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- PDB-5cml: Crystal structure of the Esterase domain from Rhodothermus marinu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cml
タイトルCrystal structure of the Esterase domain from Rhodothermus marinus Rmar_1206 protein
要素OsmC family protein
キーワードHYDROLASE / Serine Esterase OsmC Thermophile
機能・相同性
機能・相同性情報


: / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / K homology domain-like, alpha/beta / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold ...: / OsmC/Ohr family / OsmC/Ohr superfamily / OsmC-like protein / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / K homology domain-like, alpha/beta / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / OsmC family protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodothermus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.56 Å
データ登録者Marles-Wright, J. / Wardrope, C. / Jensen, M.-B.V. / Horsfall, L.E. / Togneri, P.D. / Rosser, S.J.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research Council 英国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Characterisation of a New Family of Carboxyl Esterases with an OsmC Domain.
著者: Jensen, M.V. / Horsfall, L.E. / Wardrope, C. / Togneri, P.D. / Marles-Wright, J. / Rosser, S.J.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年7月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OsmC family protein
B: OsmC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,3364
ポリマ－58,0362
非ポリマー3002
水5,044280
1
A: OsmC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1682
ポリマ－29,0181
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: OsmC family protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,1682
ポリマ－29,0181
非ポリマー1501
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.325, 74.069, 60.953
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 113.47, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 OsmC family protein / esterase Rmar_1206


分子量: 29018.025 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-255 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodothermus marinus (バクテリア)
遺伝子: Rmar_1206 / プラスミド: pDest17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): AI / 参照: UniProt: D0MHY8
#2: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 280 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.85 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5
詳細: Protein at 15 mg/ml was crystallized by sitting drop vapour diffusion with 100 nl drops of protein supplemented with 100 nl of mother liquor comprising 0.2 M ammonium citrate dibasic, pH 5.0, ...詳細: Protein at 15 mg/ml was crystallized by sitting drop vapour diffusion with 100 nl drops of protein supplemented with 100 nl of mother liquor comprising 0.2 M ammonium citrate dibasic, pH 5.0, 20 % w/v PEG 3350 (Hampton PEG/Ion HT96 screen D12), drops were equilibrated against 70 ul of mother liquor for one month before crystals appeared.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年7月25日
放射モノクロメーター: Single Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.56→44.62 Å / Num. all: 255878 / Num. obs: 69888 / % possible obs: 99.09 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 13.91
反射 シェル解像度: 1.56→1.612 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.725 / Mean I/σ(I) obs: 1.88 / % possible all: 98.48

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FUK, 3TRD, 3PF9

2fuk

3trd

3pf9


解像度: 1.56→44.62 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1762 3544 5.07 %Random Selection
Rwork0.1442 ---
obs0.1458 69880 99.08 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.56→44.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3584 0 20 280 3884
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1795032
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2451355
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047579
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006659
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.556-1.57730.32511320.29452572X-RAY DIFFRACTION97
1.5773-1.59990.30171500.25612660X-RAY DIFFRACTION100
1.5999-1.62370.29681390.22312653X-RAY DIFFRACTION100
1.6237-1.64910.25521150.19742674X-RAY DIFFRACTION100
1.6491-1.67620.24741620.17362646X-RAY DIFFRACTION100
1.6762-1.70510.20471410.16092652X-RAY DIFFRACTION100
1.7051-1.73610.21781500.14722657X-RAY DIFFRACTION100
1.7361-1.76950.16691220.14062706X-RAY DIFFRACTION100
1.7695-1.80560.1911370.13442654X-RAY DIFFRACTION100
1.8056-1.84480.19571570.13392686X-RAY DIFFRACTION100
1.8448-1.88770.17241350.12662646X-RAY DIFFRACTION100
1.8877-1.9350.17571330.12432655X-RAY DIFFRACTION100
1.935-1.98730.18861300.12622687X-RAY DIFFRACTION100
1.9873-2.04580.16961700.12892616X-RAY DIFFRACTION100
2.0458-2.11180.16991510.12512685X-RAY DIFFRACTION100
2.1118-2.18730.17431470.12312659X-RAY DIFFRACTION100
2.1873-2.27480.15421410.1232674X-RAY DIFFRACTION100
2.2748-2.37840.17931390.12192666X-RAY DIFFRACTION100
2.3784-2.50370.16321420.12352661X-RAY DIFFRACTION99
2.5037-2.66060.18111330.13842681X-RAY DIFFRACTION99
2.6606-2.8660.17061550.14612602X-RAY DIFFRACTION98
2.866-3.15430.20351330.15132612X-RAY DIFFRACTION97
3.1543-3.61060.15151490.14212607X-RAY DIFFRACTION97
3.6106-4.54820.15141450.14022632X-RAY DIFFRACTION97
4.5482-44.64270.181360.16082693X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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