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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5cng | ||||||
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タイトル | ultrafast dynamics in myoglobin: 150 ps time delay | ||||||
![]() | Myoglobin | ||||||
![]() | OXYGEN STORAGE / serial femtosecond crystallography / free-electron laser / time-resolved crystallography / carbon monoxide / protein dynamics | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding ...nitrite reductase activity / 酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / oxygen binding / peroxidase activity / heme binding / extracellular exosome / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Barends, T.R.M. / Foucar, L. / Ardevol, A. / Nass, K. / Aquila, A. / Botha, S. / Doak, R.B. / Falahati, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. ...Barends, T.R.M. / Foucar, L. / Ardevol, A. / Nass, K. / Aquila, A. / Botha, S. / Doak, R.B. / Falahati, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Heinz, M. / Hoffmann, M. / Koefinger, J. / Koglin, J. / Kovacsova, G. / Liang, M. / Milathianaki, D. / Lemke, H.T. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Shoeman, R.L. / Williams, G.J. / Burghardt, I. / Hummer, G. / Boutet, S. / Schlichting, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Direct observation of ultrafast collective motions in CO myoglobin upon ligand dissociation. 著者: Barends, T.R. / Foucar, L. / Ardevol, A. / Nass, K. / Aquila, A. / Botha, S. / Doak, R.B. / Falahati, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Heinz, M. / Hoffmann, M.C. / Kofinger, J. / Koglin, J.E. ...著者: Barends, T.R. / Foucar, L. / Ardevol, A. / Nass, K. / Aquila, A. / Botha, S. / Doak, R.B. / Falahati, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Heinz, M. / Hoffmann, M.C. / Kofinger, J. / Koglin, J.E. / Kovacsova, G. / Liang, M. / Milathianaki, D. / Lemke, H.T. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Shoeman, R.L. / Williams, G.J. / Burghardt, I. / Hummer, G. / Boutet, S. / Schlichting, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 45.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 31 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 821.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 822.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5cmvSC ![]() 5cn4C ![]() 5cn5C ![]() 5cn6C ![]() 5cn7C ![]() 5cn8C ![]() 5cn9C ![]() 5cnbC ![]() 5cncC ![]() 5cndC ![]() 5cneC ![]() 5cnfC ![]() 5d5rC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16926.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-CMO / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.4 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 3.1 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y | |||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||
検出器 | タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年6月16日 | |||||||||
放射 | プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 11706 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 137 % / Net I/σ(I): 3.4 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 67 % / Mean I/σ(I) obs: 0.74 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5CMV 解像度: 1.8→14.708 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.708 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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