PDB-5cm6: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FR...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5cm6

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM PSEUDOALTEROMONAS ATLANTICA T6c(Patl_2292, TARGET EFI-510180) WITH BOUND SODIUM AND PYRUVATE

要素

TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / Solute binding protein / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

tripartite ATP-independent periplasmic transporter complex / transmembrane transport / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudoalteromonas atlantica (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.83 Å

データ登録者

Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. ...

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: CRYSTAL STRUCTURE OF A TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING PROTEIN FROM PSEUDOALTEROMONAS ATLANTICA T6c(Patl_2292, TARGET EFI-510180) WITH BOUND SODIUM AND PYRUVATE
著者: Yadava, U. / Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. ...

履歴

登録	2015年7月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え	2015年7月29日	ID: 4X26
改定 1.0	2015年7月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5cm6.cif.gz	399.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5cm6.ent.gz	332.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5cm6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cm6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cm/5cm6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3wxz-d 5gk1-1 6j1m-d 4gqn-d 2hzk-2 3wy0-d 4pet-d 2g59-d 1cxh-d 3bk7-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: EFI-510180

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (1) #263 - 2021年11月アセトヒドロキシ酸合成酵素 (Acetohydroxyacid Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

B: TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit

ヘテロ分子

83.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.345, 83.345, 198.082
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	TRAP dicarboxylate transporter-DctP subunit 分子量: 41519.242 Da / 分子数: 2 / 断片: solute binding protein (UNP residues 23-357) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudoalteromonas atlantica (バクテリア) 株: T6c / ATCC BAA-1087 / 遺伝子: Patl_2292 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q15TH9
#2: 化合物	ChemComp-PYR / PYRUVIC ACID / ピルビン酸分子量: 88.062 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₄O₃
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 521 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.62 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Protein (40.2 mg/ml, 20 mM TRIS pH 8.0, 5 mM DTT, 150 mM NaCl, 5% Glycerol, 10 mM Pyruvate, 1 mM CaCl2); Reservoir (0.2 M Ammonium fluoride, 20 %(w/v) PEG 3350); Cryoprotection (80% Reservoir,20% ethylene glycol)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月26日 / 詳細: MIRRORS

放射

モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.83→20 Å / Num. obs: 62371 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14.4 % / B_iso Wilson estimate: 20.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.1 / R_pim(I) all: 0.028 / R_rim(I) all: 0.103 / Χ²: 0.938 / Net I/av σ(I): 24.684 / Net I/σ(I): 6.1 / Num. measured all: 898089

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique all	CC_1/2	Χ²	% possible all	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all
1.83-1.86	12.3	3010	0.415	0.774	97.9
1.86-1.9	14.3	3073	0.603	0.823	99.9
1.9-1.93	14.5	3051	0.762	1.174	100	0.958	0.257	0.992
1.93-1.97	14.5	3071	0.787	0.843	100		0.59
1.97-2.01	14.6	3051	0.863	0.844	100		0.318
2.01-2.06	14.6	3089	0.916	0.854	100	0.81	0.217	0.839
2.06-2.11	14.6	3079	0.928	0.872	100	0.672	0.179	0.695
2.11-2.17	14.7	3088	0.956	0.891	100	0.573	0.153	0.594
2.17-2.23	14.7	3098	0.967	0.926	100	0.602	0.161	0.623
2.23-2.31	14.6	3097	0.964	1.466	100	0.413	0.111	0.428
2.31-2.39	14.7	3101	0.988	0.858	100	0.284	0.076	0.294
2.39-2.48	14.8	3086	0.99	0.848	100	0.227	0.061	0.235
2.48-2.6	14.7	3120	0.994	0.828	100	0.172	0.046	0.178
2.6-2.73	14.7	3097	0.995	0.794	100	0.139	0.037	0.144
2.73-2.9	14.7	3139	0.997	0.756	100	0.11	0.029	0.113
2.9-3.13	14.6	3154	0.997	0.843	100	0.098	0.026	0.102
3.13-3.44	14.6	3151	0.995	1.34	100	0.106	0.029	0.11
3.44-3.93	14.1	3201	0.995	1.774	100	0.108	0.029	0.112
3.93-4.94	14.3	3235	0.998	0.846	100	0.063	0.017	0.066
4.94-20	13.4	3380	0.999	0.39	98.5	0.04	0.011	0.041

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-3000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

解像度: 1.83→19.966 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.15 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2432	2919	4.92 %
R_work	0.1842	56402	-
obs	0.1872	59321	95.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 109.65 Å² / B_iso mean: 30.5671 Å² / B_iso min: 6.31 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.83→19.966 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5290	0	20	535	5845
B_iso mean	-	-	21.56	32.73	-
残基数	-	-	-	-	660

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	5454
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.329	7370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.053	757
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	948
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.851	2004

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.83-1.8619	0.3767	75	0.3081	1281	1356	46
1.8619-1.894	0.5744	105	0.4459	1939	2044	70
1.894-1.9284	0.4718	142	0.3895	2477	2619	90
1.9284-1.9654	0.3615	142	0.2963	2715	2857	98
1.9654-2.0055	0.316	136	0.2409	2770	2906	100
2.0055-2.0491	0.2827	135	0.2087	2772	2907	100
2.0491-2.0967	0.262	150	0.1986	2785	2935	100
2.0967-2.1491	0.2727	157	0.1954	2750	2907	100
2.1491-2.2071	0.2449	126	0.2147	2797	2923	100
2.2071-2.272	0.3085	158	0.25	2790	2948	100
2.272-2.3452	0.274	139	0.2103	2768	2907	99
2.3452-2.4289	0.2412	132	0.1739	2813	2945	100
2.4289-2.5259	0.2398	157	0.1601	2791	2948	100
2.5259-2.6406	0.2085	124	0.1605	2829	2953	100
2.6406-2.7795	0.217	169	0.1513	2811	2980	100
2.7795-2.9532	0.2344	152	0.1716	2809	2961	100
2.9532-3.1803	0.25	141	0.1794	2826	2967	100
3.1803-3.4988	0.215	157	0.1642	2855	3012	100
3.4988-4.0016	0.2075	124	0.1514	2871	2995	99
4.0016-5.0282	0.1668	164	0.1315	2891	3055	100
5.0282-19.9667	0.2208	134	0.1738	3062	3196	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0249	0.0046	0.0217	0.0462	0.057	0.0881	0.0563	0.0837	0.1213	-0.0753	0.0985	-0.0329	-0.1242	-0.0248	0.0535	0.2217	0.0164	0.0741	0.0746	0.0663	0.2147	-3.8852	67.6183	16.0631
2	0.0109	-0.0017	0.0043	0.0111	0.004	0.0041	-0.0001	0.1655	0.0426	-0.0121	0.043	0.0353	-0.0452	-0.1608	0.0156	0.0693	0.0545	-0.0624	0.2383	0.0633	0.0109	-15.7738	52.8314	19.5748
3	0.0018	0.001	0.0006	0.0016	0.0018	0.0013	-0.0118	-0.0267	0.0137	0.0433	0.0459	0.0391	0.0166	-0.0142	-0.0003	0.1784	0.0728	0.0043	0.1457	0.0204	0.1168	-18.7977	55.7348	44.9093
4	0.0774	-0.0257	-0.0245	0.0505	0.0264	0.0145	-0.0107	0.09	0.1506	-0.0205	0.0149	-0.0439	-0.0666	-0.0371	0.0305	0.0821	0.1014	-0.0312	0.1326	0.0299	0.123	-12.1894	59.7584	32.5446
5	0.0061	0.0072	-0.0046	0.0316	0.0021	0.0139	0.0169	0.0019	0.048	-0.037	0.1157	-0.0904	-0.0014	0.0141	0.0301	0.0562	0.0056	-0.0325	0.1309	-0.0288	0.089	0.1088	53.5273	21.3035
6	0.0135	-0.0143	-0.0184	0.0081	0.0147	0.0202	0.0338	0.0176	-0.0064	0.137	0.0695	0.0014	0.0153	-0.0124	-0	0.1422	0.0386	-0.0447	0.1974	0.0299	0.1207	-18.975	47.827	38.2986
7	0.0281	-0.0082	-0.0007	0.0254	0.0186	0.0198	-0.0694	0.0387	-0.0434	0.048	0.003	-0.0272	0.0783	-0.0861	-0.0044	0.0972	0.0088	-0.0186	0.1761	0.0065	0.1072	-12.9316	36.045	25.1358
8	0.0062	-0.0061	-0.0003	0.0304	-0.0103	0.0049	0.0097	0.0092	0.0044	-0.0146	0.0294	-0.0024	-0.0208	-0.0052	0.0522	0.1159	-0.1753	0.0343	0.2357	-0.0861	0.1228	5.0347	43.1443	0.6899
9	0.1291	-0.0161	0.0025	0.2285	0.0912	0.1338	-0.089	0.0905	-0.099	-0.0405	0.2281	-0.1671	0.1034	0.1399	0.0981	0.0874	-0.0409	-0.004	0.1496	-0.1264	0.2033	11.6516	34.412	13.9286
10	0.0027	-0.0035	-0.0009	0.0038	0.0003	0.001	-0.02	0.0232	-0.013	-0.006	0.0175	-0.0294	0.0212	0.0043	-0	0.22	0.0945	-0.0583	0.2373	-0.0901	0.3202	10.8021	19.501	15.4351
11	0.001	-0.0059	0.0139	0.003	0.0057	0.0174	-0.0303	0.0414	-0.0583	-0.023	0.1319	-0.1411	0.0886	0.0907	0.0628	-0.0428	-0.1896	-0.0879	-0.0206	-0.1171	0.0792	2.3757	33.2082	12.1252
12	0.0039	-0.0033	-0.0019	0.0106	-0.0038	0.0041	-0.0058	0.0071	0.0054	-0.0018	0.0645	-0.0348	0.1303	-0.0045	0.0001	0.2396	0.0459	-0.0864	0.1558	-0.0063	0.2769	7.5843	22.6516	28.7252
13	0.0219	-0.0304	0.0605	0.1334	-0.1163	0.1732	0.0228	-0.0171	-0.0537	0.0396	0.0764	-0.0481	0.0282	0.0195	0.1365	0.0449	0.1272	-0.1286	0.1016	-0.0386	0.0915	4.6285	40.18	32.7397

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 26:92 )	A	26 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN A AND RESID 93:154 )	A	93 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND RESID 155:175 )	A	155 - 175
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN A AND RESID 176:253 )	A	176 - 253
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 254:287 )	A	254 - 287
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN A AND RESID 288:321 )	A	288 - 321
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 322:356 )	A	322 - 356
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND ( RESID 26:56 OR RESID 57:57 ) )	B	26 - 56
9	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND ( RESID 26:56 OR RESID 57:57 ) )	B	57
10	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN B AND RESID 58:175 )	B	58 - 175
11	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 176:202 )	B	176 - 202
12	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN B AND RESID 203:289 )	B	203 - 289
13	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 290:321 )	B	290 - 321
14	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN B AND RESID 322:354 )	B	322 - 354

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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