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万見
- PDB-5co3: Crystal structure of a novel disulfide oxidoreductase from Deinoc... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5co3
タイトルCrystal structure of a novel disulfide oxidoreductase from Deinococcus radiodurans crystallized in presence of DTT
要素FrnE protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Disulfide oxidoreductase / Disulfide isomerase / FrnE
機能・相同性DSBA-like thioredoxin domain / DSBA-like thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / oxidoreductase activity / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / FrnE protein
機能・相同性情報
生物種Deinococcus radiodurans (放射線耐性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Bihani, S.C. / Panicker, L. / Kumar, V.
引用ジャーナル: Antioxid. Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: drFrnE Represents a Hitherto Unknown Class of Eubacterial Cytoplasmic Disulfide Oxido-Reductases.
著者: Bihani, S.C. / Panicker, L. / Rajpurohit, Y.S. / Misra, H.S. / Kumar, V.
履歴
登録2015年7月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年7月4日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.type / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年4月10日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: FrnE protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,5862
ポリマ－28,4941
非ポリマー921
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area260 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11910 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)47.729, 63.520, 86.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 FrnE protein


分子量: 28493.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans (strain ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422) (放射線耐性)
株: ATCC 13939 / DSM 20539 / JCM 16871 / LMG 4051 / NBRC 15346 / NCIMB 9279 / R1 / VKM B-1422
遺伝子: DR_0659 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9RWK7
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: PEG 8000, Glycerol, Sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→38.16 Å / Num. obs: 31826 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.034 / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 88.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSdata processing
Aimlessデータ削減
PHASER位相決定
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CNW

5cnw


解像度: 1.65→38.158 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.03 / 位相誤差: 25.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2149 1587 5.05 %
Rwork0.1861 29860 -
obs0.1876 31447 97.44 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.64 Å2 / Biso mean: 39.5825 Å2 / Biso min: 17.28 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→38.158 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1758 0 6 146 1910
Biso mean--43.26 41.57 -
残基数----229
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061838
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8672498
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.037268
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004333
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.113680
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 11

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.65-1.70330.32171270.24012486261391
1.7033-1.76410.29311520.25312697284998
1.7641-1.83480.24341340.225227282862100
1.8348-1.91830.30491470.26282687283498
1.9183-2.01940.27341450.23712680282598
2.0194-2.14590.26841540.22162692284698
2.1459-2.31160.22651700.20652643281397
2.3116-2.54420.2521360.19652776291299
2.5442-2.91220.21881400.19042771291199
2.9122-3.66860.21191390.16562826296599
3.6686-38.16770.15851430.15572874301796
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.23051.3938-1.00941.0362-0.32141.2085-0.1823-0.1618-0.51430.14680.09020.16940.2726-0.16560.0540.24930.00410.04480.20880.08530.34420.4957145.855104.6878
23.5428-1.2477-3.2221.01920.95772.9271-0.1507-0.9107-0.11020.22190.1164-0.01240.34980.1821-0.01530.36660.01460.04950.35250.12340.5469-3.6349142.4589112.488
30.87460.71810.32531.6024-1.21782.7753-0.30410.9333-0.84-0.3951-0.0371-0.32460.38290.29080.19580.37550.00980.15260.4963-0.11110.40618.3476147.421590.2904
45.05770.3096-0.90831.4765-0.09982.2129-0.017-0.3111-0.37760.12210.03020.0075-0.06370.1593-0.00520.1861-0.00240.01920.15610.04010.152114.019152.1663105.059
50.38420.0303-0.84130.7019-0.21012.1114-0.4480.5908-1.6062-0.11080.13810.00770.8098-0.5897-0.14340.4357-0.05540.0820.08650.11230.8190.1723136.4544103.447
60.9186-1.55640.0735.7342-2.53511.88920.03570.12760.41421.2461-0.25590.6984-0.65880.12460.15130.5430.0263-0.02040.401-0.04240.6782-22.0134119.9582119.4338
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 38 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 39 through 51 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 52 through 77 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 78 through 172 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 173 through 222 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 223 through 247 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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