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- PDB-5cm7: Structure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter bau... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5cm7
タイトルStructure of thiamine-monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with adenosine diphosphate (ADP) and thiamine diphosphate (TPP)
要素Thiamine-monophosphate kinase
キーワードTRANSFERASE / SSGCID / Acinetobacter baumannii / Thiamine-monophosphate kinase / thiamine diphosphate / TPP / adenosine diphosphate / ADP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


thiamine-phosphate kinase / thiamine-phosphate kinase activity / thiamine diphosphate biosynthetic process / thiamine biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Thiamine-monophosphate kinase / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain ...Thiamine-monophosphate kinase / Phosphoribosyl-aminoimidazole Synthetase; Chain A, domain 2 / PurM-like C-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / PurM-like, N-terminal domain / AIR synthase related protein, N-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain / PurM-like, C-terminal domain superfamily / PurM-like, N-terminal domain superfamily / AIR synthase related protein, C-terminal domain / 60s Ribosomal Protein L30; Chain: A; / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THIAMINE DIPHOSPHATE / Thiamine-monophosphate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Acinetobacter baumannii (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Crystal structures of thiamine monophosphate kinase from Acinetobacter baumannii in complex with substrates and products.
著者: Sullivan, A.H. / Dranow, D.M. / Horanyi, P.S. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E. / Abendroth, J.
履歴
登録2015年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年3月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thiamine-monophosphate kinase
B: Thiamine-monophosphate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,80918
ポリマ－68,7202
非ポリマー2,08916
水13,998777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9940 Å2
ΔGint-216 kcal/mol
Surface area21710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.750, 117.120, 55.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 108.570, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Thiamine-monophosphate kinase / Thiamine-phosphate kinase


分子量: 34359.992 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii (バクテリア)
遺伝子: thiL, ABUW_0092 / プラスミド: AcbaC.17905.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D5YC82, thiamine-phosphate kinase

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非ポリマー , 6種, 793分子

#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-TPP / THIAMINE DIPHOSPHATE / 3-[(4-アミノ-2-メチル-5-ピリミジニル)メチル]-4-メチル-5-[2-(ホスホノオキシホスフィナトオキシ)(以下略)


分子量: 425.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H19N4O7P2S
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 777 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus E5: 30mM each: Diethylene glycol, Triethylene-glycol, Tetraethylene glycol, Pentaethylene glycol; 100mM Imidazole, MES monohydrate (acid); 20% v/v PEG 500 MME; ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus E5: 30mM each: Diethylene glycol, Triethylene-glycol, Tetraethylene glycol, Pentaethylene glycol; 100mM Imidazole, MES monohydrate (acid); 20% v/v PEG 500 MME; 10% w/v PEG 20000; AnphA.17905.a.B1.PW37686 at 30mg/ml, 5mM each MgCl2, ADO and TPP; cryo: direct; tray 264490e5, puck ute6-11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月22日
放射モノクロメーター: RIGAKU VARIMAX / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 89068 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 10.94 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.015 / Net I/σ(I): 24.47 / Num. measured all: 991836
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.55-1.594.20.8820.3763.5526382660962660.42794.8
1.59-1.630.9410.3455.2445655645864420.37299.8
1.63-1.680.9620.3046.1748853623462320.325100
1.68-1.730.9710.2667.2149616607660760.284100
1.73-1.790.9810.2238.750070586658590.23799.9
1.79-1.850.9860.19510.150554570656940.20799.8
1.85-1.920.9930.15112.8451349553855360.159100
1.92-20.9950.12515.7351027529452840.13299.8
2-2.090.9960.10420.1951136508350800.1199.9
2.09-2.190.9970.09223.5250803484448380.09699.9
2.19-2.310.9980.08128.454658466446490.08599.7
2.31-2.450.9980.07433.8357551436243560.07799.9
2.45-2.620.9990.06837.156950410441000.07199.9
2.62-2.830.9990.06242.157356387238640.06499.8
2.83-3.10.9990.05548.9157533353035250.05699.9
3.1-3.470.9990.04961.9861910317831730.0599.8
3.47-410.04472.0858725282728170.04599.6
4-4.910.0475.4349140238623800.04199.7
4.9-6.9310.04272.2940319187518660.04399.5
6.930.9990.03678.8822249104710310.03798.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIX精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5cc8

5cc8


解像度: 1.55→44.501 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1674 2021 2.27 %
Rwork0.1419 87009 -
obs0.1425 89030 99.57 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 66.66 Å2 / Biso mean: 17.9481 Å2 / Biso min: 5.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→44.501 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4619 0 118 780 5517
Biso mean--11.24 29.25 -
残基数----609
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0856931
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05780
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005952
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.293082
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.58880.24031610.19675840600195
1.5888-1.63170.19881510.165162236374100
1.6317-1.67970.1831490.151361906339100
1.6797-1.7340.17911570.148762476404100
1.734-1.79590.17371300.143362336363100
1.7959-1.86780.18311500.146862206370100
1.8678-1.95290.18761370.148162746411100
1.9529-2.05580.18791330.143962056338100
2.0558-2.18460.17111330.140462386371100
2.1846-2.35330.17091200.143362606380100
2.3533-2.59010.17161730.14162216394100
2.5901-2.96480.1551470.145162786425100
2.9648-3.7350.12931260.133862636389100
3.735-44.51920.15441540.127163176471100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5203-0.44230.12521.858-0.51260.12220.03930.076-0.0023-0.0827-0.041-0.18590.04550.08760.01320.103-0.00220.00120.1151-0.00510.112655.96016.756861.3425
20.8894-0.00910.24241.1196-0.11620.79820.0036-0.0286-0.0680.10960.0094-0.08240.03320.0209-0.01980.0689-0.004-0.00030.07420.00820.076843.7445-4.405163.3238
32.365-0.59140.78752.7978-0.98833.49420.00790.1151-0.16270.09470.0134-0.2253-0.00520.1998-0.01990.05830.00190.00790.0966-0.01940.141154.2839-7.445760.9505
40.5720.34260.25350.590.22820.28680.00840.0534-0.00840.04530.009-0.03540.01370.015-0.01350.06480.00290.01110.08230.01040.063837.9758-6.829656.8684
50.95640.14970.3431.8430.01290.48660.0250.1276-0.0001-0.0547-0.03780.05130.02080.04120.00480.05050.00010.01820.0876-0.00940.052525.0254-13.139551.1552
60.06330.27750.14361.32120.62640.30630.3236-0.35390.12760.4926-0.24560.08840.3441-0.0983-0.0560.2209-0.08170.06150.2888-0.05120.162320.7937-17.114862.2024
71.5590.3252-1.0540.2836-0.91962.82540.1261-0.15610.14530.21-0.04960.2846-0.1779-0.2599-0.10370.1126-0.00590.02150.1411-0.02320.155129.51589.240464.8604
80.82610.2825-0.07130.96770.03291.14110.0302-0.1460.02110.1127-0.05190.07390.13-0.07470.01380.0896-0.01420.00390.0815-0.00080.066841.981410.328475.1152
91.65120.7835-0.58493.0826-1.55262.24410.0134-0.25120.09410.183-0.04930.29850.0468-0.25410.00610.1108-0.01320.04120.169-0.03650.11831.738512.281179.0933
100.54290.32150.3460.78630.25280.84180.0343-0.080.03620.1357-0.087-0.0316-0.0074-0.01750.03890.09020.0025-0.00320.0760.00220.090547.729217.243976.2251
110.6834-0.09040.16560.9690.37851.7243-0.0068-0.00650.09840.11770.0271-0.1203-0.05730.1650.02290.1078-0.0221-0.0380.10060.00020.133360.350624.715979.1777
120.73131.17550.74851.87151.20650.78440.236-0.0254-0.24780.51730.0967-0.65660.20010.1665-0.22980.2778-0.0126-0.12220.3105-0.00110.333566.235514.958584.8874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 35 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 36 through 92 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 110 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 111 through 189 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 190 through 288 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 289 through 305 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 2 through 35 )B0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 36 through 92 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 93 through 110 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 111 through 189 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 190 through 288 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 289 through 305 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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