PDB-5co7: E. coli MazF form III

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5co7

タイトル

E. coli MazF form III

要素

Endoribonuclease MazF

キーワード

HYDROLASE / Toxin-Antitoxin / mRNA interferase / ribonuclease / persistence / bacterial stress response

機能・相同性

機能・相同性情報

toxin-antitoxin complex / quorum sensing / rRNA catabolic process / single-species biofilm formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / regulation of growth / positive regulation of programmed cell death / mRNA catabolic process / RNA endonuclease activity / molecular function activator activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.489 Å

データ登録者

Zorzini, V. / Loris, R.

資金援助

ベルギー, 2件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2016
タイトル: Substrate Recognition and Activity Regulation of the Escherichia coli mRNA Endonuclease MazF.
著者: Zorzini, V. / Mernik, A. / Lah, J. / Sterckx, Y.G. / De Jonge, N. / Garcia-Pino, A. / De Greve, H. / Versees, W. / Loris, R.

履歴

登録	2015年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年4月13日	Group: Database references
改定 1.2	2016年6月8日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5co7.cif.gz	240.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5co7.ent.gz	198.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5co7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5co7_validation.pdf.gz	474 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5co7_full_validation.pdf.gz	500.5 KB	表示
XML形式データ	5co7_validation.xml.gz	25.9 KB	表示
CIF形式データ	5co7_validation.cif.gz	34.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5co7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/co/5co7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ck9C 5ckbC 5ckdC 5ckeC 5ckfC 5ckhC 5cqxC 5cqyC 5cr2C 1ub4S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4f0e-1 2qjs-5 4mwo-d 2q04-1 1c81-d 5ckf-d 3ber-d 2q04-5 1jh6-1 5una-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

C: Endoribonuclease MazF

D: Endoribonuclease MazF

E: Endoribonuclease MazF

F: Endoribonuclease MazF

77.6 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Endoribonuclease MazF

B: Endoribonuclease MazF

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Endoribonuclease MazF

D: Endoribonuclease MazF

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
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3

E: Endoribonuclease MazF

F: Endoribonuclease MazF

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
25.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	129.050, 129.050, 299.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: タンパク質	Endoribonuclease MazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF 分子量: 12940.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mazF, chpA, chpAK, b2782, JW2753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P0AE70, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

#1: タンパク質

Endoribonuclease MazF / Toxin MazF / mRNA interferase MazF

分子量: 12940.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mazF, chpA, chpAK, b2782, JW2753 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0AE70, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M Imidazole pH 6.5, 1M Sodium Acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.98011 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.49→50.02 Å / Num. obs: 32860 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 14.6 % / R_sym value: 0.15 / Net I/σ(I): 12.85
反射シェル	解像度: 3.49→3.7 Å / 冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 1.22 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.7.1_743	精密化
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1UB4

1ub4

解像度: 3.489→50.02 Å / SU ML: 0.97 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 29.56 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3214	1641	5 %
R_work	0.276	-	-
obs	0.2783	32839	99.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 139.151 Å² / k_sol: 0.358 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	5.8996 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	5.8996 Å²	0 Å²
3-	-	-	-11.7993 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.489→50.02 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4445	0	0	0	4445

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	4579
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.454	6247
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.625	1564
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.091	731
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	799

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.489-3.5917	0.327	125	0.2953	2392	X-RAY DIFFRACTION	93
3.5917-3.7076	0.3444	135	0.2754	2558	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7076-3.84	0.3284	134	0.2624	2543	X-RAY DIFFRACTION	100
3.84-3.9937	0.3213	135	0.2502	2567	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9937-4.1754	0.2924	137	0.2549	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1754-4.3954	0.2821	135	0.2345	2563	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3954-4.6706	0.2533	137	0.2244	2610	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6706-5.0309	0.2866	136	0.2438	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0309-5.5366	0.3171	138	0.2757	2625	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5366-6.3364	0.3216	138	0.294	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3364-7.978	0.3971	142	0.3064	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
7.978-50.0255	0.3453	149	0.3142	2832	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.8346	-0.3225	4.002	5.9763	-0.0673	5.9163	0.0422	0.0094	0.2143	-0.0081	-0.3583	-0.1734	-0.6257	-0.0589	0.3824	0.4757	-0.025	-0.1562	0.5992	0.0775	0.4154	9.2851	-30.0143	24.1338
2	4.2545	-0.7963	0.2174	6.2813	-2.303	7.0218	0.1474	0.438	-0.1539	0.1686	-0.15	-0.0812	-0.3522	0.505	0.0248	0.6326	0.0138	-0.1218	0.8999	0.1209	0.4356	22.2211	-42.9685	32.7268
3	5.636	-0.012	-1.4196	6.0038	-1.6658	3.5626	-0.1459	-0.0158	-0.1047	0.4172	-0.3317	-0.5089	-0.5257	0.0107	0.4582	0.9085	0.1039	-0.0574	0.3968	0.1554	0.6908	33.9413	-72.8909	62.3007
4	3.1262	-1.0146	0.6453	5.1408	-2.9972	5.3137	0.3056	0.5846	0.4027	0.5069	-0.2428	0.0785	-0.5935	0.0606	0.0549	1.2132	0.0383	-0.0418	0.5023	0.231	0.5257	26.4233	-55.5476	55.2669
5	3.9077	-1.4677	-1.9057	5.7172	2.3846	6.258	-0.0671	-0.072	-0.1441	0.2619	-0.1513	-0.1412	0.5495	-0.0326	0.2236	0.9905	0.0057	-0.0815	0.4019	-0.043	0.664	32.427	-12.249	83.0584
6	1.4789	-0.1203	-0.4842	4.2625	0.3258	1.3222	0.0549	0.1293	-0.3751	-0.6653	-0.0345	0.4121	0.1796	-0.1389	0.1855	0.7874	-0.0345	-0.2585	-0.0242	0.0298	0.8642	25.4719	-31.1586	81.2118

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	Chain 'A'
2	X-RAY DIFFRACTION	2	Chain 'B'
3	X-RAY DIFFRACTION	3	Chain 'C'
4	X-RAY DIFFRACTION	4	Chain 'D'
5	X-RAY DIFFRACTION	5	Chain 'E'
6	X-RAY DIFFRACTION	6	Chain 'F'

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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