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- PDB-5cnl: Crystal structure of an IcmL-like type IV secretion system protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cnl
タイトルCrystal structure of an IcmL-like type IV secretion system protein (lpg0120) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 at 2.65 A resolution
要素IcmL-like
キーワードPROTEIN TRANSPORT / type IV secretion system / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性Type-IV b secretion system, inner-membrane complex component / Type-IV b secretion system, inner-membrane complex component / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / IcmL-like
機能・相同性情報
生物種Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of an IcmL-like type IV secretion system protein (lpg0120) from Legionella pneumophila subsp. pneumophila str. Philadelphia 1 at 2.65 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation_author.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: IcmL-like
B: IcmL-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,04215
ポリマ－34,6112
非ポリマー1,43113
水41423
1
A: IcmL-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,29810
ポリマ－17,3051
非ポリマー9939
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: IcmL-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7445
ポリマ－17,3051
非ポリマー4384
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: IcmL-like
B: IcmL-like
ヘテロ分子

A: IcmL-like
B: IcmL-like
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,08430
ポリマ－69,2214
非ポリマー2,86326
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area9030 Å2
ΔGint-221 kcal/mol
Surface area27860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.381, 83.381, 221.829
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-207-

SO4

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要素

#1: タンパク質 IcmL-like


分子量: 17305.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila subsp. pneumophila (バクテリア)
株: Philadelphia 1 / ATCC 33152 / DSM 7513 / 遺伝子: lpg0120 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q5ZZ91
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THE CONSTRUCT (23-176) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (23-176) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.75 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.085M HEPES pH 7.5, 15% glycerol, 1.7% polyethylene glycol 400, 1.7M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.95369,0.9793,0.9791
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月25日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.953691
20.97931
30.97911
反射解像度: 2.65→29.018 Å / Num. all: 13863 / Num. obs: 13863 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 14.1 % / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.155 / Rsym value: 0.149 / Net I/av σ(I): 4.786 / Net I/σ(I): 14.6 / Num. measured all: 194866
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) allRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRrim(I) allRsym valueDiffraction-IDNet I/σ(I) obs% possible all
2.65-2.7214.51.3571.310.6144569950.3521.3571.3112.399
2.72-2.7914.41.1181.0790.7140449750.291.1181.0792.899
2.79-2.8714.51.0130.9780.8137249450.2621.0130.978399.2
2.87-2.9614.40.740.7151.1131539120.1920.740.7154.199.2
2.96-3.0614.50.5980.5781.3128328870.1550.5980.5785.199.2
3.06-3.1714.30.4660.451.7122788590.1220.4660.456.499
3.17-3.2914.30.3860.3732.1120438450.1010.3860.3737.699.6
3.29-3.4214.40.270.2613115228020.070.270.26110.699.4
3.42-3.5714.20.2030.1964110877810.0530.2030.19613.499.4
3.57-3.7514.30.1710.1654.6107237520.0450.1710.16515.899.3
3.75-3.9514.10.1350.135.8100797160.0360.1350.1319.599.4
3.95-4.1913.90.1070.1037.195456850.0280.1070.10323.399.4
4.19-4.4814.10.090.0868.389236340.0240.090.08628.199.4
4.48-4.8413.70.0750.0739.984516150.020.0750.0733199.6
4.84-5.313.70.0820.0798.676605590.0220.0820.07928.799.5
5.3-5.9313.60.0910.0888.269925140.0240.0910.08826.399.5
5.93-6.8413.40.0860.0838.661954630.0230.0860.08328.299.4
6.84-8.3812.70.0650.06210.351814090.0180.0650.06234.199.8
8.38-11.8512.10.0490.04711.839283250.0140.0490.04741.899.7
11.85-29.01810.80.0430.04114.320501900.0130.0430.04136.893

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.20データスケーリング
SHARP位相決定
SHELX位相決定
BUSTER2.10.2精密化
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.65→29.018 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9464 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9328 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. CONDITIONS. 3. PEG AND SO4 MODELED WERE PRESENT IN CRYO CONDITION. 4. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 5. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED USING BUSTER'S LSSR RESTRAINT REPRESENTATION (-AUTONCS).
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2194 690 4.98 %RANDOM
Rwork0.1917 ---
obs0.193 13863 98.89 %-
原子変位パラメータBiso max: 180.13 Å2 / Biso mean: 69.9986 Å2 / Biso min: 34.91 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.5014 Å20 Å20 Å2
2---0.5014 Å20 Å2
3---1.0027 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.401 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.65→29.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2180 0 84 23 2287
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1026SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes57HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes314HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2311HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion297SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2691SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2311HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3142HARMONIC21.15
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.17
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.97
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.86 Å / Total num. of bins used: 7
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2056 148 5.32 %
Rwork0.2216 2635 -
all0.2206 2783 -
obs--98.89 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.15821.1016-0.12852.27170.17162.20330.19160.15360.20880.04550.0983-0.2019-0.1244-0.2495-0.2898-0.0005-0.10110.0054-0.09330.1637-0.09132.035711.472914.9664
21.25530.1324-0.42554.1793-2.02653.2891-0.0319-0.00530.30160.27210.38770.5661-0.4006-0.3946-0.3557-0.0981-0.06170.0957-0.10240.1381-0.097914.68288.028631.7039
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{A|0 - 160}A0 - 160
2X-RAY DIFFRACTION2{B|23 - 161}B23 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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