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万見
- PDB-5cnb: Ultrafast dynamics in myoglobin: 0.5 ps time delay -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cnb
タイトルUltrafast dynamics in myoglobin: 0.5 ps time delay
要素Myoglobin
キーワードOXYGEN STORAGE / serial femtosecond crystallography / time-resolved crystallography / free-electron laser / protein dynamics / carbon monoxide
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; 他の含窒素化合物が電子供与する / nitrite reductase activity / oxygen transport / sarcoplasm / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / removal of superoxide radicals / oxygen carrier activity / peroxidase activity / oxygen binding / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Myoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBON MONOXIDE / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Myoglobin
類似検索 - 構成要素
生物種Equus caballus (ウマ)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / フーリエ合成 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Barends, T.R.M. / Foucar, L. / Ardevol, A. / Nass, K.J. / Aquila, A. / Botha, S. / Doak, R.B. / Falahati, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. ...Barends, T.R.M. / Foucar, L. / Ardevol, A. / Nass, K.J. / Aquila, A. / Botha, S. / Doak, R.B. / Falahati, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Heinz, M. / Hoffmann, M.C. / Koefinger, J. / Koglin, J. / Kovacsova, G. / Liang, M. / Milathianaki, D. / Lemke, H.T. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Shoeman, R.L. / Williams, G.J. / Burghardt, I. / Hummer, G. / Boutet, S. / Schlichting, I.
引用ジャーナル: Science / 年: 2015
タイトル: Direct observation of ultrafast collective motions in CO myoglobin upon ligand dissociation.
著者: Barends, T.R. / Foucar, L. / Ardevol, A. / Nass, K. / Aquila, A. / Botha, S. / Doak, R.B. / Falahati, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Heinz, M. / Hoffmann, M.C. / Kofinger, J. / Koglin, J.E. ...著者: Barends, T.R. / Foucar, L. / Ardevol, A. / Nass, K. / Aquila, A. / Botha, S. / Doak, R.B. / Falahati, K. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Heinz, M. / Hoffmann, M.C. / Kofinger, J. / Koglin, J.E. / Kovacsova, G. / Liang, M. / Milathianaki, D. / Lemke, H.T. / Reinstein, J. / Roome, C.M. / Shoeman, R.L. / Williams, G.J. / Burghardt, I. / Hummer, G. / Boutet, S. / Schlichting, I.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月23日Group: Database references
改定 1.22015年11月4日Group: Database references
改定 1.32018年1月24日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年11月14日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn / diffrn_radiation
Item: _diffrn.pdbx_serial_crystal_experiment / _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l
改定 1.52024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Myoglobin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7635
ポリマ－16,9261
非ポリマー8374
水1,62190
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1520 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area7850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.600, 28.800, 35.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Myoglobin


分子量: 16926.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Equus caballus (ウマ) / 参照: UniProt: P68082
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-CMO / CARBON MONOXIDE / カルボニル


分子量: 28.010 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 90 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 20000

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: batch mode / 詳細: 3.1 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 293 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.8-1.85
検出器タイプ: CS-PAD CXI-2 / 検出器: PIXEL
放射プロトコル: LAUE / 単色(M)・ラウエ(L): L / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.81
21.851
反射解像度: 1.8→15 Å / Num. obs: 11721 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 148 % / Net I/σ(I): 3.9
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 74 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
CrystFELデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 5CMV

5cmv


解像度: 1.8→14.708 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.16 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2181 732 6.25 %RANDOM
Rwork0.1714 ---
obs0.1742 11721 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→14.708 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1194 0 55 90 1339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061280
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d11734
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.057457
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.034178
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004214
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.93870.31861590.26312155X-RAY DIFFRACTION100
1.9387-2.13330.25351730.19462129X-RAY DIFFRACTION100
2.1333-2.44070.20741340.16022210X-RAY DIFFRACTION100
2.4407-3.07050.23911370.18662214X-RAY DIFFRACTION100
3.0705-14.70830.18971290.1562281X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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