PDB-5cob: Crystal structure of iridoid synthase in complex with NADP+ and 8...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cob

タイトル

Crystal structure of iridoid synthase in complex with NADP+ and 8-oxogeranial at 2.65-angstrom resolution

要素

Iridoid synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SDR / P5bR / Rossmann fold / 1-4 addition

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-8-oxocitronellyl enol synthase / monoterpenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Catharanthus roseus (ニチニチカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.65 Å

データ登録者

Qin, L. / Zhu, Y. / Ding, Z. / Zhang, X. / Ye, S. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of iridoid synthase in complex with NADP(+)/8-oxogeranial reveals the structural basis of its substrate specificity.
著者: Qin, L. / Zhu, Y. / Ding, Z. / Zhang, X. / Ye, S. / Zhang, R.

履歴

登録	2015年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2024年3月20日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cob.cif.gz	592.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cob.ent.gz	494.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5cob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5cob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5coaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dbi-1 5dbf-1 5df1-1 3a1k-2 3a2q-2 5dcu-2 5coa-d 4j6b-3 4jbt-3 4j6d-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Iridoid synthase

B: Iridoid synthase

C: Iridoid synthase

D: Iridoid synthase

ヘテロ分子

169 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Iridoid synthase

B: Iridoid synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
84.6 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Iridoid synthase

D: Iridoid synthase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
84.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.988, 171.914, 66.032
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 89.72, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Iridoid synthase 分子量: 41214.305 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 26-388 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7WDL7, EC: 1.3.1.99
#2: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#3: 化合物	ChemComp-XOG / (2E,6E)-2,6-dimethylocta-2,6-dienedial / 8-oxogeranial / 10-オキソゲラニア-ル分子量: 166.217 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄O₂
#4: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.98 M ammonium sulfate, 1% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.65→36.137 Å / Num. obs: 43695 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.65→2.71 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.266 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.65→36.137 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.75 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	2112	5.03 %
R_work	0.1944	-	-
obs	0.1971	42018	98.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.65→36.137 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11580	0	292	187	12059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12180
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.827	16536
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.428	4472
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	2064

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.65-2.7116	0.3587	153	0.25	2609	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7116-2.7794	0.3617	128	0.253	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7794-2.8545	0.3049	152	0.2407	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8545-2.9385	0.3273	132	0.2544	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9385-3.0333	0.3073	142	0.2431	2656	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0333-3.1416	0.2663	120	0.2327	2672	X-RAY DIFFRACTION	97
3.1416-3.2674	0.3083	124	0.2211	2564	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2674-3.416	0.2853	138	0.2056	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.416-3.5959	0.2376	168	0.1901	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5959-3.821	0.2223	117	0.1882	2672	X-RAY DIFFRACTION	99
3.821-4.1156	0.2033	136	0.1712	2736	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1156-4.5291	0.2192	146	0.167	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5291-5.1828	0.1985	154	0.1611	2645	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1828-6.5235	0.2185	147	0.1905	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
6.5235-36.1407	0.2272	155	0.1769	2677	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.2818	-0.4379	-0.0263	1.2098	0.4893	0.6965	-0.1908	-0.3282	-0.5922	0.2833	0.1011	-0.0637	0.114	-0.0563	0.0761	0.3908	0.0046	-0.0007	0.338	0.1609	0.4261	-6.6346	-19.0287	24.1115
2	6.1182	-4.0281	-2.9027	6.7183	-2.8447	8.3532	-0.061	0.7878	-0.4351	-0.5101	0.2212	1.4744	1.1407	-1.1001	-0.163	0.6307	-0.1205	-0.0996	0.3986	-0.0021	0.6756	-20.1028	-1.0543	6.7349
3	1.1978	-0.0477	-0.4794	1.6787	0.0784	2.4163	-0.1744	0.093	-0.3524	-0.1953	0.0519	0.0092	0.3066	-0.1038	0.1209	0.342	-0.0428	0.0334	0.295	0.042	0.4878	-5.5313	-16.2083	3.0711
4	2.7775	-1.7562	0.5467	2.8431	-1.5486	3.7853	-0.3646	-0.5226	0.2282	0.3826	0.1268	-0.5851	-0.7772	0.0803	0.3339	0.7219	-0.1329	-0.0384	0.3545	-0.0145	0.2967	23.5601	19.0365	0.8578
5	0.8727	-0.1492	0.6256	1.9395	0.1319	2.8529	0.0343	0.1421	0.1392	-0.124	0.1025	-0.2598	-0.4561	0.3206	-0.1124	0.4639	-0.1152	0.0078	0.3791	0.0099	0.3055	24.1585	18.6964	-8.3828
6	7.3988	2.2329	-2.5396	6.6191	3.7659	4.3279	-0.0895	1.2752	0.6407	-1.6367	0.2489	0.3516	-0.1961	-1.0594	-0.0185	0.7931	0.0178	-0.0962	0.5827	0.0982	0.5053	6.4758	0.7703	-20.1198
7	2.2965	-0.1654	-0.4033	1.6318	-0.0522	1.6692	0.0813	0.0941	0.3189	-0.0394	0.1147	0.179	-0.4369	-0.0997	-0.1874	0.5385	-0.0452	0.0354	0.289	0.0539	0.3275	3.0335	15.9332	-5.556
8	4.355	-2.5326	1.5066	4.1999	1.363	3.3875	0.1624	-0.6103	-0.565	0.3081	0.2536	0.3133	0.1953	-0.0789	-0.3236	0.7822	-0.1379	-0.0026	0.3107	0.074	0.277	9.7819	23.6731	33.9164
9	2.1544	-0.1274	-0.6955	2.8649	-0.7891	1.1827	0.0739	0.1501	-0.1793	-0.0659	-0.0439	0.1879	0.3831	-0.2079	-0.0392	0.6216	-0.1414	-0.0166	0.3519	-0.0269	0.2406	9.1572	23.9963	24.694
10	8.7806	1.7543	4.8494	4.1022	-1.2445	4.3216	0.1502	1.112	-0.7359	-1.0876	0.3687	-0.5126	0.5561	0.7464	-0.3964	0.9146	-0.0022	0.08	0.3736	-0.0778	0.702	26.5671	41.8814	12.8264
11	2.4474	-0.2163	0.6452	1.34	0.0146	1.2536	0.0234	0.1458	-0.378	-0.0203	0.0905	-0.2007	0.2944	0.0671	-0.1103	0.6479	-0.0454	-0.002	0.3027	-0.0325	0.3464	30.3253	26.7693	27.2917
12	5.5863	1.2719	-1.1442	4.4475	-2.1678	4.7139	-0.1977	0.1135	0.0803	0.4136	0.2726	0.5063	-0.2861	-0.6607	-0.1123	0.2852	0.0232	0.026	0.3466	-0.1316	0.6675	29.9153	61.0253	56.2161
13	1.7203	0.0287	-0.1674	2.3807	-0.1165	1.2788	-0.0289	-0.3548	0.3403	0.0332	0.0656	-0.2029	-0.2225	0.1648	-0.0014	0.2933	0.0133	-0.0317	0.3787	-0.147	0.4287	43.2517	61.9959	57.111
14	6.0506	-2.1773	5.718	5.5953	2.1893	9.1504	-0.5634	0.9867	0.6569	-0.6137	0.4133	-1.7322	-0.9731	1.3781	0.031	0.7034	-0.123	0.1223	0.4202	-0.0183	0.7872	53.4744	43.7878	39.7224
15	1.5474	-0.2904	0.7093	1.6929	-0.6264	2.8978	-0.1218	0.065	0.249	-0.2885	0.0625	-0.0516	-0.4153	0.0997	0.066	0.3724	-0.0489	0.0009	0.3	-0.056	0.4831	38.909	58.9093	35.8371

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 148 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 149 through 176 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 177 through 388 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 24 through 48 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 49 through 148 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 149 through 176 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 177 through 388 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 24 through 48 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 49 through 148 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 149 through 176 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 177 through 388 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 24 through 58 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 59 through 148 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 149 through 176 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 177 through 388 )

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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