l5'l5GC12 - 231 - 12
61926chain 'l6'l6ZC12 - 231 - 12
71936chain 'u1'u1P3 - 143 - 14
81946chain 'u2'u2IA3 - 143 - 14
91956chain 'u3'u3BB3 - 143 - 14
101966chain 'u4'u4UB3 - 143 - 14
111976chain 'u5'u5NC3 - 143 - 14
121986chain 'u6'u6GD3 - 143 - 14
11997chain 'n1'n1K4 - 584 - 58
22007chain 'n2'n2DA4 - 584 - 58
32017chain 'n3'n3WA4 - 584 - 58
42027chain 'n4'n4PB4 - 584 - 58
52037chain 'n5'n5IC4 - 584 - 58
62047chain 'n6'n6BD4 - 584 - 58
72057chain 't1't1O2 - 562 - 56
82067chain 't2't2HA2 - 562 - 56
92077chain 't3't3AB2 - 562 - 56
102087chain 't4't4TB2 - 562 - 56
112097chain 't5't5MC2 - 562 - 56
122107chain 't6't6FD2 - 562 - 56

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6
7

-
要素

-
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain ... , 2種, 12分子 L1L2L3L4L5L6M1M2M3M4M5M6

#1: タンパク質
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 5 / ND5 of bovine complex I


分子量: 51591.719 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#2: タンパク質
NADH-ubiquinone oxidoreductase chain 4 / ND4 of bovine complex I


分子量: 39081.152 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)

-
タンパク質・ペプチド , 8種, 78分子 f1h1i1f2h2i2f3h3i3f4h4i4f5h5i5f6h6i6g1g2g3g4g5g6j1k1p1s1j2k2...

#3: タンパク質・ペプチド
Unknown structure


分子量: 2571.161 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#4: タンパク質・ペプチド
Unknown structure


分子量: 1890.321 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#5: タンパク質・ペプチド ...
Unknown structure


分子量: 2400.951 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#6: タンパク質・ペプチド
Unknown structure


分子量: 1124.378 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#9: タンパク質・ペプチド
Unknown structure


分子量: 1805.216 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#11: タンパク質・ペプチド
Unknown structure


分子量: 1294.587 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#12: タンパク質・ペプチド
Unknown structure


分子量: 2741.370 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#13: タンパク質・ペプチド
Unknown structure


分子量: 2315.846 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)

-
タンパク質 , 4種, 24分子 U1U2U3U4U5U6n1n2n3n4n5n6t1t2t3t4t5t6BABBBCBDBEBF

#7: タンパク質
SDAP


分子量: 7507.245 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#8: タンパク質
Unknown structure


分子量: 5039.203 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#10: タンパク質
Unknown structure


分子量: 4868.993 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)
#14: タンパク質
Unknown structure


分子量: 12443.330 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ)

-
詳細

Has protein modificationN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Tris-HCl, magnesium chloride, sodium chloride, PEG 3350, n-Dodecyl beta-D-maltoside

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 6.74→49.4 Å / Num. obs: 44280 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 495.710145503 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 6.8→7.2 Å / Rmerge(I) obs: 1.27

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
MOSFLMデータ削減
PHENIX1.9_1692精密化
Cootモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4uq8

4uq8


解像度: 6.74→41.6873198321 Å / SU ML: 1.73175135834 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3388412943 / 位相誤差: 49.9623021003
Rfactor反射数%反射
Rfree0.434647338379 2222 5.03409683047 %
Rwork0.424796773066 41917 -
obs0.425205947788 44139 97.1582654634 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 100 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 6.74→41.6873198321 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数48030 0 0 0 48030
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011729072265947838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.1766345570466666
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1124141969959606
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009454059401339414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.879876933959414
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
6.7387-6.88460.4765913053211300.4541908537492320X-RAY DIFFRACTION87.3751783167
6.8846-7.0440.4409014674231400.4529147302782625X-RAY DIFFRACTION99.353215954
7.044-7.21930.478487780711380.4408705188312663X-RAY DIFFRACTION99.0102509721
7.2193-7.41340.4328250305631380.4429524024622632X-RAY DIFFRACTION99.0701001431
7.4134-7.63030.4705688845181430.4541199650822654X-RAY DIFFRACTION98.8688582538
7.6303-7.8750.4363499093791370.4667652353032615X-RAY DIFFRACTION98.9928057554
7.875-8.15450.407108040751370.4341636001822634X-RAY DIFFRACTION98.506932101
8.1545-8.47830.4133200537541310.4049025767992640X-RAY DIFFRACTION98.4019886364
8.4783-8.86070.3795458041841450.3937692019032630X-RAY DIFFRACTION98.6140724947
8.8607-9.32290.4007843984241420.3870703478162663X-RAY DIFFRACTION98.872047938
9.3229-9.89970.3565942829061440.3539872336762642X-RAY DIFFRACTION98.7593052109
9.8997-10.65230.3251682934631370.3416300606392695X-RAY DIFFRACTION98.7447698745
10.6523-11.70270.4176303307561440.3609966786282645X-RAY DIFFRACTION97.7910238429
11.7027-13.34720.4193036965431400.3959811405612651X-RAY DIFFRACTION97.1796657382
13.3472-16.63630.4897821761141450.4501080645972718X-RAY DIFFRACTION98.4525447043
16.6363-41.68810.5264388870461310.523674890132490X-RAY DIFFRACTION87.1632856668

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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