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- PDB-5ckg: Human beta-2 microglobulin mutant V85E -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ckg
タイトルHuman beta-2 microglobulin mutant V85E
要素Beta-2-microglobulin
キーワードIMMUNE SYSTEM / Aggregation propensity / Amyloid / beta-sandwitch / fold stability
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent ...negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / cellular response to nicotine / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / Modulation by Mtb of host immune system / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / negative regulation of neuron projection development / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily ...Beta-2-Microglobulin / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Sala, B.M. / De Rosa, M. / Bolognesi, M. / Ricagno, S.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
Italian Ministry of University and ResearchFIRB RBFR109EOS イタリア
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Rational design of mutations that change the aggregation rate of a protein while maintaining its native structure and stability.
著者: Camilloni, C. / Sala, B.M. / Sormanni, P. / Porcari, R. / Corazza, A. / De Rosa, M. / Zanini, S. / Barbiroli, A. / Esposito, G. / Bolognesi, M. / Bellotti, V. / Vendruscolo, M. / Ricagno, S.
履歴
登録2015年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-2-microglobulin
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0295
ポリマ－23,8192
非ポリマー2103
水2,162120
1
A: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,9682
ポリマ－11,9091
非ポリマー591
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-2-microglobulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,0603
ポリマ－11,9091
非ポリマー1512
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.578, 28.860, 87.719
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.11, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-269-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11909.339 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 21-119 / 変異: V85E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / プラスミド: pET29B / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.35 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M sodium acetate, 30% w/v PEG 4000, 15% glycerol, 0.2 M ammonium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.99 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→27.71 Å / Num. obs: 20777 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.064 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.84 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.32 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2Z9T

2z9t


解像度: 1.75→27.71 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.27 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1995 9.63 %
Rwork0.183 --
obs0.188 20722 96.3 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→27.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1651 0 14 120 1785
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0181825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.7892495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.321697
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095264
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009328
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79370.32261420.27921341X-RAY DIFFRACTION96
1.7937-1.84220.25541380.24681314X-RAY DIFFRACTION97
1.8422-1.89640.28191370.2151285X-RAY DIFFRACTION94
1.8964-1.95760.24141390.19561301X-RAY DIFFRACTION95
1.9576-2.02760.23511450.19441346X-RAY DIFFRACTION97
2.0276-2.10870.22441430.19621336X-RAY DIFFRACTION97
2.1087-2.20470.27871420.19111341X-RAY DIFFRACTION97
2.2047-2.32080.27971370.19781286X-RAY DIFFRACTION94
2.3208-2.46620.26671450.19891357X-RAY DIFFRACTION98
2.4662-2.65640.23041430.20571337X-RAY DIFFRACTION97
2.6564-2.92350.23551450.19851361X-RAY DIFFRACTION97
2.9235-3.34590.23541420.18091341X-RAY DIFFRACTION97
3.3459-4.21310.21981470.15381370X-RAY DIFFRACTION96
4.2131-27.71270.19791500.16431411X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.08144.0012-5.09954.8299-3.66584.95780.1650.4150.1519-0.13530.16360.0046-0.3783-0.5392-0.39440.3370.03810.04280.25320.02950.217414.82617.27520.2253
27.307-1.1469-3.84921.761-2.25942.02230.523-0.72190.46310.51250.83091.94551.5183-1.83810.47520.2820.08660.27340.90040.43440.8162-6.8371-2.512513.5967
36.52012.4432-6.1044.6644-4.37038.3999-0.22110.7602-0.0289-0.13210.45240.10720.2244-1.0477-0.22050.2413-0.03010.00990.207-0.00690.140810.66510.0413.8551
48.23391.7999-5.37125.9545-1.4794.6333-0.2069-0.7004-0.9536-0.068-0.3003-0.17221.23840.68190.36520.40830.0048-0.00990.33590.05910.311411.9042-5.142815.3734
54.18282.9061-4.22536.8465-5.05685.4869-0.62481.1455-0.5086-0.7810.5674-0.00120.9857-1.50960.1250.3906-0.0572-0.02510.45530.01360.305610.3379-2.46630.0144
67.55931.4216-5.11743.7284-0.74867.2542-0.2138-1.1234-0.09740.42070.10720.3544-0.312-0.3395-0.05990.36220.11130.06530.46760.0520.27036.81961.248217.8662
78.6944.5217-2.29283.6699-2.99942.97860.2118-0.8019-0.10070.8078-0.46470.2163-0.35630.2507-0.090.4557-0.06870.07620.2209-0.02330.254522.37048.24748.4635
84.53474.2833-4.14985.9403-3.01014.40920.04610.57672.52450.57180.91251.4065-1.2551-1.4709-0.43160.50880.11770.10780.4128-0.02670.48984.15037.062314.4056
94.15984.4203-2.97613.2323-2.55326.14430.3745-0.15620.30160.1-0.15940.0683-0.2856-0.0491-0.12450.19870.0445-0.03760.1215-0.01180.217929.522319.3515-40.1714
104.1488-1.1527-2.10848.8091-2.01536.76610.0968-0.84810.24120.6161-0.06330.7257-0.0087-0.8123-0.05920.2213-0.01250.01210.6615-0.04810.31887.565911.1292-29.6757
119.68381.4858-2.81291.8911-0.40162.2436-0.0417-0.1936-0.24920.1035-0.0018-0.1560.0453-0.31980.07020.1756-0.0164-0.0490.2106-0.02190.169925.423312.3459-38.1375
125.972.8984-3.92223.0086-2.91523.110.1337-0.96790.00280.0575-0.078-0.01270.17890.0096-0.01070.2658-0.0076-0.09350.38030.03440.228728.16199.5737-28.6991
132.063-0.9624-0.30838.46014.69563.3012-0.2447-1.0754-2.3197-0.0051-0.31640.33551.6695-0.11020.51720.7528-0.01660.06290.5640.07070.550824.64154.0858-26.0297
148.88534.7383-4.42799.8595-3.40333.1392-0.40630.4568-0.1064-0.85070.03010.12230.2945-0.02080.37320.2634-0.0254-0.04980.2836-0.01770.187529.139911.125-48.0717
157.18873.0919-5.1093.7163-2.55094.1464-0.23670.3407-0.19390.0780.13430.22680.1769-0.72950.11960.1854-0.0464-0.02820.26020.00880.183821.85028.7582-37.2922
164.2088-1.4438-4.99825.4649-1.83288.5243-0.0094-1.46291.46570.6761-0.05210.0394-0.7692-0.4637-0.07270.53430.0614-0.01770.7802-0.01470.397713.637712.2889-19.3094
175.19881.9272-2.03141.0771-0.98945.8270.3172-0.7160.13860.2955-0.2803-0.2047-0.69570.56550.01780.2396-0.0507-0.08270.2557-0.0090.242532.682816.6382-30.8694
182.80444.5612-1.76867.5454-1.56658.35630.3727-0.75592.43370.5885-0.16861.027-1.1201-0.9227-0.00780.35750.0865-0.0090.3924-0.15420.390919.279118.9832-27.5458
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN 'A' AND (RESID 0 THROUGH 11 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN 'A' AND (RESID 12 THROUGH 19 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN 'A' AND (RESID 20 THROUGH 35 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN 'A' AND (RESID 36 THROUGH 50 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN 'A' AND (RESID 51 THROUGH 71 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN 'A' AND (RESID 72 THROUGH 83 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN 'A' AND (RESID 84 THROUGH 90 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN 'A' AND (RESID 91 THROUGH 99 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN 'B' AND (RESID 0 THROUGH 11 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN 'B' AND (RESID 12 THROUGH 19 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN 'B' AND (RESID 20 THROUGH 35 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN 'B' AND (RESID 36 THROUGH 41 )
13X-RAY DIFFRACTION13CHAIN 'B' AND (RESID 42 THROUGH 50 )
14X-RAY DIFFRACTION14CHAIN 'B' AND (RESID 51 THROUGH 60 )
15X-RAY DIFFRACTION15CHAIN 'B' AND (RESID 61 THROUGH 71 )
16X-RAY DIFFRACTION16CHAIN 'B' AND (RESID 72 THROUGH 77 )
17X-RAY DIFFRACTION17CHAIN 'B' AND (RESID 78 THROUGH 90 )
18X-RAY DIFFRACTION18CHAIN 'B' AND (RESID 91 THROUGH 99 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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