PDB-5coa: Crystal structure of iridoid synthase at 2.2-angstrom resolution

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5coa

タイトル

Crystal structure of iridoid synthase at 2.2-angstrom resolution

要素

Iridoid synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / SDR / P5bR / Rossmann fold / 1-4 addition

機能・相同性

機能・相同性情報

(S)-8-oxocitronellyl enol synthase / monoterpenoid biosynthetic process / oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, NAD or NADP as acceptor / protein homodimerization activity / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Catharanthus roseus (ニチニチカ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Qin, L. / Zhu, Y. / Ding, Z. / Zhang, X. / Ye, S. / Zhang, R.

引用

ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structure of iridoid synthase in complex with NADP(+)/8-oxogeranial reveals the structural basis of its substrate specificity.
著者: Qin, L. / Zhu, Y. / Ding, Z. / Zhang, X. / Ye, S. / Zhang, R.

履歴

登録	2015年7月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年3月30日	Group: Database references
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5coa.cif.gz	306.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5coa.ent.gz	247 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5coa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5coa_validation.pdf.gz	684.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5coa_full_validation.pdf.gz	690.6 KB	表示
XML形式データ	5coa_validation.xml.gz	31.1 KB	表示
CIF形式データ	5coa_validation.cif.gz	45 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5coa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5coa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cobC 2v6gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5dcw-1 4ra5-d 6gu3-d 1wmi-2 6edr-d 5cob-1 2gak-d 6gu2-d 5its-d 5cm9-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Iridoid synthase

B: Iridoid synthase

ヘテロ分子

83.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.290, 160.290, 85.576
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Iridoid synthase 分子量: 41214.305 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 26-388 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: K7WDL7, EC: 1.3.1.99
#2: 化合物	ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₆O₇ / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 434 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.11 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M HEPES pH 7.5, 1.98 M ammonium sulfate, 1% PEG 400

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97852 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年12月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97852 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→38.9 Å / Num. obs: 56895 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 7
反射シェル	解像度: 2.2→2.24 Å / 冗長度: 9.3 % / R_merge(I) obs: 0.67 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.2_1309	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2V6G

2v6g

解像度: 2.2→38.9 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.63 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2067	2879	5.07 %
R_work	0.1746	-	-
obs	0.1763	56809	99.32 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→38.9 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5658	0	39	434	6131

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	5846
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.923	7933
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.178	2126
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	869
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	999

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1968-2.2328	0.2549	119	0.2176	2520	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2328-2.2713	0.2857	140	0.203	2526	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2713-2.3126	0.2349	133	0.1957	2531	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3126-2.3571	0.2387	142	0.1915	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3571-2.4052	0.2377	136	0.1869	2530	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4052-2.4575	0.2412	137	0.1846	2538	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4575-2.5147	0.2115	131	0.1811	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5147-2.5775	0.2348	136	0.1776	2546	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5775-2.6472	0.2175	134	0.1827	2537	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6472-2.7251	0.2346	151	0.1814	2553	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7251-2.813	0.2183	128	0.1807	2504	X-RAY DIFFRACTION	97
2.813-2.9135	0.236	129	0.1864	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9135-3.0301	0.2206	134	0.181	2584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0301-3.168	0.2265	116	0.1781	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
3.168-3.3349	0.1862	140	0.1724	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3349-3.5437	0.1796	147	0.1624	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5437-3.8171	0.1786	163	0.1549	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8171-4.2008	0.1719	136	0.1565	2520	X-RAY DIFFRACTION	96
4.2008-4.8078	0.1973	126	0.1493	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8078-6.0536	0.2101	142	0.1819	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
6.0536-10	0.2029	159	0.1894	2711	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.4003	0.3892	-0.0747	2.2091	0.5493	4.2563	0.0238	0.3531	-0.0006	-0.2217	0.0851	-0.255	-0.3106	0.3519	-0.121	0.2528	-0.0627	0.0163	0.1853	0.0112	0.202	33.0314	59.0091	37.7467
2	2.3651	0.6042	-0.2812	2.2988	0.6738	2.4014	-0.0153	-0.1193	-0.2567	0.1328	-0.0553	-0.1144	0.011	0.101	0.0907	0.2043	0.0405	0.0343	0.1871	0.0113	0.1812	24.6529	46.7373	47.8128
3	1.1076	-0.4479	-0.6182	1.8805	1.1937	2.2898	0.0181	0.1682	-0.123	-0.1207	-0.1378	-0.0315	-0.0182	-0.1554	0.1286	0.1464	0.0234	0.0337	0.1792	0.0076	0.1742	19.4742	39.123	27.9749
4	2.835	-0.7502	-0.5518	1.656	-0.1421	0.831	-0.0332	0.5509	-0.5289	-0.0565	-0.0956	0.4648	0.109	-0.3924	0.1011	0.208	-0.0242	-0.0067	0.5527	-0.1505	0.3291	-20.3913	45.3228	37.8045
5	1.2846	-0.1677	-0.399	1.44	-1.0145	2.331	-0.1477	0.0586	-0.3065	0.1214	-0.0124	0.0679	0.157	-0.2723	0.1485	0.2058	-0.045	0.0832	0.2397	-0.0657	0.2582	-5.4989	34.9984	52.0721

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 27 through 129 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 130 through 214 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 215 through 387 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 27 through 214 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 215 through 387 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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