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- PDB-5cn0: Artificial HIV fusion inhibitor AP2 fused to the C-terminus of gp... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cn0
タイトルArtificial HIV fusion inhibitor AP2 fused to the C-terminus of gp41 NHR
要素Envelope glycoprotein,AP2
キーワードVIRAL PROTEIN / Enfuvirtide / HIV fusion inhibitor / AP2 / gp41 / 6-HB
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane ...Synthesis and processing of ENV and VPU / symbiont-mediated evasion of host immune response / positive regulation of establishment of T cell polarity / Alpha-defensins / Dectin-2 family / Binding and entry of HIV virion / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / actin filament organization / host cell endosome membrane / Assembly Of The HIV Virion / Budding and maturation of HIV virion / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Helix Hairpins - #210 / Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 解像度: 1.901 Å
データ登録者Zhu, Y. / Ye, S. / Zhang, R.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Improved Pharmacological and Structural Properties of HIV Fusion Inhibitor AP3 over Enfuvirtide: Highlighting Advantages of Artificial Peptide Strategy.
著者: Zhu, X. / Zhu, Y. / Ye, S. / Wang, Q. / Xu, W. / Su, S. / Sun, Z. / Yu, F. / Liu, Q. / Wang, C. / Zhang, T. / Zhang, Z. / Zhang, X. / Xu, J. / Du, L. / Liu, K. / Lu, L. / Zhang, R. / Jiang, S.
履歴
登録2015年7月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Envelope glycoprotein,AP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7414
ポリマ－8,5051
非ポリマー2373
水1,02757
1
A: Envelope glycoprotein,AP2
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,AP2
ヘテロ分子

A: Envelope glycoprotein,AP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,22412
ポリマ－25,5143
非ポリマー7109
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z1
crystal symmetry operation3_455-x+y-1,-x,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area10540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.187, 36.187, 286.003
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-205-

HOH

21A-216-

HOH

31A-235-

HOH

41A-246-

HOH

51A-250-

HOH

61A-253-

HOH

71A-254-

HOH

81A-255-

HOH

91A-256-

HOH

101A-257-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Envelope glycoprotein,AP2 / gp41


分子量: 8504.769 Da / 分子数: 1 / 断片: C-terminus (UNP RESIDUES 35-70) / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The fusion protein of expression tag, C-terminus residues 35-70 from gp4 and Artificial inhibitor AP1
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス), (組換発現) synthetic construct (人工物)
遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q1HMR5, UniProt: P04578*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.95 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.0, 34% (w/v) PEG 3350, 0.2M MgCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31.78 Å / Num. obs: 64372 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.5 % / Net I/σ(I): 28.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 1.901→31.778 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2324 787 10.07 %
Rwork0.1961 --
obs0.1999 7812 70.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.901→31.778 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数582 0 15 57 654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.019612
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.561812
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.561250
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.10387
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008102
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.901-2.02010.3456920.2943831X-RAY DIFFRACTION51
2.0201-2.1760.2939990.2669894X-RAY DIFFRACTION54
2.176-2.39490.29821090.2664914X-RAY DIFFRACTION55
2.3949-2.74130.21671340.17531212X-RAY DIFFRACTION74
2.7413-3.45310.18881640.16431525X-RAY DIFFRACTION93
3.4531-31.78250.22331890.18671649X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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