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万見
- PDB-5cnq: Crystal structure of the Holliday junction-resolving enzyme GEN1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cnq
タイトルCrystal structure of the Holliday junction-resolving enzyme GEN1 (WT) in complex with product DNA, Mg2+ and Mn2+ ions
要素
  • DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
  • Nuclease-like protein
  • R
キーワードREPLICATION / GEN1 / 4-way Holiday junction / resolvase / DNA damage repair
機能・相同性
機能・相同性情報


crossover junction DNA endonuclease activity / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Yen1, H3TH domain / Holliday junction resolvase Gen1, C-terminal domain / Holliday junction resolvase Gen1 C-terminal domain / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region ...Yen1, H3TH domain / Holliday junction resolvase Gen1, C-terminal domain / Holliday junction resolvase Gen1 C-terminal domain / XPG/Rad2 endonuclease / XPG, N-terminal / XPG-I domain / XPG N-terminal domain / XPG I-region / Xeroderma pigmentosum G I-region / Xeroderma pigmentosum G N-region / 5'-3' exonuclease, C-terminal domain superfamily / PIN-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Nuclease-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.602 Å
データ登録者Liu, Y.J. / Freeman, A.D.J. / Declais, A.C. / Wilson, T.J. / Gartner, A. / Lilley, D.M.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Cancer Research UK 英国
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal Structure of a Eukaryotic GEN1 Resolving Enzyme Bound to DNA.
著者: Liu, Y. / Freeman, A.D. / Declais, A.C. / Wilson, T.J. / Gartner, A. / Lilley, D.M.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年12月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月13日Group: Database references
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease-like protein
R: R
H: DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5825
ポリマ－61,4723
非ポリマー1102
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3280 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area23100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.582, 98.582, 119.619
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Nuclease-like protein


分子量: 52012.102 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, UNP residues 2-465 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (菌類) / 遺伝子: CTHT_0007290 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0RYN2
#2: DNA鎖 R


分子量: 4748.097 Da / 分子数: 1 / 断片: R-stem / 由来タイプ: 合成 / 詳細: DNA oligo synthesis / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*GP*AP*GP*CP*GP*GP*TP*GP*GP*TP*TP*GP*GP*T)-3')


分子量: 4712.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 % / 解説: cube
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: PEG10000, NaCl, magnesium chloride / PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: LN protection
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.91376 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91376 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→49.291 Å / Num. obs: 21142 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): 1.9 / 冗長度: 19.8 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 15 % / Rmerge(I) obs: 0.567 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimlessデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX1.9-1692位相決定
iMOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5CO8

5co8


解像度: 2.602→49.291 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.07 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2523 1084 5.13 %Random selection
Rwork0.212 ---
obs0.214 21111 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.602→49.291 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3071 595 2 66 3734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0053805
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8745272
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.6921457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034584
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006580
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.602-2.72040.37381440.31332455X-RAY DIFFRACTION100
2.7204-2.86380.33741560.29322425X-RAY DIFFRACTION100
2.8638-3.04320.30971380.2652474X-RAY DIFFRACTION100
3.0432-3.27810.27911380.24412469X-RAY DIFFRACTION100
3.2781-3.60790.28631190.22142506X-RAY DIFFRACTION100
3.6079-4.12980.23711330.18312505X-RAY DIFFRACTION100
4.1298-5.20220.1761160.18182553X-RAY DIFFRACTION100
5.2022-49.29980.25481400.20792640X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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